Anoxybacillus gonensis PDF21 suşunun hücre duvarı litik enziminin optimum sıcaklık, pH ve ısıl kararlılığının iyileştirilmesi
The improvement of optimum temperature, pH and thermal stability of cell wall lytic enzymes from Anoxybacillus gonensis PDF21
- Tez No: 523043
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Anoxybacillus gonensis PDF21 bakterisinin hücre duvarı litik enzimi (AgCWL) ve aynı enzimin C-terminalinde prolince zengin bir dizi taşıyan rekombinant formu olan AgCWL-Pro, pET-28a(+) vektörüne klonlanarak ekspres edilmiş ve Co+2 afinite kromatografisi ile saflaştırılarak karşılaştırmalı olarak biyokimyasal karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. Baz dizi analizi sonucu 597 bç büyüklüğünde olduğu ve 192 amino asiti kodladığı görülen yaban tip proteine ait genin (AgCWL) nükletotit ve amino asit dizileri NCBI veri tabanına sırası ile KX840343 ve ASW27133 numaraları ile kaydedilmiştir. Biyokimyasal karakterizasyonları sonucu prolince zengin dizinin, AgCWL enziminin optimum sıcaklığını 45°C'den 50°C'ye, optimum pH sını 6,5' dan pH 7'ye yükseltirken, kararlılığı üzerinde önemli bir etkide bulunmadığı belirlenmiştir. Belirli iyonların aktiviteler üzerindeki etkileri incelendiğinde, KCl, LiCl2 ve MnCl2 AgCWL'nin aktivitesini arttırırken, sadece MnCl2 AgCWL-Pro'nun aktivitesini arttırmış, KCl ve LiCl2 ise, AgCWL-Pro'nun aktivitesini etkilememiştir. CaCl2, AgCWL'nin aktivitesini azaltırken, AgCWL-Pro'ninkini ise tamamen inhibe etmiştir. Bu sonuçlara göre prolin kuyruğu aynı zamanda metal iyonlarının enzim aktivitesi üzerine olan etkilerini de değiştirmiştir. Sonuç olarak, C-terminaline takılan prolince zengin kuyruğun, CWL enziminin optimum sıcaklık ve optimum pH özelliklerini iyileştirdiği gözlenmiştir. Ayrıca, bu çalışma ile literatürde ilk defa Anoxybacillus cinsinde hücre duvarı litik enzim ailesine ait bir enzim rekombinant olarak üretilerek, biyokimyasal karakterizasonu gerçekleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, a cell wall lytic enzyme (AgCWL) of Anoxybacillus gonensis PDF21 bacterium and it's recombinant form AgCWL-Pro carrying the proline-rich sequence at the C-terminus of the same gene was generated. Both were cloned into the pET-28a(+) vector and expressed, purfied by Co+2 affinity chromatography for comparative biochemical characterization. The base sequence analysis showed that the result is 597 bç in size and 192 amino acids. The wild-type gene (AgCWL) nucleotide and amino acid sequences were registered with the NCBI database sequence with the accession numbers KX840343 and ASW27133, respectively. Comparative biochemical characterization of the resulting proline-rich tail fusion did not show any significant effect on stability, while raising the optimum temperature of AgCWL enzyme from 45°C to 50°C, optimum pH from 6.5 to pH 7.0 The effects of certain ions on the activity were examined, KCl, LiCl2 and MnCl2 increased the activity of AgCWL-Pro, while MnCl2 increased the activity of AgCWL-Pro only, whereas KCl and LiCl2 did not affect the activity of AgCWL-Pro. While CaCl2 reduced the activity of AgCWL, it completely inhibited AgCWL-Pro. According to these results, proline tag also changed the effect of metal ions on enzyme activity. As a result, it has been observed that attaching the C-terminal proline tail can improve the optimum temperature and optimum pH properties of the enzymes. In this study, for the first time in literature, an enzyme belonging to the cell wall lytic enzyme family, Anoxybacillus, was recombinantly produced and biochemical characterization was carried out.
Benzer Tezler
- Anoxybacillus gonensis'ten ısılkararlı bir alfa-amilazın karakterizasyonu
Characterization of a thermostable alpha-amylase from Anoxybacillus gonensis
İBRAHİM OMAROV
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
KimyaKaradeniz Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SAADETTİN GÜNER
- Anoxybacillus gonensis D-glukoz (D-ksiloz) izomeraz geninin klonlanması, izolasyonu ve karakterizasyonu
Cloning, isolation and characterization of D-glucose (D-Xylose) isomerase gene from Anoxybacillus gonensis
HAKAN KARAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Anoxybacillus gonensis G2 bakterisinin alüminyuma dirençlilik geninin belirlenmesi, ekspresyonu ve karakterizasyonu
Cloning, expression and characterization of the aluminium resistance gene of Anoxybacillus gonensis G2
FATİH ŞABAN BERİŞ
Doktora
Türkçe
2006
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Anoxybacillus gonensis G2T ksiloz izomeraz geninin klonlanması, gen ürününün saflaştırılması ve karakterizasyonu
Cloning of anoxybacillus gonensis G2T xylose isomerase gene and purification and characterization of gene product
DERYA YANMIŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyoteknolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Anoxybacillus gonensis ksiloz izomeraz H99E mutantının saflaştırılması ve karakterizasyonu
Purification and characterization of Anoxybacillus gonensiz xylose isomerase H99E mutant
ESRA ERBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ