Developing CHARMM compatible force fields for novel drug
İlaç adayları için CHARMM uyumlu kuvvet alanı geliştirme
- Tez No: 542637
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURDAN DEMİRCİ SANKIR, PROF. DR. TURGUT BAŞTUĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Moleküler dinamik simülasyonu, Kuantum kimyası, Elektronik yapı tayini, Parametrizasyon, Atomlararası potansiyel, Bilgisayar destekli hesaplama, Moleculer dynamics, Quantum chemistry, Electronic structure calculations, Parametrisation, Interatomic potential, Computer aided calculation
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Tobb Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Maliyetli ilaç geliştirme süreci ve bilgisayar teknolojisinin geliştirilmesi ile, bilgisayar destekli ilaç tasarımı, ilaç geliştirmede popüler hale gelmiştir. Moleküler modelleme, bilgisayar destekli ilaç tasarım sürecinde önemli bir rol oynar. Mevcut Kuvvet Alanları (CHARMM, AMBER, GROMACS, vb.) yeni geliştirilen / gelişen ilaç adaylarının fiziksel özellikleri hakkında bilgi içeren parametre dosyalarına sahip değildir, bu nedenle yeni geliştirilen ilaç adaylarının bilgisayar tabanlı Moleküler Dinamik simülasyonunu gerçekleştirmeleri mümkün değildir. Bu çalışmanın temel amacı, yeni bir ilacın potansiyelini araştırmak için yeni GST-P1 inhibitörü (C19H13N5O5) CHARMM uyumlu Kuvvet Alanı parametrelerini ve daha sonra Moleküler Dinamik Simülasyonunu tanımlamaktır. Enzim inhibitör molekülü kısmen geniş bir yapıya sahip olduğundan, parametrizasyon işleminin sonucu olarak fiziksel bir sonuç elde etmek mümkün değildir, bu nedenle molekül iki küçük (kimyasal olarak dengesiz) partiküllere ayrılır. Her iki molekülde de aynı prosedür tekrarlandı, başlangıç aşamasında moleküler geometri MP2 / 3-21G * seviyesine optimize edildi. Bu bölümlerde HF / 3-21G * SP enerjisi optimize edilmiş optimizasyon geometrisi kullanılarak hesaplanmış ve molekül ve su molekülü ile etkileşime girebilen kısım hesaplanmış ve daha sonra optimal kısmi yük konfigürasyonu QM / MM fit işlemi ile hesaplanmıştır. Son olarak, bağ ve dihedral terimleri hesaplandı ve CHARMM uyumlu bir Kuvvet Alanı geliştirildi. Oluşturulan Kuvvet Alanının validasyonu Moleküler Dinamik simülasyonu ile elde edildi. Elde edilen kuvvet alanları parametreleri MD simülasyonunda uygulandı. Simülasyon sonuçlarından molekülün stabil olduğu ve RMSD değerinin kabul edilebilir (<2.0 Å) değerler içerisinde olduğu saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
With the costly drug development process and the development of computer technology, computer aided drug design has become popular in drug development. Molecular modeling plays a major role in the computer aided drug design process. Current Force Fields (CHARMM, AMBER, GROMACS, etc.) do not have parameter files containing information on the physical properties of newly developed / developing drug candidates, so it is not possible for newly developed drug candidates to perform computer based Molecular Dynamics simulation. The main objective of this work is to identify the novel GST-P1 inhibitor (C19H13N5O5) CHARMM compatible Force Field parameters, and then Molecular Dynamics Simulation to explore potential for a new drug. Since the enzyme inhibitor molecule has a large structure in part, it is not possible to obtain a physical result as a result of the parametrization process, so the molecule is divided into two small (chemically unbalanced) particles. The same procedure was repeated in both molecules, at the initial stage the molecular geometry was optimized to the MP2 / 3-21G * level. HF / 3-21G * SP energy is calculated in these parts by using optimized optimizing geometry and the part that can interact with the molecule and water molecule is calculated and then the optimal partial load configuration is calculated by means of QM / MM fit process. Finally, the bond and dihedral terms were calculated and a CHARMM compatible. Force Field was developed. The validation of the generated Force Field is achieved by Molecular Dynamics simulation. According to the acceptable RMSD value (<2.0 Å) obtained from simulation, it is seen that molecule is stable.
Benzer Tezler
- Kolza sap-samanı piroliz katlı ürününün (Char) eldesi ve tanımlanması
Başlık çevirisi yok
AYDIN SEVER
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ KARAOSMANOĞLU
- Programming SMP cluters: Node-level object groups and their use in a framework for NBody applications
Bakışımlı çoklu-işlemci öbeklerini programlamak: Düğüm seviyesinde dallı nesneler ve sıradüzensel çoklu-etkileşim yöntemleri için tasarlanan bir çatı
İLKER CENGİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Yazılımı Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Türk bankalarının hazine departmanlarında döviz opsiyonları ile risk yönetimi ve uygulama
Risk management with currency options at treasury departments of the turkish banks and case study
YALÇIN ERGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BankacılıkMarmara ÜniversitesiSermaye Piyasası ve Borsa Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MURAT AKBALIK
- Duygusal algı bağlamında grafik tasarım ürünlerinde tasarlama yaklaşımlarının incelenmesi
Investigation of design approaches in graphic design products in the relationship of emotional perception
BURÇAK SALMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Güzel SanatlarÇukurova ÜniversitesiSanat ve Tasarım Ana Sanat Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OYA TÜRE AYGÜN
- İşveren markası algısının örgütsel bağlılık ve çalışan performansına etkisi üzerine bir araştırma
The impact of employer branding on organizationalcommitment and job performance
YUNUS EMRE AYGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
İşletmeÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UMUT EROĞLU