Behçet hastalığı-genom analiz çalışmasında belirlenen IL23r-IL12RB2 bölgesindeki varyantın (RS924080), IL23R ve IL12rb2 genlerinin ekspresyonları ile ilişkisinin araştırılması.
Analyzing the relation between the variation (RS924080) of IL23R-IL12RB2 region and the expressions of IL23R and IL12RB2 genes identified in a Behçet's Disease-GWAS study.
- Tez No: 585088
- Danışmanlar: PROF. DR. BURÇAK VURAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Behçet hastalığı, Gen analizi, Genetik, Genler, Genom, Polimorfizm-genetik, Sitokinler, İnterlökin 12, İnterlökin 23, Behcet syndrome, Gene analysis, Genetics, Genes, Genome, Polymorphism-genetic, Cytokines, Interleukin 12, Interleukin 23
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Behçet hastalığı (BH), etiyolojisi bilinmeyen, tekrarlayan inflamatuar ataklar ile seyreden, artmış sitokin cevabına neden olan inflamatuar bir hastalıktır. 2010 yılında Remmers ve arkadaşlarının Türk toplumundaki Behçet hastalarında yürüttüğü GWAS çalışmasının sonuçlarına göre; IL23R-IL12RB2 lokusunda rs924080 SNP'leri BH ile ilişkili varyantlar olarak tespit edilmiştir (P <0.0001) ve Xavier ve arkadaşları tarafından 2012'de bir diğer çalışma ile konfirme edilmiştir. Bu tez projesinde Behçet Hastalığı-genom analiz çalışmasında belirlenen A risk alleli için Heterozigot (AG) (n=6) ve homozigot (AA) (n=4) taşıyan ve bu varyanta sahip olmayan sağlıklı kişilerin (GG) (n=4), IL23R-IL12RB2'nin intergenik bölgesinde yer alan varyantın (rs924080) artmış proinflamatuar cevaplarla ilgisi araştırılmıştır. Bu kişilerin periferik kanlarından elde edilen mononükleer hücrelerden hem hücre kültürü öncesi hem de hücre kültüründe IL23R ve IL12RB2 ekspresyonları için uyarıldıktan sonra RNA'ları elde edilmiş ve cDNA'ya çevrilmiştir. Real Time PZR ile IL-12RB2 ve IL-23R genlerin rölatif ekspresyonları araştırılmıştır. Her örnek Gliseraldehid-3-fosfat dehidrojenaz (GAPDH) referans geni ile karşılaştırılmıştır. Data analizi Ct metodu ile yapılmış olup, rölatif mRNA seviyeleri, az sayıdaki örnek grupları nedeniyle non-parametrik Kruskal-Wallis testi kullanılarak hesaplanmıştır. Bu çalışmada ilk kez BH ile ilişkili varyant olarak tespit edilen IL23R-IL12RB2 lokusundaki rs924080 tek nükleotid polimorfizminin, IL23R veIL12RB2 genlerine etkisi incelenmiştir. Bu yanıtlarda önemli olmasından dolayı, hastalık risk allelini taşıyan kişilerin (A), AA ve AG gruplarının IL-23R stimulasyon endeksleri GG grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulunmuştur (p=0.042). Bu sonuçlara dayanarak, Risk A alleli, LPS ile uyarı sonucunda IL-12RB2, IL-23R, IFN- and TNF-'nın bazal ekspresyonunu etkilemiyor fakat IL-23R and TNF-'nın ekspresyon kapasitesini arttırarak yanıta neden oluyor ve baseline IL-6 üretimini arttırıyor. LPS stimulasyon sonuçlarına dayanarak, rs924080 A alleline sahip bireylerin bakteriyel patojenlere aşırı ve abartı inflamatuar yanıtlar veriyor olmaları da BH gelişimine destek oluyor diyebiliriz. Sonuçlarımız rs924080 lokusunun Th 17 ve IL-6 cevaplarında modulator bir yeri olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Behçet's disease (BD) is an inflammatory disorder of unknown etiology characterized with recurrent inflammatory attacks and increased production of proinflammatory cytokines. A genome-wide association study (GWAS) identified an association between a polymorphism in the IL23R-IL12RB2 locus (rs924080) and Turkish BD patients by Remmers et al in 2010 (P < 0.0001), which was confirmed by Xavier et all in 2012. To delineate whether this particular polymorphism is associated with enhanced proinflammatory responses, IL-12 receptor β2 subunit (IL-12RB2), IL-23 receptor (IL-23R) expression and proinflammatory cytokine production were investigated in healthy individuals homozygous (AA) (n=4) or heterozygous for the risk A allele (AG) (n=6) or homozygous for the common G allele (GG) (n=4). Peripheral blood mononuclear cells (PBMC) were isolated and total RNA from PBMC was obtained and reverse-transcribed into cDNA. IL-12RB2 and IL-23R expression was assessed by real-time quantitative RT–PCR. Data analysis was performed using the Ct method, mRNA expression levels were compared by non-parametric Kruskal-Wallis test. IL-12RB2 and IL-23R expression levels and IL-12RB2 stimulation indices were comparable among different genotype groups. By contrast, IL-23R stimulation indices of AA and AG groups were significantly higher than the GG group (p=0.042). The AA genotype group's average stimulation index for IL-23R was greater than those of AG and GG groups. These results suggest that the rs924080 risk A allele does not affect the baseline expression levels of IL-12RB2, IL-23R, IFN- and TNF- but enhances the IL-23R and TNF- expression capacity in response to LPS stimulation. But also appears to enhance baseline IL-6 production. Based on the LPS stimulation results, it is tempting to speculate that individuals with the rs924080 A allele give exaggerated inflammatory responses to bacterial pathogens ultimately leading to BD development.
Benzer Tezler
- Differential expression of proteins in active and inactive phases of Behçet's syndrome
Behçet sendromunun aktif ve inaktif fazlarında farklı protein ekspresyonları
KIYMET ASLI KİREÇTEPE AYDIN
Doktora
İngilizce
2019
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Kompleksin 1 ve Behçet Hastalığı patogenezindeki olası rolünün araştırılması
Complexin-1 and investigation of its possible role in the Pathogenesis of Behçet's Disease
ARİS ÇAKİRİS
- Genetic and epigenetic analyses of hla-b5 gene in familial behçet syndrome pedigrees
Ailesel behçet sendromu ailelerinde hla-b5 geninin genetik ve epigenetik analizleri
PELİNSU KÖPRÜLÜ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Romatolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Disease gene identification using linkage and exome analysis
Bağlantı ve ekzom analizi kullanarak hastalık geni keşfi
DERYA YAVUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Makina öğrenme yöntemleriyle genom dizilim verilerinin analizi
Analysis of genome sequence data using machine learning methods
ERGÜN GÜMÜŞ
Doktora
Türkçe
2013
Genetikİstanbul ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET SERTBAŞ