Türkiye'deki bazı deniz hıyarı (Aspidochirotida: Holothuroidea) türlerinin genetik yapısının MtDNA COI ve 16S rRNA gen bölgelerinin dizi analizi ile belirlenmesi
Determination of genetic structure of some sea cucumber species (Aspidochirotida: Holothuroidea) in Turkey by sequence analysis of MtDNA COI and 16S rRNA gene regions
- Tez No: 696131
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YILMAZ ÇİFTCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Balıkçılık Teknolojisi, Fisheries Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ordu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Holothuriidae ailesine ait ve Ege denizlerinden örneklenen Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata ve Holothuria sanctori türleri incelenmiştir. Türlerin mtDNA üzerinde bulunan 16S rRNA ve COI gen bölgeleri PZR ile amplifiye edilmiş ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler GenBank'tan alınan verilerle birlikte değerlendirilerek türler arası ilişkiler belirlenmiştir. Filogenetik analizlerde COI gen bölgesi için Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata olarak 3 farklı türde çalışılmış olunup 6 haplotip belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi için Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata, Holothuria sanctori olarak 4 farklı tür çalışılmış ve 6 haplotip belirlenmiştir. COI ve 16S rRNA gen bölgeleri için haplotip çeşitliliği ve nükleotit çeşitliliği sırasıyla Hd: 1,000, Pi: 0,09590; Hd: 0,9290, Pi: 0,10408 olarak bulunmuştur. Elde edilen matrikslerde baz kompozisyonları COI gen bölgesi için A:%27.98, C:%26.43, G:%18.93 ve T:%26.64 ve 16S gen bölgesi için A: %29.88, C: %23.13, G: %21.30 ve T: %25.67 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada, ülkemiz sularında yayılış gösteren ve önemli ticari türleri de içerisinde barındıran Holothuroidea ve Stichopodidae familyaları hakkında oldukça yetersiz ve eksik olan moleküler filogenetik araştırmaların, çalışmada değerlendirilmiş COI gen bölgesi için 3 türün ve 16S rRNA gen bölgesi için 4 türün bireyleri mtDNA üzerindeki iki gen bölgesi açısından giderilmiştir. Ayrıca bu çalışmada bazı türler için ilk kez elde edilmiş ve sonraki çalışmalar için referans olabilecek sekans verileri GenBank'a yüklenecektir.
Özet (Çeviri)
In this study, the species belongs to the Holothuriidae family which sampled from Turkish waters (Aegean sea); Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata and Holothuria sanctori have been examined. 16S rRNA and COI gene regions which found on the mtDNA were amplified by PCR and sequence analysis has been performed. The obtained data were evaluated together with the data obtained from GenBank have been carried inter-species relationships were determined. In the study, 6 haplotypes for COI gene region, and 6 haplotypes for 16S rRNA gene region have been identified. Haplotype diversity and nucleotide diversity has been found for the region COI and 16S rRNA gene, respectively; Hd: 1,000, Pi: 0,9590; Hd: 0,9290, Pi: 0,10408. On the resulting matrices base compositions for the COI gene region A:%27.98, C:%26.43, G:%18.93, T:%26.64 and for the 16S rRNA gene region: A: %29.88, C: %23.13, G: %21.30,T: %25.67 has been determined. According to phylogenetic analysis, the species of Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata have been researched and 6 haplotypes detected for COI gene region and for 16S rRNA gene region, 4 species Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata and Holothuria sanctori have been researched and for these species 6 haplotypes detected as well. As a result of the study, data deficiency of families of Holothuriidea and Stichopodidae which including the commercially important species from Turkish waters has been improved with this study in terms of three gene regions on mtDNA for 5 species. In addition, sequence data obtained the first time for some species will be uploaded to the GenBank in order to be a reference for future studies.
Benzer Tezler
- Deniz hıyarlarından (Holothuria tubulosa) ve (Holothuria polii)'nin dondurma ve kurutma sonrası bazı kimyasal bileşenleri ile histolojik yapısının tespiti
Determination of the histological structure of sea cucumbers (Holothuria tubulosa) and (Holothuria polii) by some chemical components after freezing and drying
ALİ ÇAPAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Su ÜrünleriAkdeniz ÜniversitesiSu Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÜNLÜSAYIN
- Türkiye'deki bazı deniz süngerlerinin antimikrobiyal aktivitesi
The antimicrobial activity of some marine sponges in turkey
HASAN MÜCAHİT CANAKAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI
- Türkiye'deki liman atık kabul tesislerinin bazı kirlilik parametreleri bakımından değerlendirilmesi
Evaluation of some pollution parameters of port waste reception facilities in Turkey
EMRE SUBAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Çevre MühendisliğiNiğde ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NESLİHAN DOĞAN SAĞLAMTİMUR
- Türkiye'nin Doğu Akdeniz'deki yetki alanları göz önüne alınarak Türk denizciliği ve deniz kaynaklarının kullanım potansiyeli
Turkish maritime and the use potential of maritime resources, considering Turkey's jurisdictions in the Eastern Mediterranean
KORAY KIRAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HukukIsparta Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET RÜŞTÜ ÖZEN
- Harita görselleri üzerinden Türkiye ve KKTC'nin Doğu Akdeniz'deki deniz yetki alanlarının değerlendirilmesi
Evaluation of maritime jurisdiction of Turkey and TRNC in the Eastern Mediterranean based on map images
GÖKHAN GÜLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Uluslararası İlişkilerTrakya ÜniversitesiGörsel Kültür Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSAN SARIKAHYA