Geri Dön

Dynamic protein interaction network of YPEL2

YPEL2 proteinin dinamik protein etkileşim ağının tanımlanması ve öndoğrulanması

PDF İndir

  1. Tez No: 644360
  2. Yazar: GİZEM TURAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MESUT MUYAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Östrojen hormonları, özellikle 17β-estradiol (E2), meme dokusu dahil olmak üzere birçok organ ve dokunun fizyolojik ve pato-fizyolojik düzenlenmesinde rol oynar. E2, hücresel fenotipin tezahüründe yer alan gen ifadelerini düzenleyen transkripsiyon faktörü olan östrojen reseptörüne (ER) bağlanarak hedef hücrelerin çoğalmasını, farklılaşmasını ve ölümünü düzenler. Daha önce laboratuvarımızda yapılan ERE-bağımlı ve ERE-bağımsız sinyal yolaklarının düzenledikleri genlerin tanısına yönelik mikrodizin çalışmalarında, YPEL2 geninin bir ER hedef geni olduğunu bulgulanmış ve bu genin ifadesinin ERE-bağımlı sinyal yolağı aracılığı düzenlendiği gözlemlenmiştir. YPEL2, YPEL1, 3, 4 ve 5'i de içeren yüksek oranda korunmuş ökaryotik Yippee benzeri gen ailesinin bir üyesidir. Ökaryotlarda YPEL proteinleri üyeleri arasındaki yüksek dereceli homolojiler ortak ve temel fonksiyonlara işaret eder. YPEL2 gen ya da proteini üzerine yapılmış bir çalışma yoktur. Ancak, YPEL ailesinin diğer üyeleri ile yapılan sınırlı sayıda çalışmalarda, peri-nükleer ve nükleer proteinler olarak tanımlanan YPEL proteinlerinin hücre çoğalması, yaşlanması ve ölümünü hücre döngüsüne katılarak düzenledikleri önerilmiştir.YPEL proteinleri arasındaki yüksek düzeyde homoloji nedeniyle, YPEL2 proteinin de E2-ER-tarafından düzenlenen hücre çoğalması ve ölümünde önemli bir rol oynadığı öngörmekteyiz. Proteinler işlevlerini dinamik protein etkileşim ağları içinde yerine getirdikleri için, protein partnerlerinin belirlenmesi YPEL2 proteininin işlev mekanizmasına yönelik önemli bilgiler sağlayacaktır. Yakınlık-bağımlı biyotin ekleme (TurboID) yaklaşımı, proteinler arasında zaman-ve-alansal ilişkileri in cellula tanımlamakta kullanılmaktadır. Bu nedenle amacımız, YPEL2'nin olası protein partnerlerini dinamik TurboID yaklaşımıyla tanımlamak; tanımlanan proteinler aracılığıyla YPEL2'nin dinamik protein etkileşim ağı portresini in silico oluşturmak; olası ağ protein partnerlerinden seçilecek proteinlerle YPEL2 arasındaki etkileşimi ektopik ve endojen protein partnerleri senteze eden model hücrelerde çeşitli protein etkileşim yaklaşımlarıyla doğrulamaktır.

Özet (Çeviri)

Estrogen hormones, especially 17β-estradiol (E2), play critical roles in the physiological and pathophysiological regulation of many organs and tissues, including breast tissue. E2 regulates the proliferation, differentiation, and death of target cells by binding to the estrogen receptor (ER). ER is a transcription factor that regulates gene expression involved in the manifestation of the cellular phenotype. In previous microarray studies conducted in our laboratory for the determination of genes regulated by E2-ER signaling pathways, it was found that the YPEL2 gene is an ER target gene and the expression of this gene is regulated by the direct binding of E2-ER to DNA. YPEL2 is a member of the highly conserved eukaryotic Yippee-like gene family, including YPEL1, 3, 4, and 5. High-level homologies among members of YPEL proteins in eukaryotes indicate common and fundamental functions. To our knowledge, no study is yet conducted on the YPEL2 gene or protein. However, studies on the other members of the YPEL family suggest that Ypel proteins located at the peri-nucleus and in the nucleus participate in the modulation of cellular proliferation, senescence, and apoptosis by regulating cell cycle phases. Due to the high degree of homology among Ypel proteins, we predict that YPEL2 is also involved in cellular proliferation and death mediated by E2-ER signaling. Cellular proteins function within the context of a dynamically changing network of interacting protein partners. The identification of protein partners of YPEL2 could provide important information on the action mechanisms of the protein. Therefore, we aim to identify the interacting protein partners of YPEL2 using an inducible TurboID approach to generate dynamic protein interaction networks in a time-dependent manner and to verify some of these interactions in cell models synthesizing protein partners endogenously or ectopically with various protein-interaction assays.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    809331

    Protein katlanması dinamiği: Transfer edilebilir etkileşim potansiyeli dizaynı ve farklı komplekslik seviyelerine sahip yeni monte carlo ve moleküler dinamik protein modellerinin geliştirilmesi

    Protein folding dynamics: Designing transferable interaction potentials and developing New monte carlo and molecular dynamic protein models with different level of complexities

    GÖKHAN SELAMET

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Tıbbi BiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Biyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK

    PROF. DR. HÜSEYİN KAYA

  2. Tez No

    82904

    Dynamics of protein-DNA complexes examined by Gaussian network model

    Protein-DNA kompleksleri dinamiğinin Gaussian ağ modeli; Dinamik analiz

    ZEYNEP NEVİN GEREK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İVET BAHAR

    PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN

  3. Tez No

    95389

    Functional motions of influenza virus: A gaussian network model analysis

    İnfluenza virüsünün hemagglutininin işlevsel hareketleri: Gaussian ağyapı modeli analizi

    BAŞAK IŞIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. PEMRA DORUKER

    PROF. DR. İVET BAHAR

  4. Tez No

    246258

    Reconstruction of insulin signaling network in H. Sapiens

    H. Sapiens?de insülin sinyalleşmesi ağ yapısının oluşturulması

    PELİN ÜMİT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. KUTLU ÜLGEN

  5. Tez No

    232595

    Determination of protein-protein binding sites using machine learning tools

    Protein-protein bağlanma bölgelerinin makine öğrenmesi kullanılarak tahmini

    FİDAN SÜMBÜL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

Geri Dön