Proteomic analyses of biological samples by using different mass spectrometric strategies
Biyolojik örneklerin farklı kütle spektrometrik stratejiler kullanarak proteomik analizleri
- Tez No: 530010
- Danışmanlar: PROF. DR. TALAT YALÇIN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Görüntüleme yöntemleri, Kütle spektrometri, Leishmania, Leishmania infantum, Leishmaniasis, Leishmaniasis-cutaneous, Leishmaniasis-visceral, Protein analizleri, Imaging methods, Mass spectrometry, Leishmania, Leishmania infantum, Leishmaniasis, Leishmaniasis-cutaneous, Leishmaniasis-visceral, Protein analysis
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yumuşak iyonlaşma teknikleri olan MALDI ve elektrospreyin gelişi, kütle spektrometri yönteminin kapılarını biyolojik örneklere açmış oldu. Özellikle protein araştırmaları bu fırsattan alabildiğine yararlandı o kadar ki proteinlerin kalitatif, kantitatif, yapısal ve dağılımsal analizlerleri yapılabilir hale geldi. İki ya da daha fazla duruma ait ifadelenen tüm proteinlerin karşılaştırılması ayrımsal proteomik olarak tanımlanır ve yaygın olarak ya proteinleri jel üzerinde ayrıştırarak ya da kompleks karışımdaki peptitleri kolonda ayrıştırarak yapılır. Bu çalışmada, bu metotların her ikisi de bulaşıcı hastalık leyişmanyöze sebep olan bir parasite uygulanmıştır. Parazit, deri yerine iç organlarda çoğaldığında hastalığın neticesi daha da şiddetli hale gelir. Farklı klinik belirtilerin oluşması türlerdeki çeşitliliğe bağlanır ancak Leishmania infantum ve Leishmania tropica gibi bazı türler her ikisine de sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı, L.infantum türünde bu ikililiği protein düzeyinde araştırmaktı. İki farklı türden elde edilmelerine rağmen on farklı hastadan alınan deri leyişmanyöz numuneleri jel üzerinde oldukça benzer protein profilleri ortaya koydu ancak beş içorgansal leyişmanyöz hastalarına ait olan numuneler protein miktarları bakımından onlardan ayrıldılar. Bununla birlikte, jelsiz yaklaşımla deri leyişmanyözü ve iç organsal leyişmanyöz örnekleri arasında birçok ayrımsal protein belirlenmiştir. Bundan başka, yukarıda bahsi geçen dağılımsal analiz için kütle spektrometri görüntüleme olarak adlandırılan bir diğer kütle spektrometrik stratejiye son bölümde yer verilmiştir. Burada, dokuda parçalama yöntemine kolayca örnek hazırlamak için enzim uygulamasını matriks ile birleştiren bir metot geliştirilmiş ve başlangıç için umut verici sonuçlar elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The advent of soft ionization techniques has opened the doors of mass spectrometry to biological samples. In particular, protein research has benefited from this opportunity so that qualitative, quantitative, structural and distributional analyses of proteins have become achievable. The comparison of all expressed proteins of two or more states is defined as differential proteomics and is commonly performed either separating the proteins on a gel or separating the peptides in a column. In this study, both methods have been applied to a parasite which causes infectious disease, Leishmaniasis. When the parasite multiplies in the internal organs instead of the skin, the result of the disease becomes more severe. The occurrence of different clinical manifestations depends on species diversity, but some species, such as L.infantum and L.tropica can cause both. The purpose of this study is to investigate this duality in L.infantum. Although they were obtained from two different species, cutaneous leishmaniasis samples from ten different patients revealed very similar protein profiles on the gel, however the samples belonging to five visceral leishmaniasis samples were separated from them in terms of protein amounts. In addition, a variety of differential proteins have been identified between cutaneous leishmaniasis and visceral leishmaniasis samples by gel-free approach. Furthermore, another mass spectrometric strategy called mass spectrometry imaging for the above-mentioned distributional analysis is included in the final section. Here, a method which combines the enzyme with the matrix application for easy sample preparation to on-tissue digestion has been developed and promising results have been obtained.
Benzer Tezler
- Proteomic studies and its application to biological samples using mass spectrometry
Proteomik çalışmaları ve kütle spektrometresi kullanılarak biyolojik örneklere uygulanması
MELDA ZEYNEP GÜRAY
Doktora
İngilizce
2017
Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TALAT YALÇIN
DOÇ. DR. HÜSEYİN ÇAĞLAR KARAKAYA
- Çocuklarda sürmekte olan birinci büyük azı dişlerinin dişeti oluğu sıvısının proteomik analizi
Proteomic analysis of gingival crevicular fluid in the presence of permenant TOOTH eruption in children
SELİN YILDIRIM ALBAT
Doktora
Türkçe
2023
Diş HekimliğiMarmara ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP HATİCE AKYÜZ
- Matriks yardımlı lazer desorpsiyon/iyonlaşmalı kütle spektrometrisinde yapılacak proteolitik parçalanma temelli proteomik çalışmaları için, enzim immobilize edilmiş sol-jel yüzeylerin geliştirilmesi
Development of proteolytic enzyme immobilized sol-gel target surfaces for digestion based proteomic studies in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry
ÖZLEM DEMİREL
- Parkinson hastalığına sahip bireylerde serum kökenli olası biyomarkerların LC-MS/MS kullanılarak incelenmesi ve tanımlanması
The investigation and identification of possible serum biomarkers in patients with Parkinson's disease via LC-MS/MS analysis
ŞEYMA TÜRKSEVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL
YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
- Hepg2, CACO-2 ve HT-29 kanser hücrelerinde 2D jel elektroforez ve MALDI-TOF/TOF-MS ile ankaferd hemostat' ın in-vitro antineoplastik etkisinin proteomik açıdan araştırılması
Nenni, m. proteomic investigation of in-vitro antineoplastic effect of ankaferd hemostat with 2d gel electrophoresis and maldi-TOF/TOF-MS in HEPG2, CACO-2 and HT-29 cancer cells
MERVE NENNİ