Geri Dön

Identifying the working principles of human DNA methyltransferase 3A enzyme by computational methods

İnsan DNA metiltransferaz enziminin çalışma mekanizmasının hesaplamalı yöntemlerle belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 691400
  2. Yazar: BÜŞRA SAVAŞ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEBNEM EŞSİZ GÖKHAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Biyofizik, Biostatistics, Bioengineering, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: Biyolojik etkileşim, DNA metilasyonu, Modeller-moleküler, Yapı dinamiği, Biological interaction, DNA methylation, Models-molecular, Structural dynamics
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

DNA metilasyonu, metilasyon deseninin sürdürülmesi ve oluşturulmasından sorumlu epigenetik mekanizmalardan biridir. DNA metiltransferaz 3 (DNMT3) enzim ailesi DNA'nın sıfırdan metilasyonunu düzenler bu nedenle de novo metiltransferazlar olarak adlandırılır. İki üyesi, DNMT3A ve DNMT3B, DNA ve S-Adenosilmetiyonin (SAM) arasındaki reaksiyonu katalize eder. Diğer üyesi olan DNMT3L ise DNA ile doğrudan etkileşime girmese de, DNMT3A ve DNMT3B'ye bağlanarak reaksiyonu allosterik olarak hızlandırır. Ek olarak, reaksiyonun etkinliğinin DNMT3A: DNMT3L kompleksinin oluşumu ile daha da arttığı görülmüştür. DNMT3A: DNMT3L kompleksi, proteinler arasında hidrofobik arayüzün oluştuğu heterodimer ve hem hidrofobik hem de hidrofilik arayüzler içeren heterotetramer formunda olarak bulunur. Bu çalışmada, bu arayüzlerin ve DNMT3L'nin DNMT3A'nın çalışma prensipleri üzerindeki etkisini bulmayı hedefledik. Bu amaç doğrultusunda, DNM3L'nin allosterik etkisini tespit etmek için PCA analizini kullandık. Ek olarak, MD simülasyonu sırasında meydana gelen protein-DNA etkileşimleri hem heterodimer hem de heterotetramer kompleksleri için incelendi.

Özet (Çeviri)

DNA methylation is one of the epigenetic mechanisms in mammalians, responsible from maintenance and establishment of methylation pattern. DNA methyltransferase 3 (DNMT3) enzyme family modulates methylation from scratch and named as de novo methyltransferases. Two member of this family, DNMT3A and DNMT3B catalyze the reaction in between DNA and S-Adenosylmethionine (SAM). Although other member, DNMT3L, does not interact with DNA directly and catalytically inactive, stimulates of the reaction allosterically by binding to DNMT3A and DNMT3B. Additionally, efficiency of the reaction increases more with formation of DNMT3A:DNMT3L complex. DNMT3A:DNMT3L complex is found as heterodimer, where hydrophobic interface is formed in between proteins, and heterotetramer including both hydrophobic and hydrophilic interfaces. In this study we studied the effect of these interfaces and DNMT3L on working principles of DNMT3A. To that end, PCA analysis is applied to detect allosteric effect of DNM3L. Additionally, protein-DNA interactions that occur during MD simulation are examined for both heterodimer and heterotetramer complexes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    263142

    Bağımsız anaokullarında görev yapan öğretmenlerin ve okul müdürlerinin demokrasi ve demokrasi eğitimine ilişkin görüşleri: Eskişehir il örneği

    The opinions of teachers? and principals? working in public preschools regarding democracy and democracy education: The Eskisehir sample

    SEVCAN YAĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Eğitim ve ÖğretimAnadolu Üniversitesi

    İlköğretim Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MERAL ÖREN

  2. Tez No

    285852

    Beyin avcılığının insan kaynakları yönetimi'ndeki yeri ve önemi ilişkin bir araştırma

    A research about the role and importance of headhunting in human resources management

    NESİME ORHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    İşletmeYıldız Teknik Üniversitesi

    İşletme Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. ŞULE ÇERİK

  3. Tez No

    286061

    İlköğretim 5. ve 6. sınıf sosyal bilgiler dersindeki cumhuriyet ve demokrasi kavramlarıyla ilgili içerik öğelerinin bazı değişkenler tarafından incelenmesi

    The examination of the elements of content about the concepts“republic”and“democracy”in social studies course in the 5th and 6th grade primary instruction in terms of some variables

    ELİZA HABİBOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Eğitim ve ÖğretimÇukurova Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. MAHİNUR KARATAŞ COŞKUN

  4. Tez No

    66841

    Kentsel tasarım açısından çevresel standartların yükseltilmesinde teknoparkların rölü. İzmir Alaçatı örneği

    From the urban design point of the view the role of technoparks in increasing the level of environmental stand arts: İzmi̇r/Alaçatı sample

    AYSU ÖZLEM ÇIRAKCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE SEMA KUBAT

  5. Tez No

    720597

    Çok katmanlı kültürel mirasın korunmasında kapasite geliştirme yaklaşımı ve katılım: Bergama (Pergamon) kenti

    Capacity building and participation in the conservation of multi-layered cultural heritage: the case of Bergama (Pergamon) city

    GÜLCE GÜLEYCAN OKYAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MimarlıkMimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEMET BİNAN

Geri Dön