Türkiye'de SARS-CoV-2'nin tüm genom dizileme
Whole genome sequencing of SARS-CoV-2 in Turkey
- Tez No: 681228
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN MİTHAT BOZDAYI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
SARS CoV-2, hafif ila agresif solunum sistemi enfeksiyonlarından sorumlu olan RNA virüsüdür. Aralık 2019'dan günümüze kadar bu virüs yaklaşık 173 Milyon insanın morbiditesine ve 3.72 Milyon insanın mortalitesine neden oldu. Bu çalışmanın amacı Türkiye'deki hastalardan izole edilen viral suşların tüm genom dizilimini yapmaktadır. Sekanslama işlemi, Illumina Iseq 100'de PARAGON Cleanplex sekanslama paneli kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmamızda 72 örnekler sekanslanabildi ve toplam 84 mutasyon rapor edilmişti. En yaygın görülen nükleotid varyasyonu, genomun ORF1ab, S ve N bölgelerinde mevcuttu. Bu varyasyonlardan bazıları eşanlamlı olmayan amino asit mutasyonları ile sonuçlanmıştır. Çalışmamızda en sık görülen amino asit mutasyonlarından biri olan D614G çoğu örneklerde 14408C>T ve 3037C>T ile birlikte bulunmuştur. Bu birlikte var olan mutasyonlar son zamanlarda Avrupa'da en sık gözlenen varyantlardan birinin karakteristiği olarak tanımlanmıştır. Çalışmamızdan elde edilen veriler, açıklanan mutasyonların ilaca dirençli viral fenotiplerin ortaya çıkmasına neden olup olmayacağını görmek için kullanılabilir. Bu mutasyonlar ayrıca virüsün patojenitesini, geçişini ve replikasyon oranını da etkileyebilir. Bu nedenle, mutasyonların kesin sonucunu analiz etmek ve virüsün devam eden evrimini izlemek için daha fazla değerlendirme yapılması önermektedir.
Özet (Çeviri)
SARS CoV-2 is the RNA virus responsible for mild to aggressive respiratory infections. From December 2019 to the present, the virus has caused the morbidity of about 173 million and the mortality of 3.74 miollion people worldwide. The aim of this study was to perform full genome sequencing of viral strains isolated from patients in Turkey. Sequencing was performed using the PARAGON Cleanplex sequencing panel in the Illumina Iseq 100. A total of 72 viral strains were sequenced and a total of 84 mutations were reported. The most common nucleotide variation was present in the ORF1ab, S, and N regions of the genome. Some of these variations have resulted in amino acid mutations that are not synonymous. In this study, one of the most commonly reported mutation was D614G. In many samples, this mutation was frequently found together with 14408C>T and 3037C>T. These co-existing mutations have recently been identified as characteristic of one of the most commonly observed variants in Europe. In conclusion, the data from this study could be used to see if the mutations described would lead to the emergence of drug-resistant viral phenotypes. These mutations can also affect the pathogenicity, transmission and replication rate of the virus. Therefore, more detailed research is recommended to assess the exact outcome of these mutations and monitor the ongoing evolution of the virus.
Benzer Tezler
- Generation of plasmid-based eukaryotic model to investigate biology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein and glycoproteins
Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsü nükleoproteinin ve glikoproteinlerinin biyolojisinin çalışılmasında plazmit temelli ökaryotik model oluşturulması
NESİBE SELMA ÇETİN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. MEHMET ZİYA DOYMAZ
- COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Relationship between SARS-COV-2 full genome analysis and clinical findings in patients diagnosed with COVID-19
FİRUZE SOYAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA SARI
- Investigating the SARS-COV-2 specific antibody response in convalescent pediatric COVID-19 patients
COVİD-19 tanısı alıp iyileşmiş pediatrik hastalarda SARS-COV-2'ye karşı spesifik antikor cevabının araştırılması
FATMA ÖYKÜ ELASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Türk toplumunda SARS-CoV-2 ile enfekte hastalarda ACE gen polimorfizm ve düzey araştırması
ACE gene polymorphism and level research in SARS-CoV-2 infected patients in Turkish society
SEMA ÖZBEK BAYKARA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL ORDU
DOÇ. DR. SEMA ALAÇAM
- Development of a combination vaccine against N. meningitidis and SARS-CoV-2 and analysis of MIS-C plasma and extracellular vesicles in relation to disease severity in pediatric patients
N. meningitidis ve SARS-CoV-2'ye karma aşı geliştirilmesi ve pediatrik hastalarda hastalık şiddeti ile ilişkili olarak MIS-C plazması ve ekstraselüler veziküllerin analizi
TUĞÇE CANAVAR YILDIRIM
Doktora
İngilizce
2025
Biyoteknolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL