An ınvestigation of poly(A site selection loci in estrogen treated breast cancer cells
E2 muamelesi yapılan meme kanseri hücrelerinde poli (A) bölgesi seçiliminin araştırılması
- Tez No: 600435
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Moleküler genetik, Reseptörler-östrojen, Molecular genetic, Receptors-estrogen
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Alternatif poliadenilasyon (APA) 3'UTR (Untranslated Region) transkript çeşitliliğine sebep olduğu bilinen bir mRNA işlenmesi basamağıdır ve bu mekanizmanın protein düzeyine önemli etkileri olabilir. Bilinen insan genlerinin yaklaşık %70'i birden fazla poli A bölgesi bulundurur. Proliferatif sinyaller, gelişim işaretleri ve doku spesifitesi Poli A bölgelerinin alternatif seçilimine neden olabilir ve bu seçilim farklı 3'UTR uzunluğuna sahip transkriptler üretilmesini sağlar. APA mekanizmasının izoform çeşitliliğine sebep olduğu bilinmektedir ve yapılan çalışmalarla APA'nın nasıl düzenlendiği ve işlediği ile ilgili muhtemel mekanistik açıklamalar ortaya çıkmaya başlamıştır. Çalışmamızda, proliferatif sinyallerin varlığında APA mekanizmasının işleyişini daha iyi anlayabilmek adına, östrojen pozitif (ER+) meme kanseri hücre hattında Estradiol (E2) tarafından indüklenen APA mekanizmasının incelendiği bir model sistemi seçilmiştir. Önceden varolan Kromatin İmmunopresipitasyon-Sekanslama (ChIP-Seq) dataları belirli histon işaretlerine bakılarak analiz edilmiş, E2 muamelesi yapılan hücrelerde histon işaretleri ve Poli A bölgeleri örtüşmelerine bakılmıştır. Bahsi geçen spesifik poli A bölgelerinin seçilimini doğrulamak için deneyler yapılmıştır. Yaptığımız analizlerin az sayıda olmasına rağmen sonuçlarımız, E2 ile regüle edilen transkripsiyon ve APA arasında muhtemel bir bağlantıyı gösteriyor olabilir. Gelecekte yapılacak olan yüksek verimli deneyler bu korelasyonların ne kadar yaygın olduğunu test etmek ve bu bağlantıların altında yatan mekanizmaları anlamak açısından önemli olacaktır.
Özet (Çeviri)
Alternative polyadenylation (APA) is an mRNA processing step implicated in 3'UTR (Untranslated Region) isoform diversity, which may have significant impacts on protein levels. Nearly 70% of known human genes harbor multiple polyA sites. Proliferative signals, developmental cues and tissue specificity can induce alternative selection of polyA sites, producing transcripts with different 3'UTR lengths. Given that APA generates a vast isoform diversity, there are possible mechanistic explanations emerging on how APA might be regulated. To better understand the APA mechanism in the presence of proliferative signals, we chose a model system where we know APA is induced by Estradiol (E2) in Estrogen positive (ER+) breast cancer cell line. We analyzed existing Chromatin Immunoprecipitation- Sequencing (ChIP-Seq) data for certain histone marks that may overlap with polyA sites in E2 treated cells and performed experiments to confirm usage of these specific polyA sites. Despite the low number of cases we could analyze in this study, our results may suggest a possible link between E2 regulated transcription and APA. Future high throughput experiments will be important to test how widespread these correlations are and what the underlying mechanisms are.
Benzer Tezler
- Atenolol yüklenmiş poli(akrilik asit) bazlı hidrojel sistemlerinin kontrollü salımının incelenmesi ve karakterizasyonu
Investigation and characterization of the controlled release of atenolol loaded poly(acrylic acid) based hydrojel systems
SİNEM DEMİR
- Demir çelik sektörü ve demir çelik sektöründe sermaye maliyeti
Iron and steel sector and cost of capital in iron and steel sector
ALİ DİKMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
İşletmeMarmara ÜniversitesiSermaye Piyasası ve Borsa Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MAHMUT HAYATİ ERİŞ
- Preparation of a lab scale extruder machine and investigation of the periodic surface distortions in extrusion of polyolefins and usage of novel processing aids to overcome these instabilities
Labaratuvar boyutunda bir ekstruder makinesinin hazırlanması ve poliolefinlerin ekstruzyonunda peryodik biçim bozukluklarının yeni proses iyileştiriciler ile giderilmesi
AHMET MERİÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NURSELİ UYANIK
- Investigation of change in the radiation armor properties of colemanite reinforced poly (methyl methacrylate) building exposed to space radiation
Uzay radyasyonuna maruz kalan kolemanit takviyeli poli (metil metrakrilat) yapının radyasyon zırh özelliklerinde meydana gelen değişimlerin incelenmesi
ATİLLA VOLGA ŞENGÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Radyoloji ve Nükleer Tıpİstanbul Teknik ÜniversitesiNükleer Araştırmalar Ana Bilim Dalı
PROF. NİLGÜN BAYDOĞAN
- Prediction techniques of acid mine drainage: A case study of a new poly-metallic mine development in Erzincan-İliç, Turkey
Asit maden drenajı öngörü teknikleri: Yeni bir poli-metalik maden sahası üzerine vaka çalışması Erzincan-İliç Türkiye
GANİME ASLI SEZER ÖZÇELİK
Doktora
İngilizce
2007
Maden Mühendisliği ve MadencilikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ASUMAN TÜRKMENOĞLU