Machine learning algorithms and combinedmulti-scale molecular modeling simulations against nadph oxidase (NOX) enzymes for designing of small molecule therapeutics
Nadph oksidaz (NOX) enzimlerine karşı küçük molekül terapötiklerinin tasarımı için makine öğrenmesi algoritmaları ve kombine çok ölçekli moleküler simülasyonlar
- Tez No: 650515
- Danışmanlar: PROF. SERDAR DURDAĞI, DOÇ. DR. YEŞİM NEĞİŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Nöroloji, Biyofizik, Neurology, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Algoritmalar, Benzetim, Enzimler, Makine öğrenmesi, Moleküler aygıtlar, Moleküler dinamik benzetimi, Moleküler yapı, Moleküller, Algorithms, Simulation, Enzymes, Machine learning, Molecular devices, Molecular dynamic simulation, Molecular structure, Molecules
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nörobilim Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
NOX süperoksit oluşturmak için moleküler oksijenin azaltılmasını katalizleyen çok alt birimli bir enzimdir. Memelilerde bu enzim için yedi isoform bulunur. NOX2 bugüne kadar en çok çalışılmış izoformdur ve fagositlerde yüksek oranda eksprese edilir ancak nöronlar, mikroglia, endotel hücreleri, kardiyomiyositler ve vasküler düz kas hücrelerinde de tespit edilmiştir. NOX2 enzimi tarafından üretilen süperoksit, bağışıklık sistemi, hücresel sinyalleşme, gen ekspresyonunun düzenlenmesi ve hücre farklılaşması için hayati öneme sahiptir. Ancak artan NOX aktivitesi, nörotoksisite, nörodejenerasyon, kardiyovasküler hastalıklar ve organ yetmezlliği gibi çok çeşitli patolojik süreçlere katkıda bulunur. Bu nedenle NOX2 aktivitesinin modülasyonu nörodejeneratif hastalıklar için umut verici bir tedavi ve ikincil komplikasyonları önlemek için önemli bir yardımcı ajan olabilir. Tez çalışması boyunca, etki mekanizması; çok ölçekli simülasyon teknikleri kullanılarak incelenmiş küçük molekül terapötikleri taranarak hedefe yönelik ilaç tarama yaklaşımları kullanılarak tasarımları yapılması hedeflenmiştir.
Özet (Çeviri)
NOX is a multi-subunit enzyme that catalyzes the reduction of molecular oxygen to form superoxide. There are 7 isoforms in mammals among which NOX2 is the one that is highly expressed in phagocytes, but expression has also been detected in neurons, microglia, endothelial cells, cardiomyocytes and vascular smooth muscle cells. While superoxide produced by NOX2 is vital to the immune system, cellular signaling, regulation of gene expression and cell differentiation, increased NOX activity promotes to a wide range of pathological processes including neurotoxicity, neurodegeneration, cardiovascular diseases and organ failure. Thus, modulation of NOX2 activity may prove to be a promising treatment for neurodegenerative diseases as well as an adjunctive agent to prevent its secondary complications. Throughout the thesis study, action mechanism is investigated using multi-scale molecular modeling simulations techniques and small molecule therapeutics are screened and designed using target-driven drug screening approaches.
Benzer Tezler
- A comprehensive analysis of Turkish sea level changes and future modeling using machine learning methods
Türk deniz seviyesi değişikliklerinin kapsamlı analizi ve makine öğrenimi yöntemleriyle gelecek modellemesi
ELİF KARTAL
Doktora
İngilizce
2024
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜSSELAM ALTUNKAYNAK
- Büyük boyutlu veriler için metasezgisel yöntemler ile öznitelik indirgemede yeni bir yaklaşım geliştirilmesi
Developing a new approach to feature selection with metaheuristic methods for large scale data
ESİN AYŞE ZAİMOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLÜFER YURTAY
- Emlak vergisi için CBS ve makine öğrenmesi teknikleri kullanılarak toplu taşınmaz değerleme modeli tasarımı
Designing a mass real estate valuation model using GIS and machine learning techniques for property taxation
HALUK GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT OĞUZ SELBESOĞLU
- Panoramik görüntüler üzerinden su altı hedef tespiti: DBSCAN ve derin öğrenme ağları ile bütünleşik bir yaklaşım
Underwater target detection via panoramic images: An integrated approach with DBSCAN and deep learning networks
FATMA KÜBRA AKIN KÜÇÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Savunma ve Savunma Teknolojileriİstanbul Teknik ÜniversitesiSavunma Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOL
- Aiding agricultural practices with the exploration of earth observation data via machine learning
Yer gözlem uydu verilerinin tarımsal uygulamalara yardımcı olmak amacıya makine öğrenme algoritmaları ile incelenmesi
MEHMET FURKAN ÇELİK
Doktora
İngilizce
2023
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA ERTEN