Generation and virtual screening of an organocatalyst database
Organokatalizör veritabanı oluşturulması ve sanal taraması
- Tez No: 634740
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Organokataliz asimetrik sentezlerde nispeten yeni fakat yaygın olarak kabul gören bir alandır. Organokatalitik stratejiler, sürdürülebilir kalkınma için endüstride umut verici çözümler olarak ortaya çıkmıştır, çünkü organokatalizörler düşük maliyetlidir, hafif reaksiyon koşulları altında yüksek seçicilik sağlarlarlar ve çevreye daha az atık üretirler. Organokataliz ile ilgili yayınların sayısı son on yılda nefes kesici bir şekilde artmıştır. Organokatalizlerin çeşitliliği ve sayısı arttıkça, bu sayıda bilgiyi etkili bir şekilde yönetmek ve verilerin erişilebilirliğini arttırmak için bir veritabanına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu nedenle, bu proje organokatalizörlerin fiziksel ve kimyasal özelliklerini, ticari kullanılabilirliklerini, sentetik yollarını, katalize ettikleri reaksiyonları ve üç boyutlu (3D) konformasyonel kütüphanelerini içeren bir organokatalizör veritabanı oluşturmasını ve bu veritabanını tarayarak hedef reaksiyonlar için potansiyel organokatalizör adaylarını belirlenmesini amaçlamaktadır. Başlangıç olarak yapılarında farklı fonksiyonel gruplar taşıyan toplam 55 kinkona alkaloid dikkate alınmış ve bunların özellikleri, piyasadaki kullanılabilirlikleri, katalitik ve sentez reaksiyonları, üretilen organokataliz veritabanına kaydedilmiştir. Veritabanı, oksindol ile nitrosobenzen ve dimetil malonat ile nitrostiren reaksiyonları için kuantum mekanik olarak optimize edilmiş aktif bölge modellerinden elde edilen katalitik atom haritaları kullanılarak sanal olarak taranmıştır. Eşleşen moleküller, hedef reaksiyon için potansiyel organokatalizler olarak önerilmiştir. Organokatalizör veritabanının hesaplamalı taraması stratejisi, çok sayıda organokataliz türevinin külfetli sentezi ve faaliyetlerinin test edilmesi yerine, deneysel testlerden önce, olası katalitik yapıların uygun maliyetli bir şekilde belirlenmesine ve mevcut tüm bilgilere kolaylıkla erişilmesini sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Organocatalysis is a relatively new, yet widely accepted field in asymmetric synthesis. Organocatalytic strategies have emerged as promising solutions in industry for sustainable development because organocatalysts have low cost, they provide high selectivity under mild reaction conditions, and they produce less waste making them environmentally friendly. The number of publications on organocatalysis has dramatically increased over the past decade. As the variety and quantity of organocatalysts increases, so does the need for a database to effectively manage this quantity of information and increase the accessibility of data. Thus, this project aims to generate a database including the physical and chemical properties of organocatalysts, their commercial availabilities, their synthetic routes, reactions they catalyzed and their three-dimensional conformational libraries and to screen this database to determine potential organocatalyst candidates for the target reactions. A total of 55 cinchona alkaloids bearing different functional groups in their structure were initially considered and their properties, availabilities in market, as well as their catalytic and synthesis reactions were recorded in the generated organocatalyst database. The database was virtually screened using catalytic atom maps obtained from quantum mechanically optimized active site models for the reactions of oxindole with nitrosobenzene and dimethyl malonate with nitrostyrene. The matching molecules were suggested as potential organocatalysts for the target reaction. The organocatalyst database and the computational screening strategy described in this thesis will enable cost effective determination of structures with high catalytic potential and easy access to all available information prior to experimental testing rather than the burdensome synthesis of numerous organocatalyst derivatives and testing of their activities.
Benzer Tezler
- Computational investigation of organocatalysts for nerve agent hydrolysis
Sinir ajanı hidrolizi için organokatalizörlerin hesaplamalı incelenmesi
SELİN ORMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Kimya MühendisliğiYeditepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Stat3 inhibisyonu yoluyla antikanser etkili yeni heterosiklik bileşiklerin keşfine yönelik sanal tarama ve biyolojik etki çalışmaları
Virtual screening and biological activity studies for the discovery of novel anticancer heterocyclic compounds targeting stat3 inhibition
KÜBRA EKİNCİ
Doktora
Türkçe
2025
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN EMİNE AKI YALÇIN
- Mikrozomal prostaglandin E sentaz-1 (mPGES-1) inhibitörlerinin yapı tabanlı sanal tarama ile tespiti ve in vitro olarak incelenmesi
Detection of microsomal prostaglandin E syntase-1 (mPGES-1) inhibitors by structural based virtual screening and investigation as in vitro
ZEYNEP YAĞMUR BABAOĞLU
- De novo selective inhibitor design to neuronal NOS enzyme and exploration of the binding site
Nöronal NOS enzimine de novo seçilimli inhibitör tasarımı ve bağlanma bölgelerinin araştırılması
BORA BÜYÜKTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
KimyaKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Enflamatuvar hastalıkların tedavisinde kullanılmak üzere yeni kaspaz-1 inhibitörlerinin in silico ve in vitro yöntemlerle araştırılması
Investigation of new caspase-1 inhibitors for use in the treatment of inflammatory diseases by in silico and in vitro methods
BENGÜ SEMA MUTAFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
BiyokimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZKAN DANIŞ
DOÇ. DR. ÖZAL MUTLU