Geri Dön

Identification of novel hit molecules against B-Cell Leukemia/Lymphoma-2 (Bcl2)

B-hücreli lösemi /lenfoma-2'ye karşı yeni moleküllerin keşfedilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 535273
  2. Yazar: GURBET TUTUMLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Biyoloji, Biyomühendislik, Chemistry, Biology, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

B-cell leukemia/lymphoma-2 (BCL-2) proteinleri anti-kanser ilaç tasarım çalışmalarında kullanılan önemli onkojenik hedef yapılardan birisidir. Bu çalışmada, BCL2'ye karşı yeni ligant moleküllerinin belirlenmesi amacıyla, hem ligand bazlı hem de yapı temelli teknikler uygulanmıştır. Başlangıçta 212520 küçük molekül Specs SC veritabanından alındı ve MetaCore / MetaDrug platformunda ikili QSAR tabanlı modeller örneğin“kanser-QSAR modeli”kullanılarak tarama gerçekleştirildi. Seçilen moleküller için BCL-2'nin kristal yapısı (Protein Databank ID: 4LXD) ve BCL-2'nin NMR yapısı (Protein Databank ID: 1YSW, 1YSI, 2O2F) hedefe yönelik ilaç tarama yöntemleri (moleküler yerleştirme) kullanılarak test edildi. Bu seçilmiş bileşikler daha sonra BCL2'nin bağlanma cebinde Glide / yüksek verimli sanal taramada (HTVS) kullanıldı. Glide/HTVS'den seçilen yapılar için daha kompleks moleküler yerleştirme protokolleri (Glide / SP, Glide / IFD ve GOLD) uygulanarak doking skorları bilinen inhibitörlerle (pozitif kontrol) karşılaştırıldı. Pozitif kontrollerden daha yüksek doking skorlarına sahip olan ve bilinen çok önemli ligant-rezidü etkileşimlerini koruyan moleküller için moleküler dinamik (MD) simülasyonlar uygulandı Ayrıca, hedefin bağlanma bölgesinde ligand-protein kompleksinin yapısal ve dinamik özellikleri araştırılmıştır.

Özet (Çeviri)

B-cell leukemia/lymphoma-2 (BCL2) family proteins are one of the important oncogenic targets used in anti-cancer drug designing studies. In this study, in order to identify new hits against BCL2, both ligand- and structure-based techniques were applied. Initially 212520 small molecules were retrieved from Specs SC database and binary QSAR based models from MetaCore/MetaDrug platform were used to screen against a defined therapeutic activity,“cancer”. Crystal structure of BCL-2 (Protein Databank ID: 4LXD) and NMR structure of BCL-2 (Protein Databank ID: 1YSW,1YSI,2O2F) used for target-driven drug screening methods (i.e., molecular docking). These selected compounds were then used in Glide/high throughput virtual screening (HTVS) at the binding pocket of BCL2. Filtered structures were then used in more sophisticated molecular docking protocols (i.e., Glide/SP, Glide/IFD and GOLD); their docking scores were compared with known inhibitors (i.e., positive controls) and selected molecules were considered for molecular dynamics (MD) simulations. Selected hit molecules which are the molecules that have higher docking scores than positive controls and they construct known crucial interactions were used in MD simulations. Moreover, structural and dynamical properties of ligand-protein complex is investigated for better understanding of hit molecules at the binding pocket of the target.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    752917

    Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer

    Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi

    ÖZGE TATLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  2. Tez No

    75472

    Hepatit B yüzey antijenleri polipeptitlerinin kimyasal yolla sentezi ve karakterizasyonu

    Başlık çevirisi yok

    DİLGİMEN SALMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED MUSTAFAEV

  3. Tez No

    192785

    Rose-bengal testi (+), serum tüp aglütinasyon testi (-) ve coombs testi (-) olan ve klinik olarak bruselloz şüpheli hastaların serumunda brucella DNA'nın real time PCR yöntemiyle aranması

    Detection of brucella DNA by realtime PCR assay in brucellosis suspected patients' serum specimens with rose-bengal (+),serum tube agglutination test (-)and coombs test (-)

    HAKAN TEMİZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    MikrobiyolojiDicle Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. KADRİ GÜL

  4. Tez No

    636315

    Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Biyofizikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  5. Tez No

    532534

    Kimyasallarla indüklenen meme kanseri oluşum mekanizmalarında olası antikanser ilaç hedeflerinin araştırılması

    Investigation of mechanisms of chemically-induced breast cancer as targets for anticancer drugs

    ELİF İNCE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Eczacılık ve FarmakolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HANDE GÜRER ORHAN

Geri Dön