Kolorektal kanserde epigenetik bir çalışma: lıne-1 retrotranspozonunda 5' UTR metilasyon değişimlerinin araştırılması
An epigenetic research in colorectal cancer: investigation of 5' UTR methylation changes at line-1 retrotransposon
- Tez No: 627682
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ İRFAN GÜZEL, DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DİNÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: DNA, DNA analizi, DNA metilasyonu, Epigenez-genetik, Erken teşhis, Kolorektal neoplazmlar, Neoplazmlar, Teşhis, Teşhis teknikleri ve prosedürleri, DNA, DNA analysis, DNA methylation, Epigenesis-genetic, Early diagnosis, Colorectal neoplasms, Neoplasms, Diagnosis, Diagnostic techniques and procedures
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Dünyada kanser ölümlerinin önde gelen nedenlerinden biri de kolorektal kanser olup genetik ve epigenetik değişikliklerin birikimi sonucu meydana gelmektedir. Epigenetik değişikliklerden biri olan DNA metilasyonu, genomik kararlılık ve gen ifadesinin düzenlenmesinde anahtar bir mekanizma olarak tanımlanmıştır. Genomun çoğunluğunu oluşturan tekrar dizilerinde meydana gelen DNA metilasyon içeriğindeki bir azalma, çeşitli malignansilerin oluşumu ile ilişkilendirilmiştir. İnsan genomunun yaklaşık %17'sini oluşturan LINE-1 tekrar dizileri, DNA metilasyon ölçümü bağlamında en çok ilgilenilen dizidir. Bu çalışmada kolorektal kanserde, LINE-1 5' UTR'sinin metilasyon durumunun incelenmesi amaçlandı. Kolorektal kanser teşhisi konmuş hastalara ait normal ve tümör arşiv dokusundan DNA izolasyonu yapıldı. LINE-1 5' UTR'sinin belirlenen altı farklı bölgesi özel olarak tasarlanmış primer setleri kullanılarak PCR ile çoğaltıldı. Sonrasında CG dinükleotitlerindeki metilasyon değişimini değerlendirmek amacıyla HRM analizi yapıldı. 1. bölgenin analizinde normal ve tümörlü dokular arasında anlamlı bir fark bulundu (p<0.001). Sonuç olarak, bu bölgenin kolorektal kanser olgularında ve kanserleşme sürecinde metilasyon seviyesindeki azalmanın belirlenmesinde biyobelirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
One of the leading causes of cancer deaths in the world is colorectal cancer and occurs as a result of the accumulation of genetic and epigenetic changes. DNA methylation, one of the epigenetic changes, has been described as a key mechanism in regulating genomic stability and gene expression. A decrease in DNA methylation content in the repeated sequences, which constitutes the majority of the genome, has been associated with the formation of various malignancies. The LINE-1 repeated sequences, which account for about 17% of the human genome, are the most interesting sequence in the context of DNA methylation measurement. In this study, it was aimed to investigate the methylation status of LINE-1 5' UTR in colorectal cancer. DNA isolation was performed from normal and tumor archive tissue of patients diagnosed with colorectal cancer. Six different regions of LINE-1 5' UTR were amplified by PCR using specially designed primer sets. HRM analysis was then performed to avaluate the methylation changes in CG dinucleotides. A significant difference was found between normal and tumor tissues in the analysis of the 1st region (p<0.001). As a result, it is thought that this region can be used as a biomarker in determining the decrease of methylation level in colorectal cancer cases and in the cancer process.
Benzer Tezler
- Solid tümörlerdeki farklı hücre populasyon kinetiklerinin in vitro tümör heterojenite modelinde incelenmesi
Investigating different cell population kinetics in solid tumors on an in vitro tumor heterogeneity model
ÖYKÜ GÖNÜL GEYİK
Doktora
Türkçe
2020
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP YÜCE
- Kolon kanseri hücrelerinin mezenkimal-epitel dönüşümü sürecinde epigenetik değişimlerin araştırılması
Investigation of the epigenetic changes during epithelial-mesenchymal transition of colon cancer cells
ZEYNEP ALEYNA ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇETİN ILGAZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI SADE MEMİŞOĞLU
- Kolorektal kanser hücrelerinde LNCRNA MEG3'ün CDKN2A ve hedef genleri üzerindeki etkisi
Effect of LNCRNA MEG3 on CDKN2A and target genes in colorectal cancer cells
ZEKİYE ALTAN
Doktora
Türkçe
2020
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ŞAHİN
- Integration of multi-omics data for predicting individual colon cancer aetiology
Çoklu-omik verisinin entegrasyonu ile kişisel kolon kanseri mekanizmalarinin belirlenmesi
BEGÜM ÖZEMEK GÜNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiTıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Metastatik ve metastatik olmayan kolon tümörlü hastalarda genetik kanser panel ile bakılan mutasyonların metastaz üzerine etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of mutations on metastatic and non-metastatic patients with colonic tumors
EMEL ÇOLAK