Molecular and computational investigation of intrafamilial transcriptional regulatory network of ETS family transcription factors
ETS ailesi transkripsiyon faktörlerinin aile-içi transkripsiyonel regülasyon ağının moleküler ve hesaplamalı incelemesi
- Tez No: 522090
- Danışmanlar: PROF. DR. IŞIL KURNAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
E yirmi altı veya E26 Transformasyon Spesifik (ETS) Ailesi çok çeşitli doku ve hücrelerle ilişki en geniş transkripsiyon faktörü ailelerinden birisidir. Aile metazoan hattına özgüdür ve yüksek evrimsel korunmuşluğu olan ETS bölgesi denen bir DNA bağlanma bölgesi ile karakterize edilir. ETS transkirpsiyon faktörü ailesinin 12 alt ailesi ve yaklaşık 30 üyesi vardır. ETS bölgesi ailesinin temel fonksiyonu transkipsiyonel aktivasyon ve inhibisyondur. Aile üyeleri doku spesifik değillerdir, bu yüzden bu ailenin üyeleri birçok doku ve hücre tipinde hücre çoğalması, gelişim, farklılaşma veya kanser gelişimi gibi çok çeşitli moleküler ve hücresel fonksiyoları düzenler. Bu tezde önceki mikro dizin çalışmaları baz alınıarak (Kandemir ve ark, 2017 ve Kandemir ve ark, yayınlamış sonuçlar) ETS ailesi üyelerinin aile içi regülasyon ağına odaklanılmıştır. Bu mikro dizin analizlerinde, Elk1-VP16 veya Pea3-VP16 aşırı anlatımı yapılan SH-SY5Y hücrelerinde, çeşitli ETS üyelerinin anlatımında artış veya azalış gözlenmiştir. Laboratuvarımızda yapılan daha önceki çalışmalarda da gösterilmiştir ki, Pea3-VP16, elk-1 promotorunu regüle etmektedir (Kandemir ve ark, yayınlanmamış sonuçlar). ETS ailesi üyelerinin bu oto-regülasyonunu incelemek için, yukarıda açıklanan mikrodizin analizini baz alan, Pea3 ve Elk1 üzerine odaklandığımız moleküler ve hesaplamalı bir metodoloji kurduk. Bizim temel araştrma sorumuz, ETS üyeleri diğer aile üyelerini transkripsiyonel seviyede nasıl regüle etmektedir ve bu regülasyon farklı biyolojik fonksiyonları nasıl etkilemektediri anlamak içindir. Hesaplamalı model simulasyonlarımız literatürü başarıyla yinelemektedir ve sistemin davranışını tahmin etmek için uygulanmıştır.
Özet (Çeviri)
E-twenty-six or E26 Transformation Specific (ETS) Family is one of the largest transcription factor families involved in many diverse tissues and cell types. The family is unique in metazoan lineage and are characterized by an evolutionary conserved DNA binding domain, called ETS domain. ETS transcription factor family has 12 sub-families and 30 members. Main function of the ETS domain family is transcriptional activation and inhibition. They are not tissue specific, so family members can be seen in many tissues/cell types, regulating diverse molecular and cellular functions including cell proliferation, development or differentiation. This thesis focused on intra-familial regulation network of ETS family members, based on previous microarray-based studies (Kandemir et al, 2017 and Kandemir et al, unpublished results). In these analyses, it was observed in SH-SY5Y cells overexpressing either Elk-1-VP16 or Pea3-VP16 that expression of various ETS family members were either up- or down-regulated. It was further shown in previous studies in our laboratory that Pea3-VP16 indeed regulated elk-1 promoter (Kandemir et al, unpublished results). To investigate whether such an auto-regulatory network of ETS family members exist, we have established a molecular and computational methodology, focusing on Pea3 and Elk1, based on the microarray analyses described above. Our main research question was to understand how different ETS members regulate the transcriptional level of other family members, and how this regulation affects their different biological functions. We have successfully recapitulated the computational model simulating results present in literature and have implemented it to provide predictions about the system's behavior.
Benzer Tezler
- Experimental and computational investigation of clustering behavior of cyclodextrin-perfluorocarbon inclusion complexes through molecular dynamics simulations
Siklodekstrin-perflorokarbon konuk-konak komplekslerinin kümelenme davranışının deneysel ve moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
BETÜL KAYMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyomühendislikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN YÜKSEL DURMAZ
- Computational investigation of interaction of several antiinflammatory and anti-hypertensive drug molecules with individual dna nucleobases and their base pairs by several DFT and QM/MM MD methods
Çeşitli iltihap önleyici ve anti-hipertansif ilaç moleküllerinin dna nükleobazları ve bu nükleobazların baz çiftleri ile olan etkileşimlerinin çeşitli DFT ve QM/MM MD yöntemleri ile incelenmesi
IŞILAY ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2022
KimyaEge ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARMAĞAN KINAL
PROF. DR. TOOMAS TAMM
- Hesaplamalı kimya yöntemleri ile bazı platin(II) oksim komplekslerinin moleküler yapısının ve moleküler özelliklerinin araştırılması
The investigation of structural and molecular properties of some platin(II) oxime complexes with computational chemistry methods
KORAY SAYIN
- Çelidamik asit koordinasyon bileşiklerinin deneysel ve hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi, DNA ile etkileşimlerinin moleküler modellemesi
Investigation of coordination compounds of chelidamic acid via experimental and computational methods, molecular modelling of their interactions with DNA
HATİCE VURAL
Doktora
Türkçe
2014
Fizik ve Fizik MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM UÇAR
- Bazı organik ve metalli Schiff baz bileşiklerinin deneysel ve hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi
Investigation of some organic and metal Schiff base compounds by experimental and computational methods
ŞENOL TOPRAK
Doktora
Türkçe
2019
Fizik ve Fizik MühendisliğiAmasya ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN TANAK