Elektroforez görüntü işleme arayüzü ve yazılımı geliştirme
Electrophoresis image processing interface and software development
- Tez No: 561834
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET REŞİT KAVSAOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Mühendislik Bilimleri, Bioengineering, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Biyomedikal mühendisliği, Biyomedikal uygulamalar, Elektroforez, Gömülü sistemler, Görüntü işleme, Biomedical engineering, Biomedical applications, Electrophoresis, Embedded systems, Image processing
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karabük Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Elektroforez işlemi sonucu elde edilen agaroz jel görüntülerinin analizini el ile yapmak zahmetli ve hata eğilimi yüksek olan işlemlerdir. Bu çalışmada, elektroforez sistemini yürüten gömülü sistem için bir yazılım ve arayüz tasarlanarak bu görüntülerinin analizinin otomatik olarak yapılması gerçekleştirilmiştir. Bu tasarım sayesinde uzun süren ölçümler ve hesaplamalar sonucu yapılan analizler gömülü sistem ile saniyeler içerisinde yapılabilmektedir. Böylelikle yürütme işlemi biter bitmez agaroz jel görüntüsünün incelenmesine imkân tanınmakta ve sonuçlara daha hızlı ulaşılması sağlanmaktadır. Bu sistem ile UV altında görülen jel görüntülerinin analizi, tasarlanan arayüz yazılımı ile gerçekleştirilmiştir. Görüntüler kamera aracılığı ile tasarlanan arayüz yazılımına aktarılıp OpenCV kütüphanesiyle görüntü işleme teknikleri Raspberry pi 3 B+ kullanan mini jel elektroforez sisteminin içine entegre edilmiştir.v Elektroforez görüntü işleme arayüzü ve yazılımının gömülü sistem ile kullanılmasıyla sistem, standart elektroforez görüntüleme sistemleri ve analiz için kullanılan bilgisayarlara göre daha kompakt bir yapıya dönüşmüştür. Yapılan karşılaştırmalar neticesinde bantların bulunma başarısı morfolojik geri çatma ve K-means yöntemleri kullanılarak artırılmıştır. Kullanıcılara kolaylık sağlaması açısından bu parametreleri bir arayüz sayesinde görüntüye göre ayarlamak mümkün kılınmıştır. Tasarlanan sistem klasik sistemlere göre daha hızlı, daha verimli ve daha doğru sonuçlar almaktadır. Sistem emsallerinden daha düşük maliyete sahiptir.
Özet (Çeviri)
The analysis of agarose gel images obtained by electrophoresis process is laborious and has high error tendency. In this study by designing a software and interface for the embedded system that runs the electrophoresis system, it is performed to analyze these images automatically. Via this design, the analyzes made as a result of long lasting measurements and calculations can be performed in seconds with the embedded system. Thus, as soon as the execution is completed, the agarose gel image can be examined and results are obtained more quickly. With this system, the analysis of gel images under UV was performed with the designed interface software. The images are transferred to the interface software via the camera and the image processing techniques are integrated into the mini gel electrophoresis system using Raspberry pi 3 B + with OpenCV library.vii By using the electrophoresis image processing interface and software with the embedded system, the system has become more compact compared to standard electrophoresis imaging systems and computers used for analysis. As a result of the comparisons, the presence of the bands was increased by morphological reconstruction and K-means methods. For the convenience of users, it is possible to adjust these parameters according to the image by means of an interface. The designed system is faster, more efficient and more accurate than conventional systems. The system has lower cost than its peers
Benzer Tezler
- Tek hücre jel elektroforezi için görüntü analizi
Image analysis for single cell gel electrophoresis
ALEV KAKAÇ MEŞE
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikBaşkent ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYKUT ERDAMAR
DOÇ. DR. ÖZLEM DARCANSOY İŞERİ
- Radiküler kist ve granülomların dijital histogram analizi ile ayırdedilmesi
Differention of radicular cyst and granulomas with digital histogram analysis
ÜLKEM AYDIN
Doktora
Türkçe
1998
Diş HekimliğiGazi ÜniversitesiDiş Hastalıkları ve Tedavisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAYFUN ALAÇAM
- Conceived crude exosomes from EVs of JAWS II cells and their nanoscale motion's analysis using advanced imaging techniques
JAWS II hücrelerinden köken almış hücre dışı veziküller vegelişmiş görüntüleme tekniği kullanılarak nanometreölçeğinde hareketlerinin karakterizasyonu
MUSTAFA KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN EKSİK
DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA MUTLU
- A hybrid fuzzy logic and convolution neural network (FIS-CNN) for automatic detection and classification of objects in comet assay images
Comet test görüntülerinde nesnelerin otomatik algılanması ve sınıflandırılması için hibrit bulanık mantık ve dönüşümlü sinir ağı(FIS-CNN)
SHAYMAA ABDULHAFEDH SHAKİR AL-QAYSI
Doktora
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH NAR
- A fully automated application for analysis and quantification of dna damage on comet assay images
Kuyruklu yıldız görüntülerinde dna hasarı ölçümü ve analizi için tam otomatik uygulama
EFTAL ŞEHİRLİ
Doktora
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKarabük ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED KAMİL TURAN