Model bı̇r yeşı̇l flöresan proteı̇n ı̇çı̇n aptamer üretı̇mı̇nı̇n ve optı̇k bı̇yosensörlerde uygulanmasının araştırılması
Investigation of aptamer production for a model green fluorescent protein and its application to optic biosensors
- Tez No: 625878
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET MUTLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biyoloji, Bioengineering, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyosensörler, Optik sensörler, Biosensors, Optical sensors
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sunulan tez çalışmasının amacı, biyosensör sistemlerinin analitik performanslarının geliştirilmesine yönelik gerçekleştirilen çalışmalarda bir ölçüm standartı oluşturabilmek amacıyla model bir sistem olarak kullanılabilecek olan hedef molekül-aptamer kompleksinin tanımlanması ve belirlenen model aptamer sisteminin uygulanabilirliğinin araştırılmasıdır. Çalışma sürecinde uygulamada oldukça kolay ve hassas olan floresan tabanlı optik tanıma sistemi ve floresan protein olarak da literatürde bugüne kadar en çok çalışılmış ve özellikleri en iyi tanımlanmış Yeşil Floresan Protein (GFP) kullanılmıştır. Hedef moleküle (GFP) karşı seçilecek aptamer moleküllerinin SELEX prosedürü ile belirlenebilmesi amacıyla geliştirilen başlangıç RNA kütüphaneleri, literatürde daha öceden gerçekleştirilen çalışmalarda hedef molekül (GFP) molekülüne karşın geliştirilmiş ve birincil dizisi belirlenmiş aptamerler baz olarak alınarak tasarlanmıştır. Başlangıç RNA kütüphaneleri olarak: (1) bölgesel olarak rassal ve (2) tamamen rassal olmak üzere iki temel oligonükleotid dizisi oluşturulmuştur. SELEX prosedürü her iki başlangıç kütüphanesinde paralel olarak gerçekleştirilmiştir. In vitro seçim prosedürünün tüm basamakları için gerekli optimizasyonlar gerçekleştirildikten sonra SELEX döngüleri gerçekleştirilmiştir. Seleksiyon basamağında ticari bir biyotinilasyon kiti kullanılmıştır. Sekiz SELEX döngüsü sonunda hedef moleküle (GFP) bağlanan dizilerin belirlenmesi amacıyla DNA dizi analizi gerçekleşirilmiştir. Seçilen aptamer molekülleri ile hedef molekül (GFP) arasındaki etkileşimin gösterilmesi amacıyla, aptamer molekülleri avidin - biyotin ve poli-(A) – poli-(T) etkileşimleri kullanılarak altın yüzeye immobilize edilmiştir. Son olarak, modifiye edilmiş altın yüzeylerin hedef molekül (GFP) ile inkübasyonu sonucunda, seçilmiş aptamer molekülleri ile hedef molekül (GFP) arasındaki etkileşimi bir floresan mikroskop sisteminin yardımıyla gösterilmiştir. Gerçekleştirilen tez çalışmasının sonucunda, seçilen aptamer molekülleri ile hedef floresan protein (GFP) arasındaki etkileşimin biyosensör uygulamalarında model aptamer sistemi olarak kullanılabilirliği başarıyla gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
The purpose of this research is identification of the target molecule-aptamer complex model that can be used as a model system to establish a measurement standard for increasing the efficiency of the analytic performance of the biosensor systems and Investigation the applicability of aptamer molecules. A fluorescence- based optical detection system was used as measurement device and the Green Fluorescent Protein (GFP) was used as fluorescent protein. Initial RNA libraries, that had been developed to discover aptamer molecules against the target molecule (GFP) by performing SELEX procedure, were designed based on the previously selected aptamer molecules against the target molecule (GFP) with known primary sequence. Two distinct RNA libraries were synthesized as initial RNA libraries: (1) regional random oligonucleotide template and (2) fully random oligonucleotide template. SELEX procedure was carried out in parallel with both of the RNA libraries. SELEX cycles were carried out after all the optimizations of in vitro selection procedure have been successfully applied. A commercial biotinylation kit was used at the selection steps of the SELEX procedure. At the end of the eight SELEX cycle, the selected target molecule (GFP) aptamer sequences were identified by DNA sequence analysis. Aptamer molecules were immobilized on the gold surface by using avidin - biotin, and poly-(A) - poly-(T) interactions to demonstrate the interactions between selected aptamer molecules and target molecule (GFP). Finally, the modified gold surfaces were incubated with target molecule (GFP). Thus, interactions between selected aptamer molecules and target molecule (GFP) have been observed with a fluorescent microscope system. Observations of interactions between selected aptamer molecules and target fluorescent protein (GFP) with a fluorescent microscope system successfully demonstrate that selected aptamer molecules and target fluorescent protein (GFP) can be used as a model system at biosensor research.
Benzer Tezler
- Antakya tarihi ticaret merkezi mekansal yapı değişim ve gelişim sürecinin kent ticaret merkezi planlamasına etkinliği
The Effectiveness of spatial structural chance and development period of the historical trade center of Antakya in the urban trade planning
NEVİN TURGUT
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Şehircilik ve Bölge PlanlamaGazi ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURCAN UYDAŞ
- Osilaskoplar için dijital hafıza ünitesi sentezi
Başlık çevirisi yok
ZİHNİ LİMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiElektronik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGÜR TÜTÜNCÜOĞLU
- Çoklu amaçların çözümlemesinde amaç programlaması ile genelleştirilmiş ters yaklaşımı ve yem sanayiinde bir uygulama
Goal programming and generalieed inverse approaches in the multi-objective analysis and application in feed industry
HASAN BAL
- Diesel motorları yakıt püskürtme sistemlerinin dinamik simülasyonu
Başlık çevirisi yok
İRFAN KARAGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ BORAT
- Sivas'ta kadınların işgücüne katılım farklılıkları
Başlık çevirisi yok
BİNNUR ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiKurumlar Sosyolojisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FARUK KOCACIK