Akciğer kanserli hastalarda periferik kandan ctDNA'nın metilasyon değişikliklerinin dijital PCR ile incelenmesi
Investigation of methylation changes of ctDNA from peripheral blood in patients with lung cancer by digital PCR
- Tez No: 643863
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ASUDE DURMAZ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Akciğer hastalıkları, Akciğer neoplazmları, DNA, Karsinoma-küçük hücreli olmayan-akciğer, Neoplazmlar, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Lung diseases, Lung neoplasms, DNA, Carcinoma-non small cell-lung, Neoplasms, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Akciğer kanseri, dünya genelinde en sık görülen ve her iki cinsiyette de en sık ölüme sebep olan malignitelerden biridir. En sık sebebi sigara dumanı olan akciğer kanserinin erken tanısında, sigara içenlerde düşük doz bilgisayarlı tomografi ile tarama önerilmiştir. Bu taramanın yanlış tanı, maliyet, zaman kaybı gibi dezavantajları nedeniyle akciğer kanserinin erken tanısında non invaziv, sensitif biyomarkerların kullanılmasına ihtiyaç duyulmuştur. Bu çalışmada, ileri evre-küçük hücre dışı (non-small cell) akciğer kanseri tanısı konulmuş hastaların plazmasından elde edilen cfDNA'da (cell-free DNA) literatür taraması ile belirlenmiş akciğer kanseri ile ilişkisi bilinen 6 gene ait (RASSF1A, p16, SHOX2, RARβ2, APC, DAPK1) droplet dijital PCR (ddPCR) ölçümü ile saptanan metilasyon değişikliklerinin sağlıklı kişilerdeki değerleri ile karşılaştırarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya alınan 10 hasta ve 10 kontrolün periferik kan plazma örneklerinden cfDNA elde edildi. Literatür taraması ile 6 hedef gen promotor bölgesi belirlendi. cfDNA'da hedef gen bölgelerinin bisülfit dönüşümü sonrasında ddPCR ile metilasyon analizi yapıldı. Çıkan sonuçlar istatistiksel olarak analiz edildi. Bulgular: Çalışmada DAPK1 geninin promotor bölgesindeki metilasyon seviyelerinde, hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı farklılık saptanmıştır (p<0,05). Çalışmaya alınan 10 hastanın 8'inde DAPK1 geninde anlamlı metilasyon yüksekliği saptanmıştır. DAPK1 genindeki hipermetilasyon literatür ile uyumlu bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamız ddPCR ile akciğer kanserinde cfDNA'dan metilasyon analizi yapan ülkemizdeki öncü çalışmalardan biri olmuştur. Küçük hücre dışı akciğer kanserinde DAPK1 geninde hipermetilasyon saptanması ile literatüre katkıda bulunmuştur. Çalışmamız, bu alanda daha fazla sayıda hastalarla yapılacak sonraki çalışmalar için ön çalışma niteliğindedir.
Özet (Çeviri)
Objective: Lung cancer is one of the most common malignancies worldwide and the most common cause of death in both sexes. The most common cause of lung cancer is cigarette smoke. In the early diagnosis of lung cancer in smokers, screening with low-dose computed tomography has been proposed. Due to the disadvantages of this screening such as misdiagnosis, cost and time loss; non-invasive and sensitive biomarkers were needed for early diagnosis of lung cancer. In this study, it was aimed to evaluate the methylation changes detected by droplet digital PCR (ddPCR) measurement of 6 genes (RASSF1A, p16, SHOX2, RARβ2, APC, DAPK1) known to be associated with lung cancer determined by the literature scan in cfDNA (cell-free DNA) obtained from the plasma of patients diagnosed with advanced-non-small cell lung cancer. Materials and Methods: cfDNA was obtained from peripheral blood plasma samples of 10 patients and 10 controls included in the study. With the literature review, 6 target gene promoter regions were determined. After bisulfite transformation of target gene regions in cfDNA, methylation analysis was performed with ddPCR. The results were analyzed statistically. Results: In the study, a significant difference was found between the patient and control groups in the methylation levels of the DAPK1 gene in the promoter region (p <0,05). In 8 of 10 patients included in the study, significant methylation height in the DAPK1 gene was detected. Hypermethylation in the DAPK1 gene has been found to be compatible with the literature. Conclusion: Our study has been one of the leading studies in our country that perform methylation analysis from cfDNA in lung cancer with ddPCR. It contributed to the literature with the detection of hypermethylation in the DAPK1 gene in non-small cell lung cancer. Our study is a preliminary study for further studies in this field with more patients.
Benzer Tezler
- EGFR gen varyasyonlarının akciğer kanseri patogenezindeki rolünün araştırılması
Investigation of the role EGFR gene variations in the pathogenesis of lung cancer
EMİN ALİ ŞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
- The investigation of the prognostic and therapeutic effects of the mutation detection of genetic mutations BRAF, KRAS, NRAS ve PIK3CA in lung cancer patients
Akciğer kanserli hastalarda BRAF, KRAS, NRAS ve PIK3CA gen mutasyonlarının belirlenmesinin prognostik ve terapötik etkisinin araştırılması
CEM GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
- Akciğer kanseri hastalarında Likit Biyopsi yönteminin hastalık tanısı üzerine etkinliğinin araştırılması
Investigation of the efficacy of Liquid Biopsy method on the diagnosis of lung cancer patients
MALİKE İNCE
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
- Türk popülasyonunda şizofreni ve akciğer kanserli hastalar arasında p53 gen polimorfizm farklılıklarının araştırılması
Investigation of differences in p53 gene polymorphisms between schizophrenia and lung cancer patients in the Turkish population
ÜLKÜ ÖZBEY
Doktora
Türkçe
2007
Tıbbi BiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN YÜCE
- Akciğer kanserli hastalarda kanda dolaşan tümör hücrelerinin akım sitometrisi ile tespiti
Determination of circulating tumor cells by flow cytometry in the lung cancer patients
TUĞBA KEVSER ARKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiYıldırım Beyazıt ÜniversitesiKanser Biyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZEN ÖZENSOY GÜLER