Generation of CRISPR/Cas-mediated mutants of IroC genes and protein tagging for endogenous expression analysis in Drosophila
Drosophila'da IroC genlerinin CRISPR/Cas yöntemi kullanılarak mutantlarının ve endojen ifadelerinin analizi için etiketlenmiş proteinlerinin oluşturumlası
- Tez No: 603263
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Koku sisteminde, doğru koku reseptör nöronu (ORN) gelişimi, uygun koku reseptör (OR) gen ifadesine ve aksonların daha yüksek beyin merkezlerine uygun şekilde projeksiyonuna bağlıdır. Bu nedenle, gelişim sırasında, ORN'ler iki önemli karar alır: büyük bir OR gen repertuarından bir OR genini seçmek ve aksonlarını beyinde belirli bir yere iletmek. Genetik aletlerin mevcudiyeti ve nispi sadeliği Drosophila'yı koku sisteminin moleküler temelini ortaya çıkarmak için önemli bir model organizma haline getirmektedir. Çalışmalarımız, bir transkripsiyon faktör ailesi olan IroC'nin (Iroquois kompleksi) ORN spesifikasyonundaki fonksiyonu üzerine odaklanmaktadır. Iro ailesi, tüm çok hücreli organizmalarda kümeler halinde korunmuştur ve araucan (ara), caupolican (caup) ve mirror (mirr) adı verilen üç gen içerir. Transkripsiyon hızlandırıcı tuzak hatlarının önceki analizi, IroC'nin iki koku organında, antenlerde ve maksiller palpta ifade edildiğini göstermiştir. üçlü mutant sinekler kullanılarak RNA sekanslama analizi yapılmış ve koku sistemindeki iroC hedef genlerini karakterize edilmiştir. Bu çalışma çerçevesinde IroC genlerini ayrı ayrı araştırmak için CRISPR/Cas9 teknolojisini kullanarak yeni sinek hatları üretildi; IroC genleri için tekli mutantlar ve iroC'nin etiketli proteinleri. Tekli IroC mutantları, hedef genlerin ne kadarının çakıştığını belirlemek için, gelecekteki çalışmalarda RNASeq analizi yapılması amacıyla tarafımdan üretildi. Ayrıca, endojen ifade şablonlarını incelemek için floresan etiketli tekli iro proteinleri tarafımdan üretildi. Genel olarak, üretilen araçlar iroC fonksiyonunu incelemeye ve bu proteinlerin koku alma sistemindeki rolünü netleştirmeye yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
In the olfactory system, correct olfactory receptor neuron (ORN) development depends on proper olfactory receptor (OR) gene expression and proper projection of axons to higher brain centers. Thus, during development, ORNs go through two important decisions: selecting one OR gene from a large repertoire of OR genes and project their axons to a particular location in the brain. The availability of genetic tools and its relative simplicity make Drosophila an important model organism to uncover the molecular basis of the olfactory system development and function. Our studies focus on the function of IroC (Iroquois complex), a transcription factor family, in ORN specification. The Iro family includes three genes called araucan (ara), caupolican (caup) and mirror (mirr), which are conserved as clusters in all multi-cellular organisms. Previous analysis of enhancer trap lines showed that IroC is expressed in two olfactory organs, antennae and maxillary palp and using a triple mutant of IroC, RNA Sequencing analysis was performed on olfactory organs and iroC target genes were characterized. In the framework of this study, to investigate IroC genes individually we wanted to generate novel tools, single knock-outs and individually-tagged proteins of iroC using CRISPR/Cas9 technology. To identify and compare target gene repertoires, I have generated single IroC mutants which will be used for RNASeq analysis in future studies. Also, I have generated individual fluorescently-tagged iro proteins to study their endogenous expression patterns. Overall, the generated tools will help to study iroC function in general and help to clarify the role of these proteins in olfactory system development.
Benzer Tezler
- CRISPR prime editing ile OPTN genindeki splice-site mutasyonuna yönelik in-vitro düzeltme yaklaşımının etkinlik ve verimlilik analizi
Analysis of the efficiency and efficacy of an in vitro CRISPR prime editing–based correction approach targeting a splice-site mutation in the OPTN gene
ZEYNAL SÜTKURT
- The role of chromatin modifying enzymes in fibroblast-to-hepatocyte direct lineage conversion
Kromatin değiştiricilerin fibroblast'tan hepatosit'lere transdiferensiyasyon'daki rolü
ERAY ENÜSTÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Tıbbi BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- Farklı mof esaslı ilaç taşıyıcı sistemlerin sentezi, karakterizasyonu ve anti kanser etkinliğinin incelenmesi
Synthesis, characterization, and investigation of the anticancer activity of different mof-based drug delivery systems
MAHSA HEIDARNEJAD
- CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA gen modifikasyonunun kanser hücreleri üzerindeki terapötik etkilerinin araştırılması
CRISPR-Cas9 mediated PIK3CA modification as a novel treatment modality in cancer
ÖZGE SÖNMEZLER
- Crıspr prıme edıtıng gen düzenleme yaklaşımları kullanılarak Survıval Motor Nöron-2 (SMN2) geni üzerindeki nokta mutasyonların onarım etkinliğinin araştırılması
Investigation of the repair efficiency of point mutations on the Survival Motor Neuron-2 (SMN2) gene using crispr prime editing gene editing approaches
ENES BAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Moleküler TıpÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CİHAN TAŞTAN