High incidence of mitochondrial etiology underlying neurogenetic disorders in consanguineous Turkish families
Türkiye'de akraba evliliğine bağlı nörogenetik hastalıkların temelinde yatan mitokondriyal etiyolojinin sıklığı
- Tez No: 576802
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: NGS, WES, nörogenetik hastalıklar, mitokondriyal, akraba aileler, Akraba evlilikleri, Dizi analizi, Genetik hastalıklar-doğuştan, Mitokondrial hastalıklar, Mitokondriler, Nörolojik hastalıklar, Türkiye, NGS, WES, neurogenetic diseases, mitochondrial, consanguineous families, Consanguineous marriages, Sequence analysis, Genetic diseases-inborn, Mitochondrial diseases, Mitochondria, Neurological diseases, Turkey
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Nörogenetik hastalıklar beyin, omurilik, kas ve periferik sinirleri etkileyen hastalıklardır. Nörogenetik hastalıklar otozomal, X'e bağlı ya da mitokondriyal kalıtım gösteren tek gen hastalıkları, poligenik, multifaktöriyel kalıtımlı hastalıklar ve de novo ya da kalıtılan kromozomal bozukluklar olarak gruplandırılırlar. Karmaşık klinik bulgular, genetik heterojenite ve geleneksel tanı yöntemlerindeki sınırlamalar nedeniyle nörogenetik hastalıkların teşhisinde bir takım zorluklar yaşanmaktadır. Yeni nesil dizileme (NGS) teknolojilerindeki gelişmeler, moleküler tanılamayı, yeni hastalık genlerinin ve varyantlarının keşfedilmesini kolaylaştırmaktadır. Bugün, yüksek verimli, düşük maliyetli ve zaman kazandıran tüm ekzom dizileme (WES) yöntemi, nörogenetik hastalıklar da dahil olmak üzere genetik hastalıkların tanı sürecinde çoğunlukla tercih edilen bir stratejidir. Bu proje çerçevesinde, çocukluk çağı nörogenetik bozukluk bulunduran 191 akraba aile kayıtlandı ve etkilenmiş aile bireylerinin kapsamlı fenotiplemesi yapıldı. Bugüne kadar çalışmamız kapsamında 138 aileye WES uygulanmış olup ve toplamda 79'u için moleküler tanı %57 tanısal verim ile tespit edildi. Tanımlanmış genler içinde 32 tanesi nörogenetik hastalıklar ile ilişkilendirilmiş genlerde bulunan yeni aday varyantlar, 28 tanesi nörogenetik hastalıklar ile ilişkilendirilmiş genlerde bulunan bilinen varyantlar ve 15 tanesi yeni aday genler olarak tespit edildi. Mitokondri ile ilişkili genler beklenenden daha yüksek oranda tespit edildi. Böylesine büyük bir kohortta %57 tanısal verim elde edilerek, WES'in nörogenetik hastalıklarda tanısal önemi gösterildi, genotip-fenotip ilişkileri ayrıntılı olarak açıklanarak yeni hastalık genleri ve varyantları belirlendi, bazı ailelere genetik danışmanlık ve hastalığa özgü tedaviler sağlandı.
Özet (Çeviri)
Neurogenetic diseases are conditions that affect the brain, spinal cord, nerves and muscles. Neurogenetic diseases can be categorized as single gene disorders with autosomal, X-linked or mitochondrial inheritance, polygenic disorders, multifactorial disorders and disorders caused by inherited or de novo chromosomal abnormalities. Due to complicated clinical features and genetic heterogeneity of them and limitations in traditional diagnostic approaches, neurogenetic diseases are difficult to diagnose. Advances in the next-generation sequencing (NGS) technologies facilitate the molecular diagnosis and the discovery of novel disease genes and variants. Today, high-throughput, cost and time-effective whole exome sequencing (WES) is mostly preferable strategy used in diagnostic process of genetic diseases including neurogenetic diseases. In the frame of this project, 191 consanguineous families with childhood neurogenetic disorders were recruited and deeply phenotyped. To date, 138 of them underwent WES and causative genetic defect for 79 of them were identified with diagnostic yield of 57%. Among identified genes, 28 of them are known variants and 32 of them are novel candidate variants in known disease genes which are already associated with neurogenetic diseases and 15 of them are novel candidate genes. Importantly, mitochondrial function associated genes were higher than expected. By obtaining a diagnostic yield of 57% in such a large cohort, we showed the diagnostic utility of WES in neurogenetic diseases, identified novel candidate disease genes and variants by explaining genotype-phenotype relations in detail and provided genetic counseling and disease-specific therapies for some of the families.
Benzer Tezler
- Mitokondriyal derive peptidlerin (MOTS-C) glioma U87 hücre hattında üzerindeki apoptotik etkilerinin in vitro araştırılması
In vitro investigation of apoptotic effects of mitochondrial derived peptides (MOTS-C) on glioma U87 cell line
DUYGU ZÜHRE
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEFA KIZILDAĞ
- Yüksek dereceli T1 evre mesane tümör dokusu örneklerine ait proteom profilinin LC-MS/MS ile analiz edilmesi
Analysis of the proteome profile of high-grade T1 stage bladder tumor specimens by LC-MS/MS
TUNAY DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSEL ÖZPINAR
- Mitokondriyal DNA mutasyonlarının mesanenin yüzeyel transizyonel hücreli karsinomu ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship between mitochondrial DNA mutations and transitional cell carcinoma of the bladder
DENİZ ERGEÇ
Doktora
Türkçe
2009
Tıbbi BiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. A.İLTER GÜNEY
- The effects of ATP –dependent potassium channel (KATP) agonist and antagonists on Penicillin G induced epilepsy model in rats
Sıçanlarda Penisilin G ile oluşturulan epilepsi modelinde ATP bagımlık (KATP) kanal agonist ve antagonistlerinin etkileri
HAYRİYE ORALLAR
Doktora
İngilizce
2014
FizyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER BOZDOĞAN
DOÇ. DR. ŞERİF DEMİR
- Effect of a diet rich in olive oil phenolics on age-related changes in mouse model of ageing and HPLC analysis of olive oil phenolics with electrochemical detector
Zeytinyağı fenoliklerince zengin diyetin yaşlanması hızlandırılmış fare modelinde yaşlanmaya bağlı değişiklikler üzerine etkisi ve zeytinyağındaki fenolik maddelerin elektrokimyasal dedektör ile HPLC analizi
BANU BAYRAM
Doktora
İngilizce
2011
Beslenme ve Diyetetikİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERAAT ÖZÇELİK
PROF. DR. GERALD RİMBACH