Aksolot'da omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların yeni-nesil RNA dizileme ile tanımlanması
Next-generation sequencing to identify molecular regulators of regeneration after spinal cord injury in the axolotl
- Tez No: 530660
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TURAN DEMİRCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Aksolot, merkezi sinir sistemi, omurilik, rejenerasyon, transkriptom, Aksolotl, Dizi analizi-RNA, Gen ifadesi profili, Merkez sinir sistemi, Moleküler yapı, RNA, Spinal kord yaralanmaları, Spinal yaralanmalar, Axolotl, central nervous system, spinal cord, regeneration, transcriptome, Ambystoma mexicanum, Sequence analysis-RNA, Gene expression profiling, Molecular structure, RNA, Spinal cord injuries, Spinal injuries
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Sinir Bilim Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Aksolot beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi sayesinde araştırmacıların model organizma olarak kullandığı önemli bir canlıdır. Aksolotun böylesine bir rejeneratif kapasiteye sahip olmasının altında yatan moleküler mekanizmaların ne olduğu konusunda araştırmalar halen devam etmektedir. Memelilerin genel olarak rejenerasyon kapasitesinin kısıtlı olması ve özelde de merkezi sinir sistemi hasarlarını tamamen düzeltememelerine karşılık aksolotda merkezi sinir sistemi rejenerasyonu başarısını sağlayan gen ve yolaklar merak uyandırmaktadır. Transkriptom canlıların belirli bir organ, doku ya da hücre veya belirli bir zaman dilimi için ifade RNA profilinin tümüne verilen isimdir. Bu çalışmada da transkriptom analizinden faydalanarak sinir rejenerasyonunda yer alan çeşitli faktörlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bunun için neotenik aksolotlar kuyruk bölgesinden kesilmiş olup; 0.gün, 1.gün, 4.gün ve 7.gün örnekleri alınarak bu örnekler için RNA dizileme çalışması yapılmıştır. Tanımlanan RNA'lardan anlamlı olarak ifade edilenler, PANTHER Sınıflandırma Sistemi'yle moleküler fonksiyon, biyolojik süreç, hücresel bileşen ve protein sınıf analizi belirlenmiş, STRING veri tabanı ile de protein-protein etkileşimi analiz edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Axolotl is a living creature, being used as a model organism through the capacity of regenaration of organs and limbs including the brain and the spinal cord. Researchs issue the underlying molecular mechanism of such a regenerative capacity have been still continuing. Despite mammals have a limited regeneration capacity and they are not able to completely fix central nerve system damages, genes and pathways ensuring central nerve system regeneration success in axolotls arouse curiosity. Transcriptome is the name for a specific organ, tissue, cell or RNA profile for a certain amount of time. This research aims to identify various factors taking place in nerve regeneration. Neotenic axolotls were cut from the queue area. Day 0,1,4 and 7 samples collected and a RNA sequence study conducted based on these samples. Those demonstrating significance among identified RNAs, molecular function by PANTHER classification system, biological process, cellular component and protein category analysis were determined. Additonally, protein-protein interaction analysis was conducted by STRING database.
Benzer Tezler
- Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması
Identification of molecular mechanisms of that play A role in axolotl spinalcord regeneration after spinal cord injury BY using proteomics
ECE CANA FESÇİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TURAN DEMİRCAN
- Aksolotl kol rejenerasyonu sürecinde epitranskriptom değişiminin MRNA modifikasyonları seviyesinde araştırılması
Investigation of epitranscriptom exchange at the level of MRNA modifications in the process of aksolotl li̇mb regeneration
PELİN TUĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NEŞE AYŞİT
DOÇ. DR. TURAN DEMİRCAN
- Koşullu mutagenez tekniği ile transgenik axolotl geliştirilmesine yönelik vektörlerin tasarlanması ve in vivo incelenmesi
Designing and in vivo investigation of vectors for the development of transgenic axolotl by conditional mutagenesis technique
DAMLA YAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SVEN P. VİLAİN
- Aksolotl'da kuyruk rejenerasyonunu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemi ile tanımlanması
Characterization of molecular mechanisms providing tail regeneration in axolotl BY the proteomics method
MAHMUT ERHAN AVŞAROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Biyoteknolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiSinir Bilim Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
YRD. DOÇ. DR. TURAN DEMİRCAN
- An integrative gene-expression analysis of axolotl limb wound healing and regeneration
Aksolotl yara iyileşmesi ve rejenerasyonunun integratif gen ekspresyon analizi
MUSTAFA SİBAİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CÜNEYD PARLAYAN