Identification and characterization of 6-4 photolyase of vibrio cholerae
Vibrio cholerae canlısında 6-4 fotoliyazının tespiti ve karakterize edilmesi
- Tez No: 591352
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyokimya, Genetik, Biology, Biochemistry, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ultraviyole (UV) ışık organizmaların DNAsına, pirimidin dimerleri şeklinde, mutajenik olabilecek hasarlar verir. Bu hasarlar tamir edilemezse, karsinojenik, hatta ölümcül etkilere sebep olur. Fotoliyazlar, UV-ışığın sebep olduğu bu hasaları, mavi ışığa bağlı bir mekanizmayla tamir eden antik flavoproteinlerdir. Fotoliyazlar, DNA hasarlarına göre iki fonksiyonel gruba ayrılır: siklobütan pirimidin dimerlerini tamir eden CPD fotoliyazlar ve pirimidin-pirimidon (6-4) dimerlerini tamir eden (6-4) fotoliyazlar. Vibrio cholerae'nın (O1 bivar Tor ırk: N16961) kriptokrom/fotoliyaz ailesine dahil üç üyeye sahip olduğu gösterilmiştir: CPD fotoliyaz olan VcPhr; ve tek iplikli DNA'ya afinitesi olan iki tane CPD fotoliyaz VcCry1 ve VcCry2. Bu tez Vibrio cholerae 'da tespit edilen, ilk (6-4) fotoliyazını denysel ve hesapsal olarak göstermiştir. Bu enzim yeni keşfedilen 'demir-sülfür içeren bakteri kriptokrom ve fotoliyazları' (FeS-BCP) adlı sınıfa dahil olmaktadır. Bu çalışmada, enzimin (6-4) fotolezyonlarını tamir ettiği, in vitro olarak Slot-Blot DNA tamiri testi ile gösterildi. Vc(6-4) FeS-BCP'nin Vibrio cholerae'nın in vivo fotoreaktivasyonuna katkısı olduğu fotoreaktivasyon-tamamlama deneyi ile gösterildi. Yapılan yapısal ve deneysel çalışmalar Vc(6-4) FeS-BCP'nin, FAD katalitik kofaktörüne, DMRL fotoantenine ve [4Fe-4S] kümesine sahip olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Ultra-violet (UV) light introduces mutagenic damages to the DNA in the form of pyrimidine dimers. If not repaired, these damages may cause carcinogenic and lethal effects on the organism. Photolyases (PHRs) are the ancient flavoproteins that repair UV-induced lesions in a blue light-dependent mechanism. PHRs, according to substrate specificity, are divided into two functional groups: CPD PHRs that repair cyclobutane pyrimidine dimers (CPD) and (6-4) PHRs that repair pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproducts [(6-4) PP]. Although CPD photolyases are distributed among the three domains of life, (6-4) PHRs were thought to be restricted to eukaryotes. Vibrio cholerae (O1 bivar Tor str. N16961) possesses three cryptochrome/photolyase family (CPF) members: VcPhr, a CPD photolyase; and two single-strand CPD PHRs VcCry1 and VcCry2. This dissertation presents the first (6-4) PHR in V. cholerae, named Vc (6-4) FeS-BCP. The enzyme belongs to newly discovered 'iron-sulphur cluster containing bacterial cryptochromes and photolyases' (FeS-BCP) class. Vc (6-4) FeS-BCP is the third enzyme characterized in this class. (6-4) repair activity of the Vc (6-4) FeS-BCP was demonstrated in vitro by DNA slot-blot repair assay. In vivo contribution of the protein to photoreactivation of the organism was presented by photoreactivation-complementation assay. Structural characterization of the protein via computational and experimental methods suggest that protein possesses FAD catalytic cofactor, DMRL photoantenna and [4FeS-4S] cluster.
Benzer Tezler
- Investigations of the structure function relationship of cryptochrome in unicellular organisms
Tek hücreli organizmalarda bulunan kriptokrom proteininin yapı-işlev ilişkisinin araştırılması
HANDE ASIMGİL
Doktora
İngilizce
2012
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İ. HALİL KAVAKLI
- Development of methods for identification and characterization of autologous antibody responses in small cell lung cancer and Behcet's disease
Küçük hücreli akciğer kanseri ve Behçet hastalığında oluşan otolog antikor yanıtının belirlenmesi ve tanımlanması için yöntem geliştirilemesi
ALPER POYRAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. ALİ OSMAY GÜRE
- Adana ili badem ağaçlarında Botryosphaeriaceae türü patojenlerin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Identification and molecular characterization of Botryosphaeriaceae species pathogens on almond trees in Adana province
TUNA KAYMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUKADDES KAYIM
- Haşhaşta (Papaver somniferum L.) anneksin ailesi genlerinin tanımlanması, karakterizasyonu ve abiyotik stres altında fonksiyon analizleri
Identification and characterization of annexin family genes and their functional analysis under abiotic stress in poppy (Papaver somniferum L.)
DERYA SULTAN ERGENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET GÜMÜŞÇÜ
DOÇ. DR. HÜLYA SİPAHİ
- Yozgat ili'nde yeşil mercimekte solgunluk, kök ve kök boğazı çürüklüğü hastalıklarına neden olan Fusarium spp.' nin tespiti, moleküler karakterizasyonu ve bazı çeşitlerin reaksiyonlarının belirlenmesi
Identification and molecular characterization of Fusarium spp. causing wilt, root and crown rot diseases in green lentil in Yozgat province and determination of the reactions of some varieties
SEVİM ATMACA
Doktora
Türkçe
2025
ZiraatTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF YANAR
DOÇ. DR. ALİ ENDES