Preeklampsili hastaların plasenta ve ilgili dokularından elde edilen RNA dizilerinden yolak analizi
Pathway analysis from RNA sequencing obtained from placenta and related tissues of patients with preeclampsia
- Tez No: 688108
- Danışmanlar: PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Biyoistatistik, Genetics, Biology, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Anne ve bebeği olumsuz etkileyerek çeşitli hastalıklara hatta ölüme bile neden olabilen preeklampsi, %2-5 oranında insidans sergilemektedir. Anjiyojenik faktörlerin moleküler düzeyde düzensizliğine dayanan bu hastalık, endotelyal hasar ve koagülopati sergiler. Böbrekteki endotel hasarı proteinüriye neden olurken, damarlarda vazokonstriksiyon disfonksiyonuna; maternal kardiyovasküler sistemi istila ederek kaçınılmaz hipertansiyona neden olur. Bu çalışmada, normal doğum yapan ve preeklampsi hastalarınIN plasental doku, kordon, plasenta yatağı, plasenta kendisinden izole edilen RNA örneklerinden, Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile gerçekleştirilen RNA-seq ile gen ekspresyon profilinin çıkarılması, genlerin ilişkili oldukları biyolojik yolaklar ve ağ analizlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Önceki çalışmada, Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile dizilenen RNA-seq verilerinin analizleri ve farklı ifade edilen genlerin tespiti Tuxedo Protokolü ile gerçekleştirildi. Tez kapsamında, farklı ifade edilen genlerin ileri analizi için 0.05 p_value seviyesinde inceleme yapılarak, anlamlı olarak ifadesi değişmiş genler tespit edildi. Genlerin protein-protein xii etkileşimleri, RStudio kullanılarak KPM 4.0 aracılığıyla belirlendi. Yukarı ve aşağı düzenlenen ilgili genleri belirledikten sonra yolak analizi için g: PROFILER veritabanına ayrı ayrı girildi. Sonuçların GO terimleri ve genlerin hangi yollarda zenginleştirildiği saptanmıştır. CYTOSCAPE 3.8.2, ilgili genlerin düğümlerini ve bağlantılarını görselleştirmek ve KPM şablonuna göre ağ analizi yapmak için kullanıldı. Analiz sonuçlarına göre, aşağı düzenlenen 130, yukarı düzenlenen 256 tane gen bulunmuştur. Hem yukarı regülasyonda hem de aşağı regülasyonda en çok etkileşime sahip gen APP genidir. Aşağı düzenlenen genlerin zenginleştiği yolaklar, kanserde liganda duyarlı EGFR varyantları ile sinyalleşme yolağı, CBL tarafından sinyallemenin düzenlenmesi, Beyin Türevli Nörotrofik Faktör (BDNF) sinyal yolu, Kit reseptör sinyalleme yolağı, Koronavirüs hastalığı-Covid-19, Fc epsilon RI signalleme yolağı, Nörotrofin sinyalleme yolaklarıdır. Yukarı düzenlenen genler ise Östrojen sinyal yolağı, Hücre-hücre iletişimi, Beyin türevli nörotrofik Faktör (BTNF) sinyal yolağı, Kornifiye zarfın oluşumu, Gelişimsel biyoloji, Gastrin sinyalleme yolağında zenginleşmiştir.
Özet (Çeviri)
Preeclampsia causing various diseases and even death by affecting the mother and baby, has an incidence of 2-5% with based on the dysregulation of angiogenic factors, exhibits endothelial damage and coagulopathy. While endothelial damage in the kidney causes proteinuria, vasoconstriction dysfunction in vessels; It invades the maternal cardiovascular system, causing inevitable hypertension. In this study, it was aimed to determine the gene expression profile by RNA-seq performed by the Next Generation Sequencing method and to determine the biological pathways and network analyzes to which genes are related, from RNA samples isolated from placenta and related tissues in normal delivery and preeclamptic patients. The previous study analyzed RNA-seq data sequenced by xiv Next Generation Sequencing and detection of differentially expressed genes by the Tuxedo Protocol. In this thesis, for the further analysis of the differentially expressed genes examining the 0.05 p_value level, and the genes with significantly changed expression were detected. KPM 4.0 using RStudio determined protein-protein interactions. After identifying the genes of upregulated and downregulated, they were separately entered into the g:Profiler database for pathway analysis. The GO terms of the results and how the genes were enriched were determined. CYTOSCAPE 3.8.2 was used to visualize nodes and interaction of genes and perform network analysis according to the KPM template. As a result, 130 genes exhibited downregulation and 256 upregulations. The gene with the most interaction in both up-regulation and down-regulation was the APP gene. Pathways in which downregulated genes are enriched in the Signaling by ligand-responsive EGFR variant in cancer, Regulation of signaling by CBL, Brain-derived neurotrophic factor (BDNF) signaling, Kit receptor signaling pathway, Coronavirus disease-Covid-19, Fc epsilon RI signaling pathway, Neurotrophin signaling pathway. Upregulated genes were enriched in the Estrogen signaling pathway, Cell-cell communication, Brain-derived neurotrophic factor (BDNF) signaling, Formation of the cornified envelope, Developmental biology, Gastrin signaling pathway.
Benzer Tezler
- HELLP sendromu (Hemoliz, yükselmiş karaciğer enzimleri ve düşük trombosit sayısı) olan 75 gebede maternal morbidite ve mortalite
Maternal morbidity and mortality in 75 patients suffering from HELLP syndrome (Hemolysis, elevated liver enzymes and low platelets)
HAKAN GÜRBÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1998
Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YILDIRIM ALKAN
- Kliniğimizin 3.5 yıllık eklampsi olgularının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
SERCAN ESEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Kadın Hastalıkları ve DoğumDicle ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TALİP GÜL
- Antenatal eğitim alan ve almayan gebelerin doğum sonuçlarının karşılaştırılması
Comparison of the birth outcomes between pregnant women whom received antenatal training and whom did not
MUSTAFA BAKIRCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FULYA KAYIKÇIOĞLU
- Birinci ve ikinci trimester maternal serum homosistein seviyeleri ve uterin arter doppler ultrason ölçümleri ile anormal plasentasyonun ilişkisi
The association between abnormal plasentation and first and second trimester maternal serum homocysteine levels and doppler ultrasound of uterine artery
CEMİL KAYMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Kadın Hastalıkları ve DoğumDokuz Eylül ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAMIK DEMİR
- Geçirilmiş sezeryan sonrası uterin skar defekti (NİŞ) gelişiminde preoperatif anterior duvar myometrium kalınlığı ve uterus kapatma teknikleri arasındaki korelasyonun değerlendirilmesi
Evaluation of correlation between preoperative anterior wall myometrium thickness and uterus closure techniques in the development of uterine scar (niche) defect postoperative c-section
RAZİYE TORUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Kadın Hastalıkları ve Doğumİzmir Katip Çelebi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEFA KELEKÇİ