Termal kaynak mikrobiyomunun çevresel dna metabarkodlama ile belirlenmesi
Identification of thermal spring microbiota with environmental dna metabarcoding
- Tez No: 685319
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMRE KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Biyoloji, Microbiology, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Belirli bir habitat içerisinde yaşayan mikroorganizmaların (bakteri, arke, virüs vs.) genomları mikrobiyom olarak tanımlanmaktadır. Evrensel primerler aracılığıyla çevresel DNA örneği içerisinden birden fazla türe ait kısa nükleotit dizilerinden oluşan ve türler arası farklılık gösteren barkod bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılması tekniği eDNA metabarkodlama olarak isimlendirilmiştir. Son zamanlarda daha doğru ve detaylı mikrobiyom analizlerinin gerçekleştirilmesi için yüksek verimli DNA dizileme teknolojilerine başvurulmaktadır. Birçok mikroorganizmanın habitatı olan ve ekstrem koşullara sahip termal kaynaklar, henüz tam olarak keşfedilmemiş biyolojik çeşitlilik barındırır. Termal kaynaklardaki yaşamın çeşitliliğinin kültür gibi konvansiyonel tekniklerle tespiti, bu kaynakların fizikokimyasal yapılarından ötürü simüle edilmesi zor ortamlar oluşturmasından dolayı oldukça sınırlıdır. Bu çeşitliliğin tespiti özellikle biyoteknoloji alanında olası araştırma ve geliştirme potansiyelleri için önem arz etmektedir. Bu tez çalışması ile termal kaynak mikrobiyomunun bu kaynaklardan izole edilen çevresel DNA'ların metabarkodlamasıyla tespit edilmesi, sıcaklık ve kimyasal içerikten kaynaklanan farklılıkların mikrobiyoma yansımasının ortaya konması ve biyoteknolojik araştırmalarda kullanılmak üzere bir veri tabanı oluşturulması amaçlanmıştır. Böylece Türkiye'de eDNA metabarkodlama yöntemi kullanılarak termal kaynak mikrobiyom tespitinin yapıldığı ilk çalışma olmakla beraber dünya literatürüne bu alanda ham verilerin analizine yönelik yeni bir biyoinformatik iş akışı ve metabarkodlamaya uygun referans veri tabanı oluşturulmuştur.
Özet (Çeviri)
The genomes of microorganisms (bacteria, archaea, virus, etc.) living in a particular habitat are defined as the microbiome. The technique of amplifying the barcode region, which consists of short nucleotide sequences belonging to more than one species and differs between species, from the environmental DNA sample through universal primers, by polymerase chain reaction is called eDNA metabarcoding. Recently, high-throughput DNA sequencing technologies have been used to perform more accurate and detailed microbiome analyzes. Thermal springs, which are the habitat of many microorganisms and have extreme conditions, contain biodiversity that has not yet been fully explored. Detection of the diversity of life in thermal springs by conventional techniques such as culturing is very limited due to the physicochemical (temperature, heavy metal content, pH, etc.) conditions in these places. Detection of this diversity is especially important for possible research and development potentials in the field of biotechnology. In this thesis, it is aimed to determine the thermal source microbiome by metabarcoding of environmental DNA isolated from these sources, to reveal the reflection of differences caused by temperature and chemical content on microbiome, and to create a database to be used in biotechnological research. Thus, as well as it is the first study in Turkey to detect the thermal source microbiome using the eDNA metabarcoding method, a new bioinformatics workflow for the analysis of raw data in this field and a reference database suitable for metabarcoding provided to the world literature.
Benzer Tezler
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Yatayda 180 derece tarama yapan 100 metre mesafeli termal kaynak dedektörü
Başlık çevirisi yok
SALİH SÖYLER
- Faz değiştiren malzeme esaslı termal enerji depolama birim şeklinin ve ısı kaynak yönünün enerji depolama üzerine etkilerinin araştırılması
Evaluation of the melting process in an energy storage unit containing phase change material at different heating powers
SAMED ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
EnerjiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMİT NAZLI TEMEL
- Ziga (Aksaray) jeotermal sularının sürdürelebilirlik ve kaynak alanındaki travertenlerin termal turizm açısından değerlendirilmesi
Evaluation of sustainability of Ziga (Aksaray)geothermal waters and thermal tourism of travertines in the field
HULUSİ BUĞRAHAN DEMİREL
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Jeoloji MühendisliğiAksaray ÜniversitesiJeoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA AFŞİN
- Isı akış ölçer (IAÖ) ve geçici düzlem kaynak (GDK) tekniği ile klasik yalıtım malzemelerinin termal özelliklerinin deneysel olarak belirlenmesi
As the experimental determination of the thermal properties of conventional insulating materials heat flow meter (HFM) and transient plane source (TPS) technique
CEREN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
EnerjiSüleyman Demirel ÜniversitesiEnerji Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT KORU