Comparison of mega-press and short echotime press on classification of idh mutationusing machine learning at 3T
Makıne ögrenme kullanarak IDHmutasyonunun sınıflandırılmasındamega-press ve kısa eko zamanlı press'ın 3T'dakarsılastırılması
- Tez No: 592638
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESİN ÖZTÜRK IŞIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Radyoloji ve Nükleer Tıp, Radiology and Nuclear Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Biyomedikal Mühendislik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Malign gliom, beyinde sık görülen ve ölümcül bir kanser türüdür. Son Dünya Saglık Örgütü (WHO) kriterleri, gliom sınıflandırmasına genetik mutasyonları dahil etmistir. Bu mutasyonlardan biri, izositrat dehidrogenaz (IDH), derece II ve derece III gliomlarda yaygın olup, kanser dokusunun metabolizması ile ilgilidir. IDH mutant gliomlar, IDH vahsi tiplerinden daha iyi prognoza sahiptir. Bu mutasyonun bir sonucu olarak onko-metabolit 2-HidroksiGlutarat (2HG), tümör dokusunda birikir. IDH mutasyonunun cerrahi prosedürden önce tespiti tedavi planlamasında önemli bir rol oynayabilir. Manyetik rezonans spektroskopi (MRS), IDH mutasyon bilgisi saglamak için kullanılabilecek noninvaziv bir tekniktir.Bu çalısmada, ilk olarak, 3 boyutlu basılmıs bir MRS fantom, MRS sekanslarının uzaysal dagılım performanslarını analiz etmek için tasarlanmıs ve üretilmistir. Daha sonra çalısmaya, IDH durumu immünohistokimya ile saptanmıs 82 gliom hastası dahil edilmistir. Kısa eko zamanlı Nokta Çözünürlüklü Spektroskopi (PRESS) ve Mescher-Garwood PRESS (MEGA-PRESS) MRS dizileri, 3T Siemens MRG tarayıcısında elde edilmistir. IDH mutasyonu tespitinde makine ögrenme modellerinde öznitelik olarak metabolit konsantrasyonları kullanılmıstır. Sonuçlarımız, kısa TE PRESS profilindeki öznitelikleri kullanan karar agacı modelinin, IDH mutasyonunu % 75 dogrulukla tespit edebilecegini, MEGA-PRESS ile elde edilebilecek maksimum dogrulugun ise % 68 oldugunu göstermistir. Bu çalısmada üretilen MRS fantomu, yeni MRS darbe sekansları için bir dogrulama aracı olarak kullanılabilir. Gelecekteki çalısmalarımız gliomlardaki diger genetik degisiklikleri daha büyük bir hasta populasyonunda tespit etmeyi hedeflemektedir.
Özet (Çeviri)
Malignant glioma is a type of frequent and lethal cancer the brain. Recent World Health Organization (WHO) criteria has included genetic mutations in glioma classification. One of these mutations, isocitrate dehydrogenase (IDH) is common in grades II and III gliomas, and has been related to metabolism of the cancer tissue. IDH mutant gliomas have better prognosis than IDH wild type ones. As a result of this mutation, an onco-metabolite 2-HydroxyGlutarate (2HG) accumulates in tumor tissue. Detection of IDH mutation before surgical procedure could play an important role in treatment planning. Magnetic resonance spectroscopy (MRS) is a noninvasive technique that could be used to provide IDH mutation information. In this study, first, a 3D printed MRS phantom was designed and produced to analyze spatial distribution performances of MRS sequences. Then, 82 glioma patients, whose IDH status have been determined by immunohistochemistry, have been included. Short echo time Point Resolved Spectroscopy (PRESS) and Mescher-Garwood PRESS (MEGA-PRESS) MRS sequences were acquired on a 3T Siemens MRI scanner. Metabolite concentrations have been estimated with LCModel spectal fitting program using corresponding basis sets. Machine learning models have been developed to determine IDH mutation using metabolite concentrations as features. Our results indicated that a decision tree model using features from short TE PRESS profile could detect IDH mutation with 75% accuracy, while maximum accuracy attainable with MEGA-PRESS was 68%. The MRS phantom that was produced as a part of this study could be used as a validation tool for new MRS sequences. Future studies will aim to detect other genetic alterations in gliomas on a larger patient cohort.
Benzer Tezler
- Türk çelik sektörünün üretim kapasitesi ve dış ticaret verilerinin incelenmesi
Analysis of production capacity and foreign trade data of Turkish steel industry
SİNAN ARAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEVAT BORA DERİN
- Diyabetus mellitus'da gözlenen mikrovasküler komplikasyonların prostaglandinler ile olan ilişkisi
The Relation of microvaskular complications observed in diabetes mellitus with prostoglandins
CANAN NEBİGİL
Doktora
Türkçe
1985
Eczacılık ve FarmakolojiCumhuriyet ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YUSUF SARIOĞLU
- Cam ve plastik seraların sonbahar domates üretimi yönünden karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
ERGUN DURAN
- Bölünüme bağlı olmayan varyans çözümlemesi çoklu karşılaştırmalar ve tarımda uygulamaları
Distiribution-free analyis of variance multiple comparisons and applications in agriculture
HAMZA GAMGAM
- Örnekle-tut ve analogtan dijitale çevirme devrelerinin analiz ve sentezi
Başlık çevirisi yok
ERTUĞRUL İPEK
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiElektronik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGÜR TÜTÜNCÜOĞLU