Design of novel and potent inhibitors for mPGES-1 enzyme via in silico screening
Siliko tarama yoluyla mPGES-1 enzimi için yeni ve güçlü inhibitörlerin tasarımı
- Tez No: 699122
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Eczacılık ve Farmakoloji, Onkoloji, Medical Biology, Pharmacy and Pharmacology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Vücutta oluşan enflamasyonu engellemek için steroid olmayan antienflamatuar ilaçlar her iki COX-1 ve COX-2 enzimlerinin seçici olmayan inhibisyonunun bir sonucu olarak PGE2 üretimini baskılayarak etki eder. COX-1 ve COX-2 'nin inhibisyonu sonucu sırasıyla gastrointestinal zehirlenmeler ve kardiyovasküler komplikasyonlar ortaya çıkmıştır. mPGES-1 inhibitörlerinin bilinen yan etkileri taşımadığı gösterilmiştir. Böylece, mPGES-1 inhibisyonu ile PGE2 biyosentezinin engellenmesi enflamatuvar hastalıkların tedavisinde, klinik olarak daha güvenli olduğu düşünülen, yeni bir terapötik hedef haline gelmiştir. Bu çalışmada mPGES-1 enzimini taramak üzere ZINC parçacık kütüphanesinden yaklaşık 2.5 Milyon ligand indirilmiştir. Bu ligandların ön taramaları Autodock-Vina ile gerçekleştirilmiştir. 1261 bileşiğikte ise Autodock 4 kullanılarak tarama gerçekleştirilmiştir. Bağlanma enerjileri ve pozları belirlenmiştir. Piyasada bulunan bilinen inhibitör çalışmada temel alınmıştır. En iyi çıkan inhibitörler ADMET testine tabi tutulmuş ve bu testte göre de en iyi olarak belirlenen dört inhibitor için moleküler dinamik simülasyon gerçekleştirilerek RMSD, RMSF ve Rg değerleri analiz edilmiştir.
Özet (Çeviri)
To prevent inflammation in the body, non-steroidal anti-inflammatory drugs act by suppressing PGE2 production as a result of non-selective inhibition of both COX-1 and COX-2 enzymes. As a result of the inhibition of COX-1 and COX-2, gastrointestinal poisoning and cardiovascular complications occurred, respectively. mPGES-1 inhibitors have been shown to have no known side effects. Thus, inhibition of PGE2 biosynthesis by inhibition of mPGES-1 has become a new therapeutic target in the treatment of inflammatory diseases, which is considered to be clinically safer. In this thesis, approximately 2.5 million ligands were downloaded from the ZINC particle library to screen the mPGES-1 enzyme. Prescreening of these ligands was performed with Autodock-Vina. 1261 compounds were scanned using Autodock 4. Binding energies and poses were determined. Based on the known inhibitor study available on the market. The best inhibitors were subjected to the ADMET test, and molecular dynamic simulation was performed for the four inhibitors determined as the best according to this test, and RMSD, RMSF, and Rg values were analyzed.
Benzer Tezler
- Development of novel and potent inhibitors for gaba-at enzyme via in silico screening methods
Başlık çevirisi yok
ANAS ABDULQADER ABBAS AL-OBAIDI
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilim ve TeknolojiKadir Has ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. KEMAL YELEKÇİ
- In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors
Bilgisayar destekli ilaç tasarımı kullanarak seçici siklooksijenaz-2 inhibötörü tasarımı
TUĞBA MEHMETOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Alzheimer Tedavisine Yönelik Yeni Üre/Karbamat Türevlerinin İn Siliko Tasarımı ve Sentezi
In Silico Design and Synthesis of Novel Urea/Carbamate Derivatives for Alzheimer's Treatment
İLKE DEMİR
Doktora
Türkçe
2024
KimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAFİYE ERDEM
PROF. DR. HATİCE İLKNUR DOĞAN
- Yapı-temelli ilaç tasarım yöntemleriyle glutatyon S-transferaz P1 spesifik özgün inhibitörlerin geliştirilmesi ve kinetik çalışmaları
Development of novel glutathione S-transferase specific inhibitors BY structure-based drug design methods and kinetic analysis
DENİZ CEYHAN
Doktora
Türkçe
2015
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN AKSOY
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Sanal tarama ve farmakolojik değerlendirme yoluyla yeni 5-lipoksijenaz aktive edici protein (FLAP) inhibitörü bileşiklerin keşfi
Discovery of novel 5-lipoxygenase activating protein (FLAP) inhibitors by virtual screening and pharmacological evaluation
ABDURRAHMAN OLĞAÇ
Doktora
Türkçe
2017
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDEN BANOĞLU