Polikistik böbrek hastalarında pkd1 ve pkd2 geni patojen dizi varyantlarının miRNA'larla ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship between pkd1 and pkd2 gene pathogenic sequence variants and miRNA's in polycystic kidney disease
- Tez No: 514394
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇETİN SAATÇİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Dizi analizi-RNA, Gen ifadesi profili, Genler, Mikro RNA, Polikistik böbrek hastalıkları, Sistin, Sequence analysis-RNA, Gene expression profiling, Genes, Micro RNA, Polycystic kidney diseases, Cystine
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Otozomal dominant polikistik böbrek hastalığı (ODPBH) en sık görülen polikistik böbrek hastalığıdır. Klasik olarak ODPBH, hastalığa neden olan gene ve klinik bulgulardaki bazı farklara göre 2 tipe ayrılmıştır; tip 1 PKD1 genindeki değişim nedeni ile olup vakaların %85'ini ve tip 2 PKD2 genindeki değişim nedeni ile olup vakaların %15'ini oluşturmaktadır. Bu çalışmanın amacı, ODPBH tanılı hastalarda hastalıkla ilişkisi bilinen PKD1 ve PKD2 genlerinin yeni nesil dizileme sonuçlarının incelenmesi, patojen varyant saptanan hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasındaki serumda dolaşan mikroRNA'larda ekspresyon farkının olup olmadığının, patojen varyant saptanan hasta grubu ile sağlıklı kontrol grubu arasındaki PKD1, PKD2, THRA, WNT9B, NTN1, ITPRIP, ERBB4 genlerinin ekspresyon farkının olup olmadığının ve istatistiksel anlamlı fark bulunan genlerin hastalığın klinik tablosundaki farklılıkları açıklayabilecek yolakların, patojen varyant saptanan hasta grubu ile kontrol grubu arasında serum polisistin-1 ve polisistin-2 protein düzeyleri arasında farkın olup olmadığının araştırılmasıdır. PKD1 ve PKD2 genleri periferik kandan izole edilen DNA'dan yeni nesil dizileme yöntemiyle tarandı. Seçilmiş genlerin tam kandan, miRNA'ların ise serumdan izole edilen total RNA'larından real-time PCR yöntemiyle ekspresyonlarına bakılmıştır. Proteinlerin serumdaki konsantrasyonları ELİSA yöntemi ile tespit edilmiştir. Çalışmamızda PKD1 geni nonsens/frameshift patojenik varyant taşıyan hastalarda miR-150-5p, miR-1260a, miR-126-5p, miR-92a-3p, miR-3907 miRNA'larının ve THRA, NTN1, WNT9B genlerinin istatistiksel anlamlı ekspresyon artışı saptanmıştır. Aynı grup hastalarda polisistin-1'in serumda konsantrasyonunun istatistiksel anlamlı olarak azaldığı, ancak PKD2 geni nonsens/frameshift patojenik varyant taşıyan hastalarda polisistin-2 konsantrasyonunun arttığı gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is the most common polycystic kidney disease. Classically, ADPKD is divided into 2 types according to the differences in the disease-causing gene and clinical findings; type 1 is caused by the alterations in the PKD1 gene, accounting for 85% and type 2 caused by alterations in PKD2 gene, accounting for 15% of cases. The aim of this study was to investigate the NGS results of PKD1 and PKD2, which are known to be related to the disease in patients with ADPKD, to determine whether there is a difference in expression in miRNA's circulating in the serum between the pathogenic variant detected patient and healthy control group. Serum PC1 and PC2 protein levels between the pathogen variant detected patient group and the control group also were investigated. And the expression levels of PKD1, PKD2, THRA, WNT9B, NTN1, ITPRIP and ERBB4 which thought to be role players in the disease-related pathways compared between the groups. PKD1 and PKD2 genes were screened by DNA sequencing from peripheral blood samples. RNAs of selected genes were extracted from whole blood and miRNAs were extracted from serum and analysed by real-time PCR. The concentration of proteins in serum was determined by ELISA method. In our study, statistically significant expression increases of miR-150-5p, miR-1260a, miR-126-5p, miR-92a-3p, miR-3907 and THRA, NTN1, WNT9B genes were detected in patients carrying the PKD1 nonsense/ frameshift pathogenic variant. In the same group of patients, the concentration of PC1 in the serum was statistically significantly reduced, but PC2 in patients with the nonsense/ frameshift pathogenic variant of PKD2 was observed to be increased.
Benzer Tezler
- Çocuklarda kistik böbrek hastalıklarının demografik,klinik ve laboratuvar özelliklerinin tanımlanması ve hastalığın progresyonuna neden olan faktörlerin araştırılması
Defining demographic, clinical and laboratory characteristics of cystic kidneydiseases in children and investigation of factors causing progression
ABDURRAHMAN KARAHAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıKaradeniz Teknik ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF BAHAT ÖZDOĞAN
- Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi takipli otozomal dominant polikistik böbrek hastalarının genetik mutasyon dağılımının incelenmesi ve hastalık progresyonu arasındaki ilişkinin retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of the relationship between autosomal dominant polycystic kidney patients followed up at Düzce University Medicine Faculty Hospital and genetic mutation distribution and disease progression
GİZEM ÇETİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
NefrolojiDüzce Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KÜRŞAD ÖNEÇ
- Polikistik böbrek hastalığının moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of polycystic kidney disease by molecular methods
ÖZGE SARICA YILMAZ
Doktora
Türkçe
2024
NefrolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAY ALTINTAŞ
- Otozomal dominant polikistik böbrek hastalarında T hücre ve yüzey reseptörlerinin hipertansiyon ve renal progresyonla ilişkisi
The relationship of t cell and surface receptors with hypertension and renal progression in patients with autosomal dominant polycystic kidney
ALİ ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
NefrolojiErciyes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL KOÇYİĞİT
- Otozomal dominant polikistik böbrek hastalarında böbrek hacmi ile sistemik immün inflamatuvar indeks arasındaki ilişki
The relationship between kidney volume and systemic immune inflammatory index in patients with autosomal dominant polycystic kidney disease
ZEYNEB NEHAR TOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
İç Hastalıklarıİstanbul Medeniyet Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SABAHAT ALIŞIR ECDER
DOÇ. DR. TAHSİN KARAASLAN