Geri Dön

Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells

Melanoma hücrelerinde IRF4-MEF2D protein-protein etkileşiminin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 656351
  2. Yazar: LAILA SAMIR ABED HEDAYA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyokimya, Moleküler Tıp, Biology, Biochemistry, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Kanser, d unya cap nda onde gelen bir ol um nedenidir. Protein-protein etkile simleri (PPE'ler), kanser h ucrelerinin hayatta kalmas n , b uy umesini ve co galmas n uyaran onkojenik sinyal yollar n n temel birimini olu sturur. Bu nedenle, kanserde PPE'lerin karakterizasyonu, onkojenik mekanizmalar n anla s lmas na yard mc olabilir ve olas terap otik hede ere s k tutabilir. _Interferon d uzenleyici fakt or 4 (IRF4), DNA'y ba glamak ve i slevini yerine getirmek i cin PPI'lere b uy uk ol c ude ba gl olan bir transkripsiyon fakt or ud ur. Uzun bir s ure, IRF4' un lenfoid spesi k protein oldu gu d u s un ul uyordu ve dolay s yla etkile sim ortaklar n n ke s cal smalar ba g s kl k h ucreleriyle s n rl yd . Ancak, IRF4, melanositler ve melanom h ucreleri de dahil di ger h ucre hatlar nda da ifade edilmektedir. C e sitli genom cap nda ili skilendirme cal smalar IRF4 genotiplerini pigmentasyon fenotipleri ve melanom t um orleri geli stirme riski ile ili skilendirdirmi stir. Buna ra gmen IRF4' un melanom h ucrelerindeki rol u tam olarak anla s lamam st r. PPI'lere ba g ml l g nedeniyle, IRF4' un melanomdaki rol un u anlamaya y onelik ana yakla s mlardan biri, etkile sim ortaklar n belirlemektir. Ara st rma grubumuzdaki baz onceki g ozlemler, melanomda IRF4' un potansiyel bir orta g olarak MEF2D'ye i saret etmekteydi. Bu cal sman n amac , melanom h ucrelerinde IRF4 ve MEF2D aras ndaki etkile simi ara st rmak ve bu etkile simin melanom h ucrelerinin t um orijenik ozellikleri i cin kritik olup olmad g n belirlemektir. Hesaplamal tahmin algoritmalar kullan larak, IRF4-MEF2D PPI'nin ziksel olarak m umk un oldu gu bulundu. Bunu koimm un c okt urme deneyleri, yak nl k-temelli ligasyon deneyleri (PLA) ve kromatin imm un c okt urme analizi izledi. PLA deneyleri, melanom h ucrelerinde bir IRF4-MEF2D PPI'ya i saret etse de, ek do grulama deneylerine ihtiya c bulunmaktad r. Ek olarak, tripan mavisi d slama ve GFP rekabet deneylerini kapsayan fenotipik on deneyler, MEF2D'nin melanom h ucrelerinde onemli bir rol ald g n g ostermektedir.

Özet (Çeviri)

Cancer is a leading cause of death worldwide. Protein-protein interactions (PPIs) constitute a fundamental unit of the oncogenic signaling pathways that stimulate survival, growth and proliferation of cancer cells. Therefore, characterization of PPIs in cancer can help in understanding oncogenic mechanisms and shed the light on possible therapeutic targets. Interferon regulatory factor 4 (IRF4) is a transcription factor that highly depends on PPIs to bind DNA and execute its function. For a long time, IRF4 was thought to be lymphoid speci c protein, limiting the discovery of its interaction partners to immune cells. On the contrary, IRF4 is expressed in other cell lines including melanocytes and melanoma cells. Several genome wide association studies linked IRF4 genotypes with pigmentation phenotypes and the risk of developing melanoma tumors. Despite that, the role of IRF4 in melanoma cells is poorly understood. Due to its dependency on PPIs, one of the main approaches to understand its role in melanoma is identifying its interaction partners. Previous observations in our group pointed towards MEF2D as a potential partner of IRF4 in melanoma. The purpose of this study was to investigate the interaction between IRF4 and MEF2D in melanoma cells and to determine if this interaction is critical for the tumorigenic characteristics of melanoma cells. Using computational prediction algorithms. IRF4-MEF2D PPI was found to be physically plausible. This was followed by co-immunoprecipitation (co-IP) experiments, proximity ligation assay (PLA) experiments and chromatin immunoprecipitation analysis. PLA experiments point toward an IRF4-MEF2D PPI in melanoma cells although further veri cations are warranted. In addition, preliminary phenotypic assays, including trypan blue exclusion and GFP competition assays, indicated that MEF2D itself may play a signi cant role in melanoma cells.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    336417

    CD30 eksprese eden kutanöz T hücreli lenfoma olgularında FISH ve immünhistokimyasal yöntemlerle IRF4 geninde yeniden düzenlenme ve protein ekspresyonunun araştırılması

    The investigation of IRF4 gene rearrangement and protein expression of CD30+ cutaneous T cell lymphomas with FISH and immunohistochemical methods

    TUĞÇE ESEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Patolojiİstanbul Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CUYAN DEMİRKESEN

  2. Tez No

    448747

    Umbilikal kord kanı IRF değerinin perinatal olaylar ile ilişkisinin araştırılması

    Investigation of the relationship between umbilical cord blood İRF level and perinatal events

    ZARİFE ESRA DURSUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKırıkkale Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİDEM ALİEFENDİOĞLU

  3. Tez No

    790755

    Kırım kongo kanamalı ateşi tanısı konulan hastaların interferon regülatör faktör, interferon-alfa ve beta düzeylerinin araştırılması

    Investigation of interferon regulator factor, interferon-alpha and beta levels in patients diagnosed with crimean-congo hemorrhagic fever

    CANER ÖKSÜZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEYİT ALİ BÜYÜKTUNA

  4. Tez No

    666489

    BMPR1A'nın plazma hücrelerinin gelişimine etkisinin ve germinal merkez dinamiklerindeki öneminin araştırılması

    Investigation of the effect of bmpr1a in plasma cell development and its importance in germinal center dynamics

    SELDA KARAASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Allerji ve İmmünolojiHacettepe Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE LALE DOĞAN

  5. Tez No

    683411

    Vitamin B12 eksikliği ile tam kan sayımı parametreleri arasındaki ilişkilerin araştırılması

    Investigation of relationship between vitamin B12 deficiency with whole blood count parameters

    YAVUZ UZUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyokimyaEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EVİN KOCATÜRK

Geri Dön