Association mapping of quality traits in potato (Solanum tuberosum L.)
Patateste (Solanum tuberosum L.) kalite özelliklerınin ilişkilndirme haritalandırması
- Tez No: 665538
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET EMİN ÇALIŞKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Patates (Solanum tuberosum L.) yetiştiriciliğinde, geliştirilmiş yumru kalitesi her zaman elde edilmek istenen özelliklerden biri olmuştur. Bu çalışmanın amacı, 192 adet tetraploid patates genotipinden oluşan panelde ilişkilendirme haritalaması yöntemiyle 25K SolCAP dizisini kullanarak on iki önemli yumru kalitesi özelliği ile ilişkili SNP'leri belirlemektir. Fenotipleme, HPLC gibi yeni nesil platformlar kullanılarak stabilite analizi ile kararlı genotipleri ortaya çıkarmak için gerçekleştirildi. Bayes kümeleme yaklaşımı, STRUCTURE algoritması aracılığıyla değerlendirilen dört alt popülasyonu tanımlar. LD ve ilişkilendirme haritalaması için 13606 polimorfik SNP markör kullanılmıştır. LD analizi, patatesin ıslah sürecini yansıtan 2.31 Mbs düzeyinde bir çözünme ortaya çıkarmıştır. İlişkilendirme Haritalaması, sırasıyla eklemeli ve genel modellerle 215 ve 430 önemli SNP ortaya çıkaran 2 poliploid gen aksiyonu ile doğrusal karışık model (Q + K) kullanılarak gerçekleştirildi. Tanımlanan SNP'ler, nişasta biyosentezinin, karotenoid biyosentezi (bch), stres tepkileri ve suberin biyosentezinde yer alan transkripsiyon faktörleri (MYB, bHLH, bZIP) ile ilgili çok çeşitli gen fonksiyonlarına sahiptir. Bu çalışmada elde edilen bulgular sonucunda patateste kalite özellikleriyle ilgili seleksiyon markörlerinin geliştirilmesiyle genomik destekli ıslaha kaynak sağlanacaktır.
Özet (Çeviri)
In potato (Solanum tuberosum L.) breeding, improved tuber quality traits have long been a critical goal. The aim of current study was to perform an association mapping (AM) to identify the SNPs in tetraploid potato panel of 192 genotypes, associated with twelve important tuber quality traits, using 25K SolCAP array. Phenotyping was performed using high throughput platforms like HPLC, coupled with stability analysis to reveal the stable genotypes. Bayesian clustering approach identifies four sub-populations assessed through STRUCTURE algorithm. Robust 13606 polymorphic SNP markers were used for LD and AM. LD analysis revealed a LD decay at 2.31 Mbps, reflecting breeding history of potato. AM was performed using linear mixed model (Q+K) with 2 polyploid gene actions revealing 215 and 430 significant SNPs with additive and general models, respectively. The identified SNPs have multifarious gene functions related to transcriptional regulation of starch biosynthesis, asparagine metabolism, carotenoid biosynthesis (bch), signal transduction transporters and transcription factors (MYB, bHLH, bZIP) involved in polyphenolic biosynthetic pathways, stress responses and suberin biosynthesis. The findings of this study will provide resources for genomics enabled breeding such as development of selection markers for quality traits in potato.
Benzer Tezler
- Seçilmiş yulaf hatlarında yağ ve yağ asitleri ile bazı kalite özelliklerinin ilişkili haritalama analizleri
Association mapping analysis of oil content and fatty acid composition with some quality traits in selected oat genotypes
SELÇUK SUNULU
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA YILDIRIM
DOÇ. DR. ZİYA DUMLUPINAR
- Association analysis and mapping of fiber quality in cotton
Pamukta ilişkilendirme haritalaması yöntemiyle lif kalite özellikleri ile ilişkili markör belirleme
KHEZIR HAYAT BHATTI
Doktora
İngilizce
2018
BiyomühendislikKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. İSMAİL AKYOL
YRD. DOÇ. DR. ADEM BARDAK
- Cevizde (Juglans regia L.) bazı fenolojik özelliklerle bağlantılı DNA markörlerinin ilişki haritalama yöntemi ile belirlenmesi
Determination of dna markers linked to some phenological traits with association mapping method in walnut (Juglans regia l.)
ŞAKİR BURAK BÜKÜCÜ
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SÜTYEMEZ
- Ülkemiz kayısı genetik kaynaklarında bazı agronomik özellikler ile DNA markörleri arasındaki ilişkilerin ilişki haritalama (association mapping) ile saptanması ve biyoçeşitliliğin moleküler düzeyde belirlenmesi
Identification of DNA markers associated with some agronomically important characters through association mapping and determination of biodiversity in molecular level in Turkey's apricot gerplasm
FİLİZ FERİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Antepfıstığında (Pistacia vera L.) ilişkili haritalama yöntemi kullanılarak bazı biyokimyasal parametreler ile bağlantılı lokusların belirlenmesi
Determination of loci related to some biochemical parameters using association mapping method in pistachio (Pistacia vera L.)
GÖZDE NOGAY
Doktora
Türkçe
2022
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS