Association mapping of underground traits in potato (Solanum tuberosum L.)
Patateste (Solanum tuberosum L.) toprak alti özelliklerinin ilişkilendirme haritalamasi
- Tez No: 672790
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET EMİN ÇALIŞKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yumru bitkileri, kök, gövde ve yumru fenotiplemesinde ölçülebilir biyolojik varyasyona sahiptir ve bu varyasyonlar, bu özellikleri kontrol eden genomik bölgeleri tanımlamak için kullanılabilir. Bu çalışma, bu konuda yapılan ilk kapsamlı ilişkilendirme haritalaması çalışmasıdır. Biyolojik olarak önemli bir varyasyonu ortaya çıkarmak için genetik varyasyonu yüksek olan 192 tetraploid patates (Solanum tuberosum L.) genotipinden oluşan paneldeki bitkiler aeroponik ve saksılarda büyütülmüştür. Kök özellikleri için fenotipleme WinRHIZO programıyla yapılırken stolon ve yumru özellikleri için manuel fenotipleme yapılmıştır. SNP genotiplemesi için SolCAP 25K patates dizisi kullanılmıştır. Kök özellikleri bakımından patates genotipleri arasında yüksek kalıtsallık ile önemli istatistiksel farklılıklar gözlemlenmiştir. Markör-özellik ilişkileri için, Q + K doğrusal karma model uygulanmış ve 174 yeni genomik bölge tespit edilmiştir. STRUCTURE ve PCA analizi, genotipleri dört alt popülasyonda gruplandırırken 2.316 Mbps'de (r 2 = 0.29) LD bozunması belirlenmiştir. Tanımlanan SNP'ler varsayılan bir gen fonksiyonlarına sahiptir. Elde edilen bulgular, patates üretimindeki iyileştirmeler için ilerideki patates ıslah programlarında kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Tuber crops have measurable biological variation in root, stolon and tuber phenotyping, and these variations may be utilized to identify the genomic regions controlling these traits. This is the first comprehensive association mapping study related to potato underground traits. A diverse panel of 192 tetraploid potato (Solanum tuberosum L.) genotypes were grown in aeroponics and pots to reveal a biologically significant variation. High-throughput phenotyping was performed for root traits by WinRHIZO, and manual phenotyping was done for stolon and tuber traits, while SolCAP 25K potato array was used for SNP genotyping. Significant variation was observed among the potato genotypes for underground traits along with high heritabilities. For marker-trait associations, Q+K linear mixed model was implemented and 174 novel genomic regions were detected using additive gene action model. Structure and PCA analysis grouped genotypes into four sub-populations disclosing population genetic diversity. LD decay was observed at 2.316 Mbps (r2=0.29) in the population. The identified SNPs had a putative gene function. The findings of our study will be employed in the future potato breeding programs for the improvements in potato production.
Benzer Tezler
- Yer radarı yöntemi ile Kuzey Anadolu fayının Balıkesir yöresinden geçen kesiminin belirlenmesi
Determination of the part of the North Anatolian fault crossing Balikesir district by the method of ground penetrating radar
MURAT SANDALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Jeofizik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜNAY BEYHAN
- Bakacak- Hendek (Sakarya) bölgesi metalik maden yatağının jeofizik ve uzaktan algılama yöntemleri ile incelenmesi
Detection of geological structures by remote sensingmethods using satellite images
FAZLI AHMET ZENGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeofizik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜNAY BEYHAN
- Jeodezik çalışmalarla İzmit körfezi ve yakın çevresi kabuk deformasyonlarının belirlenmesi
Determination of crust deformations of İzmit region and its vicinity with geodetic studies
MEHMET BAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAHMİ NURHAN ÇELİK
- Kurtuluş Rum İlkokulu restorasyon projesi
Restoration project of Kurtuluş Greek Primary School
AYŞEGÜL NEBİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLSÜM TANYELİ
- Kurumların ürettiği konumsal verilerin coğrafi bilgi sistemleri organizasyonu ile en uygun biçimde kullanımı
The optimum use of the spatial data produced by the institutions using geographical information systems
BURCU ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SITKI KÜLÜR