Geri Dön

Kalori kısıtlaması ile beslenen fare meme tümörü virüsü -transforme edici büyüme faktörü-alfa farelerin timus dokusundan rna sekanslama analizi

Rna-seq analysis of thymus tissues calorie restricted MMTV-TGF- α mice

PDF İndir

  1. Tez No: 519246
  2. Yazar: ZEHRA ÖMEROĞLU ULU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Kalori kısıtlaması, yetersiz beslenmeye yol açmadan gerekli besin maddelerinin azaltılmasıdır. Kalori kısıtlaması uygulamalarının kanser oluşumunda, immün cevapta, yaşlanma ve ömrün uzaması üzerinde etkileri gösterilmiştir. Besin kısıtlamasına hızlı cevap veren bir lenfoid organ olan timus ise immün sistemin gelişiminde önemli rol oynamaktadır. Bu çalışmada kullanılan RNA-seq uygulaması, yeni nesil sekanlama ile transkriptom profili oluşturma için kullanılan yeni geliştirilmiş bir yaklaşımdır. Çalışmada, ad libitum (AL), kronik kalori kısıtlaması (KKK) ve aralıklı kalori kısıtlaması (AKK) şeklinde beslenen MMTV-TGF-α farelerin timusundan RNA-seq temelli transkriptom sekanslaması yapılmıştır. Illumina HiSeq 4000 teknolojisi kullanılarak çift uçlu okuma yapılmış, 100 bazlık yaklaşık 105 milyon temiz okuma elde edilmiştir. Okumalar Ensembl veritabanında kullanıma açık GRCm38 fare referans genomu kullanılarak TopHat2 programı ile haritalanmıştır. Cufflinks programı ile üç RNA-seq verisinde total olarak 6091 anlamlı diferansiyel eksprese olmuş gen (p-değeri<0.05) tanımlanmıştır. Anlamlı diferansiyel eksprese olmuş genler, Gene Ontoloji (GO) veritabanında moleküler fonksiyon, biyolojik süreç ve hücresel içerik GO ana kategorilerine göre kategorize edilmiştir. AL ile KKK, AL ile AKK ve KKK ile AKK arasında anlamlı diferansiyel eksprese olmuş genlerden, GO kategorilerinden İmmun Sistem Proses (GO:0002376) kategorisinde bulunan immün sistemle ilgili genler belirlenmiştir. Bununla beraber, çalışmada elde edilen RNA-seq datalarında yaşlanma, oksidatif stres, sirtuin proteinleri, bazı hormonlar ve bazı metabolik yolakların genleri belirlenmiş ve üç data kendi arasında karşılaştırılmıştır. String veritabanı kullanılarak gen ağ ve KEGG yolak analizleri yapılmıştır. Kalori kıstlaması çalışmaları ve immün sistemde önemli olan leptin (Lep), ghrelin (Ghr), insülin benzeri büyüme faktörü (Igf1), adinopektin (Adipoq), CD4, Thy-1, Il-16 ve Casp3 genleri kantitatif gerçek zamanlı PCR (qPCR) ile değişen expresyon seviyeleri validiye edilmiştir. Oluşturulan RNA-seq verileri NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanına GSE95371 erişim numarası altında yüklenmiştir. Bu çalışmadan elde edilen transkriptom analiz sonuçları ile beslenmenin özellikle immün sistem olmak üzere, yaşlanma, kanser ve oksidatif stres gibi gibi birçok sistem genlerinin ekspresyonunda etkili olduğu görülmüştür ve elde edilen verilerin kalori kısıtlaması çalışmalarına önemli katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Calorie restriction (CR), a reduction in essential nutrients without inducing malnutrition, which is an effective in cancer development, immune response and expanding lifespan. Thymus, is a lympohoid organ, which plays an important role in development of the immune system and reacts to nutritional deficiency quickly. RNA-seq is recently develop approach to transcriptome profiling using next generation sequencing. RNA-seq based transcriptome sequencing was performed to thymus tissues of MMTV-TGF- α mice in ad libitum (AL), chronic calorie restriction (CCR) and intermittent calorie restriction (ICR) fed in this study. Three RNA-seq data were obtained using Illumina HiSeq 4000 to produce approximately 105 million clean readings of 100 base pair-end. These clean reads were mapped to GRCm38 mouse reference genome by TopHat2. In total 6091 significant differential expressed genes (DEGs) were identified with Cufflinks (p<0.05). These DEGs were clustered into three main gene ontology (GO) categories; moleculer function, biological process and cellular component. The expression of the significant immun system related genes in immun system process (GO:0002376) GO category were identified in AL-CCR, AL-ICR CCR-ICR differential experession genes (DEGs). However, the expression of aging, oxidative stress, sirtuin proteins, some hormones and some metabolic pathways related genes in our three RNA-seq data have been identified and compared. Gene network and KEGG pathway analysis were done using String database. The expression pattern revealed by RNA-seq was validated by quantitative real-time PCR (qPCR) analysis of four important genes for calorie restriction, leptin (Lep), ghrelin (Ghr), insulin like growth factor (Igf1), adinopectin (Adipoq), CD4, Thy-1, Il-16 and Casp3. RNA-seq data has been deposited in NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) database (GSE95371). The results have been shown that feeding is very effective for gene expression. The results of this study will provide an important source for nutrition, calorie restriction, immune system, aging, cancer and oxidative stress researches.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    510062

    Effects of different types of calorie restriction on methylation levels of Adipor1 and Leprot genes in breast cancer mouse model

    Meme kanseri fare modelinde farklı şekilde uygulanan kalori kısıtlamasının Adipor1 ve Leprot genlerinin metilasyon seviyeleri üzerindeki etkisi

    BÜŞRA KAZAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    GenetikYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SONER DOĞAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BİLGE GÜVENÇ TUNA

  2. Tez No

    635732

    Kalori kısıtlı diyetle beslenen farelerin timus dokusunda yaşlanma ile ilişkili genlerin ifadelerinin araştırılması

    Investigation of expression of genes associated with aging in thymus tissue of mice fed with calorie restricted diet

    EBRU KILIÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Moleküler TıpYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK

  3. Tez No

    471600

    Diyet restriksiyonu ile ön koşullandırma tekniğinin fare beyin felci modelindeki nöroprotektif etkisinin araştırılması

    The neuroprotective effects of diet restriction preconditioning on cerebral ischemia model on mice

    SERDAR ALTUNAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Fizyolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Tıbbi Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERTUĞRUL KILIÇ

  4. Tez No

    390769

    Obez ratlarda egzersiz ile birlikte, kalori kısıtlaması veya L-karnitin'in adipoz doku üzerine ve davranış fonksiyonlarına etkisi

    Calorie restriction with exercise in obese rats or L-karnitine effect on adipose tissue and behavior functions

    NURİYE BETÜL ERTEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    FizyolojiErciyes Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASUMAN GÖLGELİ

  5. Tez No

    433361

    Farklı öğün sıklığının sıçanlarda metabolizma ve antioksidan sistem ile nörodavranış üzerine etkileri

    Effects of different meal frequency on metabolism, antioxidant system and neuro-behaviour in rats

    HASAN BASRİ SAVAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyokimyaSüleyman Demirel Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH GÜLTEKİN

  6. Tez No

    768875

    Exploring microRNA interaction networks to explain the relationship between caloric restriction and breast cancer in mice

    Farelerde kalorik kısıtlama ile meme kanseri arasındaki ilişkiyi açıklamak için mikroRNA etkileşim ağlarının araştırılması

    ATAKAN AYDEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SONER DOĞAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ANDRES OCTAVIO ARAVENA DUARTE

Geri Dön