Nanopore sekanslama teknolojisi kullanılarak, kişi tanımlama kiti geliştirilmesi
Development of human identification kit using nanopore sequencing technology
- Tez No: 579440
- Danışmanlar: PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Adli Tıp, Genetics, Forensic Medicine
- Anahtar Kelimeler: Adli genetik, DNA, Dizi analizi, Dizi analizi-DNA, Genotip, Kimlik tespiti, Moleküler genetik, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Polimorfizm-genetik, Forensic genetics, DNA, Sequence analysis, Sequence analysis-DNA, Genotype, Identity establishing, Molecular genetic, Polymerase chain reaction, Polymorphism-genetic
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: İnsan Deoksiribo Nükleik Asidi (DNA) bilinen en stabil biyolojik materyallerden bir tanesi olup, kişiye özel bir çok tanımlama bölgesi içermektedir. Son yıllarda, DNA üzerindeki belirli Tek Nükleotid Polimorfizm'lerinin (Single Nucleotide Polymorphism-SNP) genotiplendirilmesi, özellikle kimliklendirme çalışmalarında giderek yaygınlaşan ve yüksek ayrım gücü sunan bir yöntemdir. Genotiplendirme işlemi, yeni nesil dizi analizi teknolojisindeki hızlı ilerlemeler sayesinde giderek pratikleşmiş olsa da bu cihazların birçoğunun uzun sürede sonuç vermesi ve büyük veri analizleri gerektirmesi, özellikle hızlı kimliklendirme gereken durumlarda büyük bir dezavantaj oluşturmaktadır. Bununla birlikte, 4. nesil olarak geçen Oxford Nanopore teknolojisini kullanan bir cihazın (Minion) uzun okumalar yapması, hızlı analiz ve küçük boyutları sayesinde sahada kullanıma imkan sağlaması, bu dezavantajları ortadan kaldırmıştır. Bu projede; Oxford Nanopore sekanslama platformuna uyum sağlayacak, teknolojik ve pratik SNP temelli bir kişi tanımlama prototipi geliştirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Ticari DNA kullanılarak, literatürde kişi tanımlama için sıklıkla kullanılan 52 SNP bölgesi multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction-PCR) metodu ile amplifiye edilmiştir. Bu amplikonlar Oxford Nanopore Minion cihazı ile sekanlanmıştır. Sekans verilerine göre özgün bir biyoinformatik iş akışı tasarlanmıştır. Bulgular: Üç ticari DNA örneği üzerinden yapılan çalışmalarda Nanopore verilerinin 52 SNP bölgesinde de tam olarak doğru sonuç verdiği gözlenmiştir. Toplam süre 1 saatin altında tamamlanmıştır. Sonuç: Bu tez sonucunda 52 adet SNP bölgesi Oxford Nanopore Minion cihazıyla başarılı bir şekilde sekanslanmıştır. Aynı zamanda SNP temelli kişi tanımlama için dünya üzerinde erişilmiş en hızlı süre elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Objective: Human DNA is one of the most stable biological materials known and contains a number of individual identification sites. In recent years, genotyping of certain SNP on DNA has become increasingly common, especially in identification studies, and offers high discrimination power. Although the genotyping process has become increasingly practical due to the rapid advances in next generation sequencing technology, many of these devices have long-lasting results and require large data analyzes, especially in cases where rapid identification is required. However, the Minion device, which is defined as the 4th generation sequence device, has a small size and enables rapid analysis, thus eliminating these disadvantages. In this thesis; it is aimed to develop a technological and practical SNP based human identification prototype that will adapt to the Oxford Nanopore sequencing platform. Materials and methods: Using commercial DNA, 52 SNP regions frequently used for identification in the literature were amplified by multiplex PCR method. These amplicons were sequenced with the Oxford Nanopore Minion device. A unique bioinformatics workflow is designed based on sequence data. Results: Nanopore data were found to be completely accurate in 52 SNP regions in three commercial DNA samples. Total time was completed under 1 hour. Conclusion: As a result of this thesis, 52 SNP sites were sequenced successfully with Oxford Nanopore Minion device. At the same time, the fastest time has been achieved in the world for SNP based human identification.
Benzer Tezler
- LaCaMnO nanotellerin ve nanoparçacıkların sol-jel yöntemi ile elde edilmesi ve özelliklerinin incelenmesi
Production of LaCaMnO nanowires and nanoparticles by sol-gel method and their properties
VEDAT YAĞMUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİnönü ÜniversitesiKatıhal Fiziği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FUNDA ERSOY ATALAY
- Dalga kılavuzu esaslı dna biyosensörlerinde kullanılacak olan DNA problarının immobilizasyonu ve dalga kılavuzu özelliği taşıyan ince filmlerin üretimi
Fabrication of the thin films, having waveguide properties and probe DNA immobilization onto that films to be used in waveguide based dna biosensors
SİNAN MERT ÖLMEZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyomühendislikGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET YAVUZ ORAL
- Elektrokimyasal olarak manyetik nanotellerin üretimi ve özelliklerinin incelenmesi
Production of magnetic nano wires by electrodeposition technique and their properties
HARUN KAYA
Doktora
Türkçe
2011
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİnönü ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FUNDA ERSOY ATALAY
- Mechanical properties and frictional behaviour of nanoporous anodic aluminium oxide
Nanoporoz anodik alüminyum oksitin mekanik özellikleri ve sürtünme davranışı
BERKAY KAVAS
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KÜRŞAT KAZMANLI
- İyon katkılı hidrojel ? metal kontaklarda elektriksel özelliklerin incelenmesi
Investigation of electrical properties in ion doped hydrogel - metal contacts
SEVCAN ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAŞAR YILMAZ