Geri Dön

An Improved Formalism for Assigning Proteins Using Nuclear Vector Replacement Framework

NMR Protein Yapı Tabanlı Atamaları için NVR (Nükleer Vektör Yerdeğişimi) çerçevesini kullanan gelişmiş bir yaklaşım

PDF İndir

  1. Tez No: 618270
  2. Yazar: ŞEYMA ÇETİNKAYA
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET SERKAN APAYDIN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Manyetik rezonans spektroskopi, Nükleer spektroskopi, Bioinformatics, Magnetic resonance spectroscopy, Nuclear spectroscopy
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Şehir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Elektronik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Proteinler, yaşayan sistemlerde bulunan ve temel biyolojik süreçlerde hayati fonksiyonlar gerçekleştiren makromoleküllerdir. Proteinin işlevini anlamak için o proteinin yap sı nı n belirlenmesi gereklidir. Yap sal bilgiyi elde etmek için çeşitli yöntemler vard ır ve Nükleer manyetik rezonans (NMR) Spektroskopisi en önemli olanlardand ır. Bu teknikte, gerekli olan bir ad ım omurga rezonans atamas d ır ve Yap Tabanlı Atama kalı p protein yard m ıyla bu sorunu çözmek için kullan l ır. Nükleer Vektör Yerdeğişimi programı , 15N ve HN kimyasal kaymaları ve net NOE'lerin yanı sı ra RDC'leri, HD değişimi ve TOCSY verilerini kullanan NMR protein Yapı Tabanlı Atama program d ır. NVR'ı çal ışt ırmak için, NMR verisinden ve kal ıp yapı dan gelen data dosyaları nı elde etmede bir dizi adı m vardı r. Bu çal ışmada, NVR' ı yeni proteinlerde çal ışt rmada önemli bir adı m olan data dosyalar ını haz ırlama süreci basitleştirildi ve otomatikleştirildi. HSQC tepeciklerinden NH2 tepeciklerini ay ırt etmek için bir yöntem oluşturuldu. Son olarak, tek bir atama hesaplamak yerine bir takı m atama hesapland ı. Bu tak ım atama sonuçlar ı kullanılarak, tepecik-amino asit atamalar ı için bir güvenilirlik derecesi elde edildi ve atama doğruluğu yükseltildi. Sonuçlar gösteriyor ki, bu gelişmeler NVR'ı girdi datalar ını otomatik olarak halleden ve atama güvenilirliğini analiz edebilen pratik bir araç haline getirmektedir.

Özet (Çeviri)

Proteins are macromolecules in living systems used in crucial functions in all biological processes. In order to understand the function of a protein it is necessary to determine the structure of it. There are various techniques to obtain structural information and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy is one of the most important ones. In this technique, an essential step is the backbone resonance assignment and Structure Based Assignment (SBA) is a method solving this problem with the help of a template structure. NVR is an NMR protein SBA program, that takes as input 15N and HN chemical shifts and unambiguous NOEs, as well as RDCs, HD-exchange and TOCSY data. To run NVR, there is a sequence of steps in obtaining the data les from NMR data and the template structure. In this study, the process of preparing these data les is simpli ed and automatized, which is an important practical step in running NVR on novel proteins. A method to distinguish NH2 peaks from HSQC peaks is generated. Finally, rather than computing a single assignment, an ensemble of assignments is computed. Using this ensemble of assignment results, degree of reliability for individual peak-amino acid assignments is obtained and assignment accuracy is improved. The results show that these improvements bring NVR closer to a tool to be useful and practical tool, able to handle the input data automatically and analyze the reliability of assignments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    758409

    Cross-level typing the logical form for open-domain semantic parsing

    Açık alan anlambilimsel ayrıştırma için mantıksal forma düzeyler arası tür atanması

    İSMET ADNAN ÖZTÜREL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    DilbilimOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilişsel Bilim Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. HÜSEYİN CEM BOZŞAHİN

  2. Tez No

    363851

    Türkiye kamu yapım ihalelerinde kullanılan standart sözleşme dokümanlarının yeniden yapılandırılması

    Reconstruction of standard contract documents used in the Turkish public construction procurements

    FATMA PINAR ÇAKMAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELÇİN FİLİZ TAŞ

  3. Tez No

    75351

    Türk ticari bankalarının örgüt yapıları ve Avrupa Birliğine geçiş süreci içerisindeki uyum çalışmaları

    Başlık çevirisi yok

    SERKANT GÖNCÜ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    İşletmeİstanbul Teknik Üniversitesi

    İşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL HAKKI BİÇER

  4. Tez No

    99911

    Rus biçimciliğinde Viktor Borisovich Şhklovsky

    Russian formalism and Viktor Borisovich Shklovsky

    M. ÖZLEM PARER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Batı Dilleri ve EdebiyatıAnkara Üniversitesi

    Batı Dilleri ve Edebiyatları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALTAN AYKUT

  5. Tez No

    371558

    The properties of nanostructured binary metal alloys

    Nanoyapılı ikili metal alaşımların özellikleri

    BERK ONAT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. SONDAN DURUKANOĞLU FEYİZ

Geri Dön