İnvaziv duktal karsinom tanısı almış meme dokusu örneklerine ait n-bağlı glikozilasyon yapılarının glikomiks yaklaşımı ile analizi ve biyobelirteç potansiyellerinin araştırılması
Analysis of n-linked glycosylation patterns from invasive ductal carcinoma recognized breast tissue specimens by glycomics approach and investigation of their biomarker potentials
- Tez No: 503750
- Danışmanlar: PROF. DR. YÜCEL KADIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Kimya, Pharmacy and Pharmacology, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Biyobelirteçler, Biyobelirteçler-tümör, Glikomikler, Karsinoma, Kromatografi-yüksek basınçlı-sıvı, Meme neoplazmları, Neoplazm metastazları, Neoplazmlar, Biomarkers, Biomarkers-tumor, Glycomics, Carcinoma, Chromatography-high pressure-liquid, Breast neoplasms, Neoplasm metastasis, Neoplasms
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: İnvaziv duktal karsinom tüm dünyada en çok görülen ve en yüksek yayılma hızına sahip olan meme kanseri türüdür. İDK'nın erken dönemlerinde teşhisi ile zararlı etkilerinin azaltılması ve iyileştirilebilmesi için belli bir kanseri diğer hastalıklardan ayırt edebilen biyolojik belirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada İDK tanısı almış hastalara ait doku örnekleri ve kontrollerdeki proteinlerin MALDI-TOF-MS ve HPLC-FD yöntemleri ile N-glikozilasyon profillerinin ve bunların biyobelirteç potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Materyal ve Metot: Formalinle sabitlenmiş parafine gömülü doku örnekleri ksilen ile deparafinize edildi. Etanol ile rehidrasyona maruz bırakılan örnekler DDT içeren tampon çözelti ile denature edildi. Numuneler PNGase-F enzimi ile N-glikan yapılarının peptidlerden koparılarak serbest hale geçmesi sağlandı. Etiketleme, saflaştırma ve zenginleştirme işlemlerinin ardından etiketli N-glikanlar MALDI-TOF-MS cihazı ile negatif, lineer modda analiz edildiler. Aynı numuneler HPLC-FD sisteminde 330 – 420 nm dalga boylarında gradient elüsyonla analiz edildiler. Sonuçlar istatistiksel çözümlemelerle yorumlandı. Bulgular: MALDI-TOF-MS analizleri sonucu kanserli ve kontrol grupları arasında farklılık gösteren yapıları ortaya koymak amacıyla yapılan t-testi analizlerinde 16 N-glikan ve 5 N-glikan grubunda p<0,001 seviyesinde anlamlı farklılık gözlemlenmiştir. Bunlar arasından 5 N-glikan yapısının (H4N4F1, H5N5F1, H6N5F1S2, H9N2 ve H5N5F1S1) kanserli-kontrol örneklerini tam olarak birbirinden ayırabilecek güçte bir farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. HPLC-FD analizleri ile 24 adet N-glikan yapısı tespit edilmiştir. Ayrıca ROC analizi sonuçları tek antenli N-glikanların, numuneler üzerinde yüksek bir tanı yeteneği gösterdiğini ortaya koymuştur. Sonuç: 6 N-glikan yapısının bir arada değerlendirildiği modelin ve tek antenli N-glikan grubu değerinin biyobelirteç potansiyeline sahip olduğu önerilmektedir. Ayrıca çalışma sonuçlarının meme kanserli örneklerde bundan sonra yapılacak glikomiks araştırmaları için bir kilometre taşı niteliğinde olduğu kanatindeyiz.
Özet (Çeviri)
Aim: Invasive ductal carcinoma is the most common breast cancer type and has the highest invasion rate of them in the world. There is a need for biomarkers that can distinguish a particular cancer from other diseases and improve the diagnosis of IDC in the early stages in order to reduce the harmful effects. In this study, MALDI-TOF-MS and HPLC-FD analysis were performed to determine the N-glycosylation profiles and their biomarker potentials of proteins in diseased tissue specimens and controls in IDC. Material and Method: Formalin fixed and paraffin embedded tissue specimens were deparaffinized by xylene. The samples were subjected with ethanol to rehydration, then denatured with a denaturation buffer containing DTT. The samples were incubated with PNGase-F to allow N-glycan structures to be released from the peptides. After labelling, purification and enrichment procedures, N-glycans were analyzed with a MALDI-TOF-MS instrument in linear negative ionization mode. The same samples were analyzed by gradient elution at 330-420 nm wavelengths in the HPLC-FD system. The results were interpreted via statistical analysis. Results: Statistical analysis performed to reveal the structure which differs between cancer and control samples according to the results of MALDI-TOF-MS analyzes, a significant difference was observed at the level of p <0.001 in 10 N-glycan strctures and 5 N-glycan groups. It was observed that three of the N-glycan structures (H5N5F1, H5N5F1S2, H4N4F1, H5N5S2, H6N5F1S2, H9N2) were formed a model that successfully separated the cancer-control cases. Also 24 N-glycan structures were detected by HPLC-FD analysis. Moreover, ROC analysis results have showed that the single-antennary N-glycans provide a high diagnostic ability on the samples. Conclusion: It is suggested that the model in which the 5 N-glycan species are evaluated together and single-antennary N-glycans group values have biomarker potency. We are also witnessing that the results of the study are a milestone for future glycomics studies in breast cancer samples.
Benzer Tezler
- İnvaziv meme karsinomlarında FUT4 ve CXCR4 proteinlerinin prognostik parametrelerle ilişkisi
The relationship of FUT4 and CXCR4 proteins with prognostic parameters in invasive breast carcinomas
TUĞÇE ERTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
PatolojiHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN DOĞAN
- Nöroendokrin özellikler gösteren primer invaziv meme karsinomlarında, nöroendokrin diferansiasyon yaygınlığının mikroRNA 21 ve mikroRNA let7f ekspresyonu yanı sıra klinikopatolojik parametreler ile ilişkisi
The association of extent of neuroendocrine differentiation with microRNA 21 and microRNA let7f expression and the clinicopathological parameters in primary invasive breast carcinomas with neuroendocrine features
GAMZE USUL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
PatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA CANAN KELTEN TALU
- Meme neoplazilerinde rastlanan kolumnar hücre değişiklikleri ve P53, CyclinD1, Bcl2, Ki67 ve östrojen reseptör immunohistokimyasal çalışmalarda malignite açısından öneminin belirlenmesi
Establishing the importance of malignancy of columnar cell changes seen neoplasms and of P53, cyclind1, Bcl2, Ki67, estrogen in immunohistochemical studies
AYŞEGÜL İSAL ARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
PatolojiTrakya ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER YALÇIN
- Erken evre postmenapozal meme kanserinde kalsiyum- D vitamini ve bifosfanat kullanımının sağkalım üzerine etkisi
Does vitamin D extend the survival period of patients with postmenopausal breast cancer who use hormone receptor positive aromatase enzyme inhibitor?
BEYZA GÖKALP
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
OnkolojiErciyes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEVLÜDE İNANÇ
- İnvaziv duktal karsinom tanısı almış meme kanserli hastalarda, Ki-67 ile diğer prognostik faktörler arasındaki ilişki
Başlık çevirisi yok
VELİDDİN CANFEZA SEZGİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Kadın Hastalıkları ve DoğumEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELAHATTİN SANAL