Geri Dön

Alzheimer hastalığında long non-coding RNA (LNCRNA) profillerinin araştırılması

Investigation of long non-coding rna (LNCRNA) profiles in alzheimer's disease

PDF İndir

  1. Tez No: 537784
  2. Yazar: SERAP KURT
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE GAYE TOMATIR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Alzheimer, Long non-coding RNA, qRT-PCR, mikrodizin, Alzheimer hastalığı, Gen ifadesi, Gen ifadesi profili, Mikrodizilim analizi, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, RNA, Alzheimer, long non-coding RNA, qRT-PCR, microarray, Alzheimer disease, Gene expression, Gene expression profiling, Microarray analysis, Polymerase chain reaction, RNA
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Pamukkale Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Alzheimer Hastalığı (AH), ileri yaşta en sık görülen, hücre dışında amiloid beta plak birikimi, hücre içinde nörofibriler yumaklar ve sinir sisteminde nöron kayıplarıyla karakterize nörodejeneratif bir hastalıktır. Uzun kodlamayan RNA' ların (long non-coding RNA= lncRNAs) gen ekspresyonunu transkripsiyonel, post-transkripsiyonel ve epigenetik düzeyde regüle edebildikleri bilinmektedir. Son araştırmalarda birçok lncRNA'nın AH' de sinir sisteminde amiloid beta (A) üretimini ve sinaptik kaybı regüle ettiği gösterilmiştir. Araştırmamızda AH' de ekspresyonları değişen ve hastalığın patogenezine katkısı olabileceğini düşündüğümüz lncRNA' ları belirlemeyi amaçladık. Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı'na başvuran hastalardan (23 kişi Alzheimer hastası; 33 kişi kontrol grubu) gönüllü onam formu ve etik kurul izni ile periferik kan örnekleri alındı. AH'de lncRNA' ların değişen ekspresyonlarını incelemek için, muhtemel AH teşhisi alan bireylerin (n=4) ve sağlıklı kontrol gruplarının (n=4) periferik kan-mononükleer hücrelerinden (peripheral blood mononuclear cells=PBMC) elde edilen total RNA'lar mikrodizin analizi ile değerlendirildi. Analiz sonucu kat değişimi en fazla olan (fc<1.5 / fc>1.5) lncRNA'lar belirlenerek, hasta ve kontrol gruplarında kantitatif eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) ile bazı lncRNA'ların ekspresyon değişimleri araştırıldı. Çalışmamızda Alzheimer hastalığı ile ilişkili olabilecek lncRNA'ların profilleri belirlendi. Mikrodizin analizi sonucunda toplamda 31 downregüle ve 41 upregüle lncRNA saptanmış olup bu lncRNA'lardan, lnc-AL445989.1-2, LINC01420, TTC39C-AS1, lnc-CSTB1 ve LOC728763' ün ekspresyonları qRT-PCR ile değerlendirildi ve doğrulandı. AH PBMC lncRNA profilleri KEGG analizi ile değerlendirildiğinde; lncRNA'ların bazı metabolik yolaklarla anlamlı ilişkisi belirlendi. Bunlar TNF sinyal yolağı, PI3K/AKT, Ras, MAPK yolakları; glutamerjik, dopaminerjik, kolinerjik sinapslar; GABA ve nörotrofin sinyal yolaklarıdır. Araştırmamız, mRNA'lara göre daha doku-spesifik olan lncRNA'ların, AH PBMC' lerinde lncRNA profillerinin belirlenmesi açısından ilk olma özelliği taşımaktadır. Bu bulguların AH patogenezinde bilgi verici rolü olduğunu ve ileriki çalımalarla desteklenebileceğini düşünmekteyiz.

Özet (Çeviri)

Alzheimer's Disease (AD) is a neurodegenerative disease characterized by accumulation of extracellular amyloid beta plaques, neurofibrillary tangles within the cell, and neuronal loss in the nervous system, the most common in elderly. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are known to regulate gene expression at transcriptional, post-transcriptional, and epigenetic levels. Recent studies have shown that many lncRNAs regulate amyloid beta (Aβ) production and synaptic loss in the nervous system in AD. In our study, we aimed to determine the expression of lncRNAs in AD which may alter expression and contribute to the pathogenesis of the disease. Peripheral blood samples were obtained from patients admitted to the Neurology Department of Pamukkale University Medical Faculty (23 patients with Alzheimer's disease, 33 control group) with voluntary consent form and ethics committee. Total RNA obtained from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) of subjects with probable AD (n = 4) and healthy control groups (n = 4) was examined to determine the altered expression of lncRNAs in AD were evaluated by microarray analysis. LncRNAs with the highest end-to-end fold change (fc <1.5 / fc> 1.5) were identified and quantified by quantitative real time polymerase chain reaction (qRT-PCR) in patient and control groups were confirmed. In this study, the profiles of lncRNAs that may be associated with Alzheimer's disease were determined. A total of 31 downregulated and 41 upregulated lncRNAs were detected as a result of microarray analysis. From these lncRNAs, expression of lnc-AL445989.1-2, LINC01420, TTC39C-AS1, lnc-CSTB1 and LOC728763 were confirmed by qRT-PCR. When assessed by KEGG analysis of AD PBMC lncRNA profiles; LncRNAs were significantly associated with some metabolic pathways. These include TNF signaling pathway, PI3K/AKT, Ras, MAPK pathways; glutamergic, dopaminergic, cholinergic synapses; GABA and neurotrophin signaling pathways. Our study is the first to identify lncRNA profiling in AH PBMCs of more tissue-specific lncRNAs compared to mRNAs. We think that these findings are informative in the pathogenesis of AD and can be supported by further studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    736220

    Nano-boyutlu biyoinformatik analiz ile kanser hastalıklarının tanısı

    Cancer diagnosis based on nanoscale bioinformatics analysis

    AHMET TOPRAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Nanoteknoloji ve İleri Malzemeler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN

  2. Tez No

    619904

    Santral sinir sistemine yönelik nanopartiküler ilaç taşıyıcı sistemlerin geliştirilmesi ve parkinson hastalığında tedavi etkinliğinin değerlendirilmesi

    Development of nanoparticulate drug delivery systems for central nervous system and evaluation of the treatment efficacy i̇n parkinson's disease

    SEMA ARISOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Eczacılık ve FarmakolojiAnkara Üniversitesi

    Farmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TANSEL ÇOMOĞLU

  3. Tez No

    384870

    Korteks davranışının vuru üreten hücre modeli ile incelenmesi

    Analysis of cortex behavior by a spiking neuron model

    YUSUF KUYUMCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. NESLİHAN SERAP ŞENGÖR

  4. Tez No

    340885

    Kardiyak sendrom x'li hastalarda total antioksidan kapasite ve global sol ventrikül performansının değerlendirilmesi

    Evaluation of global left ventricule performance and total antioxidant capacity in patients with cardiac syndrome x

    ALPARSLAN KILIÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    KardiyolojiUfuk Üniversitesi

    Kardiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU AKGÜL ERCAN

  5. Tez No

    614013

    Investigation of nmda receptor-mediated depotentiation responses in rats with intra-hippocampal infusion of thyroid hormone: The role for mapk signaling pathway

    Nmda reseptör aracilikli depotansi̇yasyon yanitlarina ratlarda i̇ntra-hi̇pokampal ti̇roi̇d hormon i̇nfüzyonunun etki̇si̇ni̇n araştirilmasi: MAPK si̇nyal yolağinin rolü

    MARWA WAEL SADEK YOUSEF

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    FizyolojiErciyes Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CEM SÜER

Geri Dön