Geri Dön

Klinik kaynaklı acinetobacter baumannii izolatlarında patotip- rezistotip-genotip kümelenmesi varlığının araştırılması

Investigation of pathotype, resistotype and genotype clustering in acinetobacter baumannii isolates of clinical origin

PDF İndir

  1. Tez No: 535883
  2. Yazar: İNCİ DENİZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. İBRAHİM ÇAĞATAY ACUNER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, rep-PCR tiplendirme, moleküler epidemiyolojik tiplendirme, kaynak-gider dinamiği, Acinetobacter, Fenotip, Genotip, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, İlaçlara direnç-çoklu, Acinetobacter baumannii, repetitive-PCR typing, molecular epidemiological typing, source-sink dynamic, Acinetobacter, Phenotype, Genotype, Polymerase chain reaction, Drug resistance-multiple
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Deniz, İ. (2018). Klinik Kaynaklı Acinetobacter baumannii İzolatlarında Patotip- Rezistotip-Genotip Kümelenmesi Varlığının Araştırılması. Yeditepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Tıp Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, İstanbul. Acinetobacter baumannii, pnömoni, idrar yolu infeksiyonları, septisemi ve menenjit gibi ciddi hastalık tablolarından sorumlu, çoklu ilaç direnci gösteren, nonfermentatif, Gram-negatif bakteridir. Bu çalışmanın amacı, A. baumannii'nin, infeksiyözite (patotip), antimikrobiyal direnç fenotipi (rezistotip) ve genotip bakımından kümeleşme özelliklerini araştırmaktır. İstanbul biyocoğrafyasını temsil eden, sekiz ayrı hastaneden, A. baumannii'nin, Temmuz – Kasım 2015 tarihleri arasında toplanan izolatları çalışmaya katıldı. Yatan hastalardan izole edilen toplamda 36 A. baumannii bakteri izolatından oluşan örneklem kullanıldı. Örneklemin, tür düzeyinde bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri, sırasıyla MALDI-TOF-MS cihazı ve VITEK2 otomatize sistemlerinde, moleküler epidemiyolojik tiplendirme testleri ise otomatize DiversiLab rep-PCR sisteminde yapıldı. Sonuçların kategorik değişkenler arasındaki dağılım farkının analizi için, tek örneklem ki-kare testi ve yerine göre Fisher kesin olasılık testi kullanıldı. Patotip bakımından, 10'u (10/36, %27.7) enfeksiyonu etkeni ve 26'sı (26/36, %72.2) kolonizasyon olarak saptandı. Toplam 25 rezistotip saptandı. Karbapenemlere direnç, %88.8 (32/36) olarak bulundu. Toplamda sekiz genotip kümesi (GK01-GK08) saptandı. GK01 içinde, 30 izolat (%83.3'ü, 30/36) bulundu. GK01 içinde, dört genotip (G01-G04) saptandı. Enfeksiyon izolatlarının tamamı (10/10, %100) GK01 içinde bulundu. Toplam 11 genotip (G01-G11) saptandı. Genotipler arasında, G01'in (14/36, %38.8) baskın olduğu bulundu. Sonuç olarak, İstanbul ilinden elde edilen A. baumannii örneklemindeki GK01 genotip kümesi izolatlarının, enfeksiyon patotipi ile istatistik olarak anlamlı düzeyde ilişkili (p=0.021) olduğu bulundu. Örneklemde,“Patotip-Genotip Kümelenmesi”saptandı.“Rezistotip”çeşitliliğinin ise yüksek olduğu, kümelenme sergilemediği gösterildi.“Patotip-Rezistotip-Genotip”incelemeleri sonucunda, GZT hastanesinin çeşitliliği artırıcı ve yayıcı“kaynak”, FSM ve HNH hastanelerinin“gider-karşılıklı”, diğer hastanelerin ise“gider-kara delik”niteliklerinde olduğu değerlendirildi.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT Deniz, İ. (2018). Investigation of Pathotype, Resistotype and Genotype Clustering in Acinetobacter baumannii Isolates of Clinical Origin. Yeditepe University, Institute of Health Sciences, Department of Molecular Medicine, M.Sc. Thesis, İstanbul. Acinetobacter baumannii is a nonfermentative, Gram-negative bacterium that has been shown to be a multidrug resistant pathogen responsible for severe infectious diseases such as pneumonia, urinary tract infections, septicemia and meningitis. The aim of this study was to investigate the aggregation properties of A. baumannii in terms of infectious (pathotype), antimicrobial resistance phenotype (resistotype) and genotype. A total of 36 A. baumannii bacterial isolates collected between July to November 2015 from the patients who were hospitalized in eight hospitals representing the biogeography of Istanbul.Specimen-level bacterial identification and antibiotic susceptibility tests were performed respectively in MALDI-TOF-MS and VITEK2 automated systems and molecular epidemiological typing tests were performed in automated DiversiLab rep-PCR system. The single sample chi-square test and Fisher's exact test were used in statistical analysis. In pathotype analysis, 10 (10/36, 27.7%) were identified as infectious agents and 26 (26/36, 72.2%) were colonization. A total of 25 resistotypes were detected. Resistance to carbapenem antibiotics was 88.8% (32/36). A total of eight genotypes (GC01-GC08) were identified. GC01 contained 30 isolates (83.3%, 30/36). In GC01, four genotypes (G01-G04) were detected. All of the infection isolates (10/10, 100%) were in GC01. A total of 11 genotypes (G01-G11) were detected. Among the genotypes, G01 (14/36, 38.8%) was found to be dominant. In conclusion, the prevalent GC01 genotype cluster of A. baumannii isolates collected from eight major hospitals in İstanbul were significantly associated with infection pathotype (p=0.021). In the study isolates, pathotype-genotype clustering (i.e. infectivity and GC01) was detected, however, resistotype diversity was found to be high and did not show any clustering.“Pathotype-Resistotype-Genotype”data indicated that GZT hospital might be a“source”for spread, whereas FSM and HNH might be of“sink-reciprocal type”, and other hospitals of“sink-black hole type”.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    617049

    Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında florokinolon direnç mekanizmalarının araştırılması

    Investigation of fluoroquinolone resistance mechanisms in clinical Acinetobacter baumannii isolates

    GÜLŞAH GÜLER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BAYRI ERAÇ

  2. Tez No

    759666

    Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında karbapenemazların moleküler yöntemlerle incelenmesi

    Investigation of carbapenemases by molecular methods in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates isolated from clinical specimens

    NURSEDA BÜRKÜK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN BAYLAN

  3. Tez No

    449002

    N-asetilsisteinin klinik acınetobacter baumannıı ve klebsıella pneumonıae izolatlarında karbapenem direncine etkisi

    Effect of N-acetylcysteine on carbapenem resistance in clinical klebsiella pneumoniae and acinetobacter baumannii isolates

    HÜLYA DOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MEHMET BURAK AKSU

  4. Tez No

    828797

    Çoklu ilaca dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında kolistin duyarlılığının farklı yöntemlerle saptanması, kolistin direncinin moleküler ve hızlı yöntemlerle belirlenmesi

    Detection of colistin susceptibility in multidrug resistant Acinetobacter baumannii isolates by different methods, determination of colistin resistance by molecular and rapid methods

    FATİH MEHMET AKILLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP ARZU İLKİ

  5. Tez No

    746728

    Acinetobacter baumannii izolatlarında efflux pompası ve quorum sensing genlerinin araştırılması

    Investigation of efflux pump and quorum sensing genes in acinetobacter baumannii isolates

    EBRU KARADAĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UĞUR ARSLAN

Geri Dön