Identification of protein partners of SETD3 in mouse embryonic stem cells
Fare embriyonik kök hücrelerde SETD3 proteiniyle etkileşen proteinlerin proteomik açıdan belirlenmesi
- Tez No: 659137
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NİHAL TERZİ ÇİZMECİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Embriyonik gelişim hızlı hücre bölünmelerinin bulunduğu, son derece planlı ve düzenli bir süreçtir. Bu süreçte embriyo farklılaşmaya başlar ve gelişimin sonunda hücreler tamamen farklılaşmıştır. Farklılaşmaya karar aşaması çeşitli histon ve kromatin düzenleyici kompleksler gibi birçok epigenetik faktör tarafından düzenlenir. SETD3, bu pluripotent-farklılaşma dengesinin yönetilmesinde görevli histon metiltransferazlardan biridir. Daha önceki çalışmalarımızda, SETD3'ün fare EKH'lerinin mezendoderm tabakasına farklılaşmasında gerekli bir protein olduğunu belirledik. Buna rağmen, SETD3'ün hücre çekirdeğindeki diğer protein partnerleri tam olarak bilinmemektedir. IP-MS deneyimizle belirlediğimiz aday proteinler için derinlemesine bir analiz yaptık. Ardından, biyokimyasal deneyler ile BRD2 ve TFCP2L1 proteinlerinin SETD3 metil transferazının protein partnerleri olduğunu gösterdik.
Özet (Çeviri)
Embryonic development is a highly coordinated process that contains rapid cell divisions. During this time, the cells also start differentiation, and at the end of development, the cells become fully differentiated. This differentiation commitment is regulated by epigenetic factors like histone modifiers, chromatin regulators. SETD3 is one of the histone methyltransferases that govern this pluripotency-differentiation balance. We have previously found that SETD3 is crucial for mesendoderm differentiation of mESCs. However, the partners of Setd3 in the nucleus is not well known. We have performed IP-MS and analyzed the candidate proteins deeply. Then, we performed biochemical assays (co-IP and PLA) and showed BRD2 and TFCP2L1 proteins are the protein partners of SETD3 methyltransferase.
Benzer Tezler
- Identification of protein partners of acidic calponin
Asidik calponin etkileşim içerisinde bulunduğu proteinlerin tanimlanmasi
EMİNE DİNDAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Identification of the interacting protein partners of the ThPOK transcription factor
Transkripsiyon faktörü ThPOK ile etkileşimi olan proteinlerin belirlenmesi
SERKAN BELKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BATU ERMAN
- Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells
Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması
NİSAN DENİZCE CAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Onkolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Identification of novel interaction partners of nuclear factor I B
Nükleer faktör I B`nin etkileşim partnerlerinin tanımlanması
AHMET ERDAL YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Functional identification of RasGEF1 family of exchange factors as activators of Rap2, and as interacting partners of Ccdc124
Ras guanin değişim faktörü-1 (RasGEF1) ailesi proteinlerin Rap2 aktivatörleri olarak tanımlanması ve Ccdc-124 ile etkileşiminlerinin belirlenmesi
ELİF YAMAN
Doktora
İngilizce
2009
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY