Visualizing the protein-protein interactions network in virtual reality and mixed reality environments
Protein etkileşimlerinin sanal gerçeklik ve karma gerçeklik ortamlarında görselleştirmesi
- Tez No: 694630
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF SÜRER, DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Karıştırılmış gerçeklik, Sanal gerçeklik, Mixed reality, Virtual reality
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Modelleme ve Simülasyon Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Protein-protein etkileşimleri (PPE), iki veya daha fazla protein yapısının fiziksel bağlantı yapısını tanımlar. Bu etkileşimler birleştirildiğinde, protein-protein etkileşim ağı (PPEA) oluşur. Protein yapıları arasındaki bu etkiler belirgin etkileşimlerdir. Bu etkileşimler, proteinler üzerindeki belirli bağlanma yerlerinde meydana gelirler ve üstlendikleri belirli bir biyolojik fonksiyon bulunmaktadır. Bu ağlarla, sağlıklı veya hastalıklı bir hücre veya canlı organizma içindeki süreçler incelenebilir. Bu tezde, Sanal Gerçeklik (SG) ve Karma Gerçeklik (KG) ortamlarında PPEleri ve PPEAleri gözlemlemek için üç boyutlu bir görselleştirme sistemi geliştirilecektir. SG ve KG ortamları için sistemin ayrıntılı performans testleri sağlanacaktır ve analiz edilecektir.
Özet (Çeviri)
Protein-protein interactions (PPI) define the physical contact of two or more protein structures. When these interactions are combined, the protein-protein interaction network (PPIN) is formed. The interactions between protein structures are distinct interactions—they happen in specific binding locations on proteins, and they have a specific biological function that they take on. With these networks, the processes within a cell or a living organism when healthy or diseased can be studied. In this thesis, a 3D visualization framework to envisage PPIs and PPINs in virtual reality (VR) and mixed reality (MR) environments will be developed. Detailed performance tests of the framework will be provided and analyzed for both VR and MR environments.
Benzer Tezler
- Causality analysis in biological networks
Biyolojik ağlarda nedensellik analizi
ÖZGÜN BABUR
Doktora
İngilizce
2010
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bölümü
DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Detecting g-protein coupled receptor interactions using enhanced green fluorescent protein reassembly
Geliştirmiş yeşil floresan proteinin yeniden birleşmesi kullanılarak g proteine kenetli reseptörlerin eşleşmesinin tespiti
GÖZDE KUMAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
YRD. DOÇ. DR. ÇAGDAS DEVRİM SON
YRD. DOÇ. DR. TÜLİN YANIK
- Varyant UnaG proteinlerinin geliştirilmesine yönelik protein mühendisliği uygulamaları
Protein engineering applications for the development of varyant UnaG proteins
NUMAN ECZACIOĞLU
Doktora
Türkçe
2020
BiyomühendislikKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAKUP ULUSU
- Nitroolefin functionalized BODIPY dyes for protein labeling
Protein etiketlemek amaçlı nitroolefin fonksiyonlandırılmış BODIPY boyaları
HATİCE TURGUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ENGİN UMUT AKKAYA
- G342E mutasyonunun ADAM10 enzimi üzerindeki etkilerinin ve notch proteinleri ile etkileşimlerinin modellenmesi ve biyolojik görselleştirme teknikleriyle sunulması
Modeling the effects of the G342E mutation on the ADAM10 enzyme and its interactions with notch proteins and communicating these findings through biological visualization techniques
ASIM NİYAZ
Doktora
Türkçe
2025
Tıbbi BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL ERGENE