Farklı kanser hücrelerinde LNCRNA CCAT1'in MXD1 geni ile etkileşimi
Interaction of LNCRNA CCAT1 and MXD1 gene in different cancer cells
- Tez No: 694158
- Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL OĞUZKAN BALCI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Apoptozis, Genler, Hücre döngüsü, Kolon neoplazmları, Mikro RNA, Neoplazmlar, RNA, Apoptosis, Genes, Cell cycle, Colonic neoplasms, Micro RNA, Neoplasms, RNA
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser, günümüzde önemli bir toplum sağlığı problemi olup dünya çapında önde gelen ölüm nedenlerinden biri durumundadır. Kanserin moleküler temeli geniş çaplı araştırılmış olmasına rağmen, kanser oluşumu ve ilerlemesine dair bilgilerimiz hala yetersizdir. Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), 200 nükleotidden uzun, protein kodlamayan RNA molekülleridir. Uzun kodlamayan RNA'lar, hem transkripsiyonel hem de translasyonel seviyede gen ifadesinin düzenlenmesinde rol almaktadırlar. LncRNA'ların mutasyonları ve yanlış düzenlenmeleri ile kanserin aşamaları arasında ilişki olduğu tespit edilmiştir. Son zamanlarda yapılan çalışmalarla, çeşitli kanser türleri ile ilişkili olan CCAT1 lncRNA'nın MYC geninin kromatin etkileşimlerini düzenlediği saptanmıştır. MYC proto-onkogeni, normal hücre davranışını pek çok yönden etkileyen MYC/MAX/MXD1 ağının bir üyesidir. MYC-MAX kompleksi, dizilim-özgü DNAbağlanma kompleksi oluşturarak transkripsiyonel etkinleştirici olarak görev yapmakta, MXD1 ise MYC ile yarışmalı olarak MAX'a bağlanır ve transkripsiyonel baskılayıcı olarak etki etmektedir. Çalışmamızda, CCAT1 lncRNA ve MXD1 geni arasındaki etkileşimi araştırmak amaçlanmıştır. Bu amaçla, farklı kanser hücre hatları, CCAT1 siRNA ve MXD1 siRNA ile ayrı ayrı transfekte edilmiştir ve CCAT1 lncRNA, MXD1 ve MYC genlerinin ifade seviyelerindeki değişimleri saptamak için RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Apoptoz ve hücre döngüsü üzerine etkileri ise akış sitometrik analiz yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca, CCAT1 ile MXD1 arasındaki olası etkileşimi araştırmak için, iki farklı biyoinformatik analiz yöntemi kullanılmıştır. Sonuç olarak, A549 hücre hattında CCAT1 lncRNA ve MXD1 geninin arasında direk veya dolaylı olarak zıt etkileşimleri olabileceği saptanmıştır. Bu etkileşim yaptığımız biyoinformatik analizlerle desteklenmiştir. Uzun kodlamayan RNA'ların kanser oluşumundaki moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına dair yapılan çalışmalar, lncRNA'ların biyobelirteç olarak kullanılabilmesine ve kansere karşı yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine olanak sağlama potansiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
Cancer is a major public health problem and is one of the leading causes of death worldwide. Cancer formation and progression are still not well-known processes despite extensive research of molecular basis of cancer. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are non-coding RNA molecules longer than 200 nucleotides. LncRNAs are involved in the regulation of gene expression at the transcriptional and translational levels. Mutations and misregulation of lncRNAs are found to be related with several stages of cancer. Acording to recent studies, CCAT1 lncRNA was found to regulate chromatin interactions of the MYC gene. The MYC proto-oncogene is a member of the MYC/MAX/MXD1 network that affects normal cell behaviours in many aspects. MYC-MAX complex acts as a transcriptional activator by forming sequence-specific DNA-binding complex while MXD1 binds to MAX via competiting with MYC and acts as a transcriptional repressor. In our study, it was aimed to investigate the interaction between CCAT1 lncRNA and MXD1 genes. For this purpose, different cancer cell lines were transfected with CCAT1 siRNA and MXD1 siRNA separately and the changes in expression levels of CCAT1 lncRNA, MXD1 and MYC genes were analyzed by RTPCR method. The effects on apoptosis and cell cycle were investigated by flow cytometric analysis method. In addition, two different bioinformatics analysis methods were used to investigate the possible interaction between CCAT1 and MXD1. As a result, it was determined that there may be direct or indirect opposite interactions between CCAT1 lncRNA and MXD1 gene in A549 cell line. This interaction is supported by bioinformatics analysis. Studies on understanding the molecular mechanisms of long non-coding RNAs in cancer formation will enable the development of lncRNAs as diagnostic markers or new treatment strategies against cancer.
Benzer Tezler
- Yeni tanılı erişkin akut miyeloid lösemili hastalarda, hücre proliferasyonu, hücre farklılaşması ve apopitozis üzerine etkili uzun kodlamayan rna'ların araştırılması
Investigation of long non coding rnas effective on cell proliferation, cell differentiation and apoptosis in de novo adult patients with acute myeloid leukemia
EBRU GÖNCÜ
Doktora
Türkçe
2024
HematolojiTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. JÜLİDE TOZKIR
- Connections between the circadian clock and cellular stress in cancer cells
Kanser hücrelerinde sirkadiyen saat ve hücresel stres arasındaki bağlantılar
HANDAN KÜLAHLI
Doktora
İngilizce
2021
Moleküler TıpGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Prostat kanserinde LNCRNA MEG3'ün RB1 ile ilişkili genler üzerindeki rolü
Role of LNCRNA MEG3 on RB1 related genes in prostate cancer
YUNUS ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2020
Moleküler TıpGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMEL ŞAHİN
- Hepatosellüler kanserde önemli bir LncRNA olan MIR100HG'nin transkripsiyonel regülasyonu
Transcriptional regulation of MIR100HG, an important LncRNA, in hepatocellular cancer
AYLİN TÜRKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Moleküler TıpBalıkesir ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
- Radyasyon uygulanan baş boyun kanseri hücre hatlarında uzun kodlamayan RNA PCAT6 ifadesinin incelenmesi
Investigation of long non-coding RNA PCAT6 expression in head and neck cancer cell lines treated with radiation
SABINA GULIYEVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Tıbbi Biyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÇIRAKOĞLU
DR. SEDA EKİZOĞLU