Association of SNP in phospholipase A2 gene with prostate cancer
Fosfolipaz A2 geni içerisinde bulunan SNP ile prostat kanseriarasındaki ilişki
- Tez No: 599083
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK TELCİ, DOÇ. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Fosfolipaz A2 (PLA2) enzimleri, lipolitik enzimler olup hücre zarına bağlı olarak bulunan fosfolipitlerin parçalanarak biyolojik açıdan daha aktif olan ve enflamasyon, immün sistem, tümör oluşumu ve metastaz gibi olayları kontrol eden Arachidonic Acid (AA) ve lizofosfolipidlerin oluşmasını katalizlerler. Salınımlı Fosfolipaz A2-IIA (sPLA2-IIA) enzimi, bu enzim ailesinde bulunan Ca2+ bağımlı bir hidrolaz olup, prostat kanseri dahil bir çok hastalık durmunda artışı gözlemlenmiştir. sPLA2-IIA enziminin yüksek ifade seviyesi ileri seviye prostat tümör sınıflandırılması ve primer doku tümör proliferasyonu ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca serum içerisinde ki yüksek enzim seviyesinin, yüksek Gleason skoru ve ileri seviye hastalık evresi ile ilişkilendirilmesi sebebi ile, sPLA2-IIA enziminin bir prostat kanseri biyo-belirteci olarak kullanılabileceği öne sürülmüştür. Bu bağlamda bu tez dahilinde, prostat kanserinde ilk defa rs11573156 tekli nükleotid değişimi ile kanser gelişimi ve metastazı arasındaki bağlantı, sağlıklı popülasyon ile karşılaştırılarak incelenmiş olup, zararlı olabileceği düşünülen diğer tekli nükleotid değişimleri de bilgisayar destekli simülasyonlar ile incelenmiştir. Hastalardan alınan periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirilip ilgili gene ait sekanslama PCR-RFLP yöntemi ile yapılmıştır. Homoloji modellemesi yardımıyla dizayn edilen ve Ramachandran grafiği ile kalitesi belirlenen mutasyon modelleri ve doğal protein yapısı üzerinde moleküler dinamik simülasyonu gerçekleştirildi. Elde ettiğimiz sonuçlar ışığında rs11573156 tekli nükleotid değişikliği ile prostat kanseri arasında anlamlı bir ilişki bulanmamasına ragmen ilgili nükleotid değişiminin Türkiye popülasyonunda metastaz ile negatif yönde ilişkilendiği gösterilmiştir. Yapılan bilgisayar destekli modellemeler sonucunda araştırılan diğer iki tekli nükleotid değişiminin aktif bölge elemenları arasında kurulan bağlanmalara direct etkisi bulunmadığı görülmüştür. Lakin protein yüzeyinde meydana gelen yük değişimi dolaylı yoldan enzim aktivitesine etki edebilir ve daha detaylı incelenmesi gerekir.
Özet (Çeviri)
Phospholipase A2 (PLA2) are lipolytic enzymes that hydrolase membrane phospholipids to form biologically active fatty acids like Arachidonic Acid (AA) and lysophospholipids, which in turn regulates important cellular events including inflammation, immunity, tumorigenesis and metastasis. Secretory Phospholipase A2-IIA (sPLA2-IIA) is a Ca2+ dependent hydrolase within same family of enzymes, which was shown to be elevated in several malignancies, including prostate cancer (PCa). High level of sPLA2-IIA was correlated with high prostate tumor grade and tumor proliferation in primary site tumors. Furthermore, the high serum level of enzyme in association with high Gleason score and advanced disease stage suggests sPLA2-IIA as a biomarker for poor prognosis of PCa. Aim of this thesis was to reveal first time the association of 5'UTR polymorphism (rs11573156) with PCa and survey the effects of possibly harming two additional polymorphisms (rs374105365 and rs965800220) with computational simulation analysis. Genotype analysis of patients and control group was performed with PCR-RFLP analysis by using isolated DNA samples. Short molecular dynamics simulations (md) were performed on native and mutated protein structures, designed with homology modeling where quality assessments were performed according to their Ramachandran plots. According to our results, heterozygous genotype (CG) for rs11573156 polymorphism is significantly associated with reduced metastatic incidence of PCa in Turkish population while showing no significant association with PCa susceptibility. Computational analysis results demonstrated that remaining two polymorphisms do not directly alters active site interactions. However, surface electrostatic change may have indirect effect how PLA2G2A exert its effect but it needs further investigation on residues that interacts with membranes or lipid surfaces.
Benzer Tezler
- Role of PLA2G2A rs11573156 C>G polymorphism in phospholipase activity and prostate cancer progression
PLA2G2A rs11573156 C>G polimorfizmin fosfolipaz aktivitesi ve prostat kanseri gelişimindeki rolü
İPEK BEDİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK TELCİ TEMELTAŞ
- Nonalkolik steatohepatitis (nash) hastalığında rol oynayan genlerin araştırılması
The investigation of the genes involved in non-alcoholic steatohepatitis (nash)
EYLÜL ECE İŞLEK
- Balık gözü hastalığı ile ilişkilendirilen LCAT genindeki zararlı SNP'lerin İn Slico yöntemler ile belirlenmesi
Determination of harmful SNPs in the LCAT gene association with fish eye disease by In Slico methods
SİNAN İLHAN CEYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR CENGİZ ERİŞMİŞ
- Meme veya kolorektal kanserli hastalarda karboksiesteraz enzimi polimorfizmi ile kapesitabinin farmakokinetiği ve yan etki görülme sıklığı arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Evaluation of the association of SNP in carboxylesterase enzyme with pharmacokinetic and adverse effects of capecitabine in breast and colorectal cancer patients
MERVE KURTAN YÜKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZELİHA PALA KARA
- Association analysis of glutathione S-transferase omega 1 and omega 2 genetic polymorphisms and ischemic stroke risk in Turkish population
Glutatyon S-transferaz omega 1 ve omega 2 gen polimorfizimleri ile Türk populasyonunda iskemik inme riski ilişkisinin incelenmesi
ESRA BİLGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN ADALI