Geri Dön

Yüksek çözünürlüklü genomik veri ve numerik taksonomik yöntemlerle Noccaea aucheri (Brassicaceae) tür kompleksi için tür sınırlandırması

Species delimitation of Noccaea aucheri (Brassicaceae) species complex using high-throughput genomic data and numerical taxonomy

PDF İndir

  1. Tez No: 650989
  2. Yazar: ILGIN DENİZ CAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BARIŞ ÖZÜDOĞRU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışma kapsamında Türkiye'nin serpantin bölgelerine endemik ve kısa bir süre önce Pseudosempervivum cinsinden Noccaea cinsine transfer edilmiş üç türü (N. aucheri, N. mummenhoffiana ve N. sempervivum) içeren N. aucheri Tür Kompleksi'nin tür sınırları incelenmiştir. Kompleks içerisindeki türlerin sınırlarını kesin bir şekilde çizebilmek, taksonomik problemleri gidermek, hatalı dağılım verilerini güncellemek için gerçekleştirilen arazi çalışmalarıyla birlikte, yüksek çözünürlüklü genomik veri ve numerik taksonomik yöntemler kullanılmıştır. Çalışma materyalini oluşturan örnekler, çalışma kapsamında gerçekleştirilen arazi çalışmalarından ve çeşitli herbaryumlardan temin edilmiştir. Numerik taksonomik analizler için, literatürde verilen ve bu türlerin ayrımında kullanılan karakterlere ek olarak birçok farklı karakter ölçülmüş ve incelenmiştir. Bunun yanı sıra Restriction site associated DNA markers (RADseq) dizileme yöntemiyle tüm genomun farklı bölgelerinden rastgele dizilenmiş 200 lokusla popülasyon seviyesinde gerçekleştirilen çok türlü koalesent tabanlı filogenomik analizler ve tür sınırlandırma analizlerinin morfolojik, coğrafi ve ekolojik bilgilerle değerlendirilmesi sonucunda bu tür kompleksini oluşturan türlerin tek bir poliformik türü temsil ettiği anlaşılmıştır. Sonuç olarak; N. mummenhoffiana ve N. sempervivum türlerinin öncelik kuralı gereği N. aucheri türünün sinonimi olarak değerlendirilmesi önerilmiş ve bu polimorfik tür için yeni bir betim hazırlanmıştır.

Özet (Çeviri)

In this study, species limits of N. aucheri species complex which is endemic to serpentine areas of Turkey and transferred from Pseudosempervivum to Noccaea recently were investigated. High-throughput genomic data and numeric taxonomical methods have been used together with the field studies carried out to accurately draw the boundaries of the species in the complex, to solve taxonomic problems, and to update suspiciously distribution data. Study materials were obtained from both field and herbarium studies. For numeric taxonomical analysis, in addition to the characters given in the literature and used to distinguish these species, many different characters have been measured and studied. In addition, coalescent-based phylogenomic analyzes and species delimitation methods were performed at the population level with 200 loci sequenced randomly from different regions of the genome using the restriction site associated DNA markers (RADseq) sequencing method. All results were integrating with morphological, geographic, and also ecological data and eventually, it has been found that the members of this species complex represent a single polymorphic species. As a result, N. mummenhoffiana and N. sempervivum were placed under the name N. aucheri because of the priority rule, and the new description was prepared for this polymorphic species.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    808589

    Particle detection and signal analysis in nanopores

    Nanogözeneklerde parçacık algılama ve sinyal analizi

    DÜRDANE YILMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyoteknolojiİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ DİNLER

    DOÇ. DR. KAAN KEÇECİ

  2. Tez No

    713457

    SERPING1 mutasyonu olmayan Herediter Anjioödem hastalığının moleküler patogenezinde genetik faktörlerin araştırılması

    Investigation of genetic factors in molecular pathogenesis of Hereditary Angioedema disease without SERPING1 mutation

    AYCAN AŞIK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CUMHUR GÜNDÜZ

  3. Tez No

    396496

    Prematür over yetmezliği olgularında genomik kopya sayısı değişikliklerinin array CGH yöntemi ile değerlendirilmesi

    Assessing copy number variations by array CGH in cases with premature ovarian failure

    HALİME KÜÇÜK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GenetikEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN

  4. Tez No

    813984

    İndirgenmiş folat taşıyıcısı 1'in rolünün iskemik inme ve retinal iskemi modellerinde araştırılması

    The investigation of the role of reduced folate carrier 1 in ischemic stroke and retinal ischemia models

    GÖKÇE GÜRLER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Nörolojik ve Psikiyatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜGE YEMİŞCİ ÖZKAN

  5. Tez No

    429058

    Tavuklarda dermanyssus gallınae'nin moleküler karakterizasyonu ve salmonella SPP. yönünden vektörlük potansiyellerinin moleküler olarak araştırılması

    Molecular characterization of dermanyssus gallinae in chickens and molecular investigation of their potential as vectors of salmonella SPP

    ZEKİYE KOÇER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    ParazitolojiErciyes Üniversitesi

    Veterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM

Geri Dön