Olası anti-kanser özellik gösteren bazı farmakolojik bileşiklerin yoğunluk fonksiyoneli teorisi yöntemi ile moleküler özelliklerinin incelenmesi
Investigation of molecular features of some pharmacological compounds with potential anti-cancer property by using density functional theory method
- Tez No: 656876
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU KARAYEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: X ışını, X ray
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hitit Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmanın amacı; olası antikanser özellik gösteren N-siklohekzil -5-((2-fenil-1H-benzo[d]imidazol-1-il)metil)-1,3,4-oksadiazol-2-amin (1), 2-(4-klorofenil) (2), 2-(4-metoksifenil) (3), 2-(3,4-dimetoksifenil) (4) ve 2-(3,4-dibenziloksifenil) (5) moleküllerinin en kararlı durumlarını, konformasyonlarını ve elektronik özelliklerini yoğunluk fonksiyoneli teorisi yöntemi kullanarak belirlemektir. Beş molekül içerisinden sadece molekül 1'e ait uygun tek kristaller elde edilebildiği için bu molekülün yapısı X-ışını kırınımı yöntemi ile aydınlatılmıştır. Bu molekülün yapı çözümünde kullanılan Bragg yansıma şiddetleri, Bruker APEX-II CCD kırınımmetresi ile toplanmıştır. Toplanan veriler WinGX paket programı içerisinde yer alan SHELXS-97 ve SHELXL-97 programları kullanılarak yapı çözümünde kullanılmıştır. Bu sayede moleküle ait bağ uzunluğu, bağ açısı, torsiyon açısı ve dihedral açısı gibi moleküler geometriyi ilgilendiren parametreler belirlenmiştir. Model geometrilerin çizimi için GausView 5.0 programı kullanılırken; kuantum mekaniksel hesaplamaları için ise Gaussian 09W programı kullanılmıştır. Bu programda yoğunluk fonksiyoneli teorisi yöntemlerinden faydalanılarak hesaplamalar yapılmıştır. Enerji optimizasyonları B3LYP/6-31G(d,p) seviyesinde yapılmıştır. Ayrıca moleküllerin potansiyel enerji yüzeyindeki durağan noktalarda tek tek frekans hesapları yapılarak global minimumda olup olmadıkları (negatif frekansa sahip olup olmadıkları) belirlenmiştir. Tüm moleküllerin tekli bağlar etrafındaki bir ve iki boyutlu taramaları yapılarak konformasyonel analizleri yapılmıştır. Bu sayede en kararlı durumları belirlenmiştir. Moleküllerin, PES üzerindeki sabit noktalarda ayrı ayrı frekans hesaplanarak küresel minimumda olduğu (yani hayali bir frekansta olmadığı) belirlendi.
Özet (Çeviri)
The purpose of this study is to determine the most stable states, conformations and electronic properties of N-cyclohexyl -5 - ((2-phenyl-1H-benzo [d] imidazol-1-yl) methyl) -1,3,4-oxadiazole-2-amine (1), 2- (4-chlorophenyl) (2), 2- (4-methoxyphenyl) (3), 2- (3,4-dimethoxyphenyl) (4) and 2- (3,4-dibenzyloxyphenyl) (5) molecules with potential anticancer property by using density functional theory method. Since only suitable crystals belonging to molecule 1 can be obtained from five molecules, the structure of this molecule was investigated by X-ray diffraction method. The Bragg reflection intensities used in the structural solution of this molecule were collected by Bruker APEX-II CCD diffractometer. The collected data were used in the structure solution by using SHELXS-97 and SHELXL-97 programs included in the WinGX package program. Thus, parameters related to molecular geometry such as bond length, bond angle, torsion angle and dihedral angle of the molecule were determined. While using GausView 5.0 program for drawing the model geometries; Gaussian 09W program was used for quantum mechanical calculations. In this program, calculations were made by using density functional theory methods. Energy optimizations were made at B3LYP / 6-31G (d, p) level. In addition, it was determined whether the molecules have been at a global minimum (whether the molecules have no negative frequency) by calculating individually frequencies at the stationary points on potential energy surface. Conformational analysis of all molecules was performed by making one and two dimensional scans around single bonds. In this way, their most stable states were determined.
Benzer Tezler
- Kinolin grubu içeren bazı yeni porfirin bileşiklerinin sentezi ve yapılarının aydınlatılması
Synthesis and structures elucidation of some new porphyrin compounds containing quinoline group
MILAD NOROUZIDASTJERDI
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Scorpio fuscus venomunun karakterizasyonu ve insan kolon kanseri üzerine moleküler düzeyde etkilerinin incelenmesi
Characterization of scorpio fuscus venom and investigation of its effects on human colon cancer at the molecular level
HALİME ŞEYMA AKALIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyokimyaSelçuk ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR KARAKURT
- Kanser teşhis ve tedavisinde kullanılma potansiyeli olan aza-BODIPY içerikli poli(β-amino ester)'lerin hazırlanması ve biyolojik özelliklerinin araştırılması
Preparation and evaluation of biological properties of poly(β-amino ester)s that have potential in cancer therapy and diagnosis
ŞEYMA SARI
Doktora
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET ÜBEYDULLAH KAHVECİ