Geri Dön

Karbapeneme dirençli enterobacteriaceae dışkı kolonizasyonunun belirlenmesinde klasik yöntemler, kromojen agar ve carba np testinin karşılaştırılması ve kolonizasyon ve kolonize hastalarda infeksiyon gelişmesinde etkili risk faktörlerinin değerlendirilmesi

Comparison of classical methods, chromogenic media and carba np test for the detection of rectal carbapenem-resistant enterobacteriaceae colonization and evaluation of the risk factors leading to infection in colonized patients

PDF İndir

  1. Tez No: 496781
  2. Yazar: CUMHUR ÖZMEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SERAP YAVUZ
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Giriş ve Amaç: Bu çalışmanın amacı, hastanede yatan hastalarda dışkıda karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) kolonizasyonunun belirlenmesinde klasik yöntemlerle kromojenik agar kullanılan yöntemlerin karşılaştırılmasının yapılması ve kolonizasyon gelişmesine ve kolonize olan hastalarda infeksiyon gelişmesine etki eden risk faktörlerinin belirlenmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışma, prospektif kohort olarak planlanmış ve 01.01.2017 ile 31.08.2017 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi ve Travma Acil Yoğun Bakım Ünitesi'nde yatırılan, 18 yaş üzerindeki 100 ardışık hasta çalışmaya dahil edildi. . Dışkıda KDE kolonizasyonu araştırılacak tüm hastalar önceden hazırlanmış formlara kaydedildi. Hastalardan ilki başvuru anında olmak üzere her hafta rektal sürüntü örnekleri alınarak, bu örnekler CDC tarafından tanımlanmış klasik yöntem, ChromID CARBA agarı ve direkt MacConkey agarına ekim yöntemleriyle çalışılarak KDE araştırıldı Bakterilerin tanımlanmasında klasik yöntemlere ek olarak API 20E idantifikasyon kiti kullanıldı. Bakterilerin antimikrobiyal duyarlılıkları, disk difüzyon yöntemiyle yapılmış ve EUCAST sınır değerlerine göre değerlendirildi. Örneklerden izole edilmiş KDE suşlarında karbapenemaz varlığını göstermek amacıyla modifiye Hodge ve CARBA NP testleri de yapıldı; ayrıca imipenem, meropenem, ertapenem ve kolistin için Etest yöntemiyle MIC değerleri de saptandı. Test sonuçları değerlendirilerek, kullanılan bu 3 yöntemin, ilk 24 saatte ve testin tamamlanmasından sonra, rektal KDE taşıyıcılığını saptamadaki duyarlılık ve özgüllükleri belirlendi. Dışkısında KDE taşıyıcılığı saptanan ve saptanmayan hastalar, kolonizasyon gelişmesine etki eden risk faktörleri açısından, tek değişkenli ve çok değişkenli analizlerle karşılaştırıldı. Dışkısında KDE kolonizasyonu belirlenen hastalar için önceden hazırlanmış 2. bir form daha doldurularak, KDE infeksiyonu gelişip gelişmediği prospektif olarak izlenmiş; infeksiyon gelişenlerle gelişmeyenler, infeksiyon gelişmesine etkili risk faktörlerini tanımlamak üzere karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 100 hastanın 46'sında (%46) en az bir yöntemle rektal KDE taşıyıcılığı saptandı. Hastaların 4'ü başvuru sırasında KDE pozitifken, 42'sinde yattıktan sonra kolonizasyon gelişti. Rektal KDE taşıyıcılığının belirlenmesinde kullanılan klasik CDC, direkt MacConkey ve ChromID CARBA yöntemlerinin ilk 24. saatteki duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %78-%42, %87-%80, %91-%98 olarak bulundu. Yöntemlerin 72. saatteki duyarlılık ve özgüllükleri ise sırasıyla %78-%100, %87-%100 ve %91-%100 olarak belirlendi. Rektal KDE suşlarının yaklaşık %20'sinde, aztreonam duyarlılığı veya EDTA inhibisyonu nedeniyle metallo-β-laktamaz olabileceği düşünülmüştür. 11 Rektal sürüntü örneklerinden izole edilmiş ve KDE olduğu doğrulanmış suşların %77'sinde modifiye Hodge testi, %74'ünde ise CARBA NP testleri pozitif bulundu. Tek değişkenli analizlerde hastaların başvurudaki Charlson komorbidite indeksinin ve kreatinin seviyesinin yüksek olması, son 6 ay içinde geniş spektrumlu antibiyoterapi almış olması, YBÜ'ye ameliyat dışı bir nedenle yatmış olması, YBÜ yatışı sırasında meropenem kullanması, karbapenem veya piperasilin/tazobaktam veya kinolon kullanması, vetilatör desteği alması ve toplam hastane yatış süresi, KDE taşıyıcılığı açısından risk faktörü olarak saptandı (p<0.05). YBÜ'ye yattığı gün ampisilin-sulbaktam almakta olan hastalar anlamlı olarak daha az sıklıkla KDE taşıyıcısı olmuştu (p<0.05). Hastanın YBÜ'deki toplam yatış süresi (OR 1.1, %95 CI 1.05-1.16) ve yattığı gün piperasilin-tazobaktam veya meropenem veya kinolon kullanıyor olması (OR 3.13, %95 CI 1.06-9.21), rektal KDE taşıyıcılığına etki eden bağımsız risk faktörleri olarak tanımlandı. Rektal KDE kolonizasyonu gelişen hastalarda, KDE'ye bağlı infeksiyon gelişme riski, kolonizasyon olmayanlara göre yaklaşık 6 kat daha yüksekti (%26'ya karşılık, %4). Aynı şekilde KDE kolonizasyonu gelişenlerde mortalite oranları da yaklaşık 3 kat daha yüksekti (%35'e karşılık, %13). Sonuç: YBÜ'de yatan hastaların yaklaşık yarısında yattıktan itibaren 10 gün içerisinde rektal KDE kolonizasyonu geliştiği, kolonize olan hastaların dörtte birinde KDE infeksiyonu ortaya çıktığı ve kolonize hastalarda mortalite oranlarının belirgin olarak daha yüksek olduğu görüldü. Rektal KDE taşıyıcılığı gelişmesinin, başta meropenem olmak üzere piperasilintazobaktam ve kinolonlar gibi Gram-negatif etkinliği güçlü antibiyotiklerin kullanılmasıyla ve hastaların YBÜ'de yatış süresiyle direkt bağlantılı olduğu saptandı. Bu nedenle bu antibiyotiklerin kullanımından mümkün oldukça kaçınarak ve hastaları olabilecek en kısa sürede YBÜ'den çıkararak bu kolonizasyonların engellenebileceği düşünüldü. Rektal KDE taşıyıcılığının belirlenmesinde ChromID CARBA yönteminin performansı, klasik CDC ve direkt MacConkey yönteminden daha iyi olmakla birlikte, özellikle kaynak sorunu olan yerlerde direkt MacConkey yönteminin de kullanılabileceği görüldü. Suşlardaki karbapenemaz varlığını göstermek bakımından, CARBA NP testinin, MHT'ye üstünlüğü olmadığı görüldü. KDE olarak tanımlanmış bakterilerin yaklaşık %20'sinde, aztreonam duyarlılığı veya EDTA inhibisyonu yöntemiyle metallo-β-laktamazların olabileceği tahmin edildi. Ülkemizde metallo-β-laktamazların gittikçe artan oranlarda bildirilmesi nedeniyle, moleküler yöntemlere ulaşmanın her zaman mümkün olmadığı merkezlerde, KDE'lerde aztreonam duyarlılığı ve EDTA inhibisyon yönteminin birlikte kullanımıyla bu tür karbapenemazların varlığının tahmin edilebileceği ve gereğinde moleküler yöntemlerin kullanılabileceği düşünüldü.

Özet (Çeviri)

Objectives: In this study, we aimed to compare the classical methods and the methods utilizing chromogenic media for the detection of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) among hospitalized patients and to determine the risk factors causing infection in colonized patients. Material and Methods: A prospective cohort study was done, including the patients hospitalized in İstanbul University İstanbul Medical Faculty's Reanimation and Emergency Intensive Care Units in between 01.01.2017 and 31.08.2017. A total of 100 patients above age 18 were included in the study. The data of all patients included in the study were recorded in previously prepared forms. Beginning from the first day of ICU admission, rectal swabs were collected from each patient once every week and these samples were tested for the presence of CRE by using the classical method defined by CDC, ChromID CARBA chromogenic medium and direct inoculation into MacConkey agar plates. Beside the classical methods, API 20E identification kit was also used for the identification of bacteria. Antimicrobial susceptibilities were evaluated with the disk diffusion method in according to the zone diameters described by EUCAST. Also, modified Hodge test (MHT) and CARBA NP test were applied on the isolates cultured from the samples to evaluate the presence of carbapenemases. MIC values for imipenem, ertapenem, meopenem and colistin were determined by using the Etest. Sensitivity and specificity values of these 3 tests for the detection of rectal CRE carriage in the first 24 hours and after completion were determined by evaluating the test results. Detected rectal CRE carriers and non-carriers were compared in univariate and multivariate analyses in terms of risk factors causing colonization. A second form was prepared for rectal CRE carriers and these patients were followed prospectively. In this group, infected and non-infected carriers were compared to determine the risk factors causing infection. Findings: 46 (%46) of the 100 patients studied were detected as carriers by using at least one method. 4 patients were already CRE-positive on admission, 42 patients developed CRE carriage during ICU follow-up. Sensitivity and specificity values of the classic CDC method, direct MacConkey inoculation and ChromID CARBA medium in the first 24 hours were found as %78-%42, %87-%80, %91-%98 respectively. Sensitivity and specificity values of these methods after 72 hours were determined as %78-%100, %87-%100 and %91-%100 respectively. Approximately 20% of rectal CRE isolates were sensitive to azteronam or inhibited by EDTA. We thought these isolates were possible metallo-β-lactamase producers. 13 Among the confirmed CRE isolates cultured form rectal swabs, 77% and 74% of them showed positive results in modified Hodge test and CARBA NP test, respectively. In univariate analyses, established risk factors for CRE carriage were high Charlson comorbidity scores and serum creatinine levels on admission, history of broad spectrum antibiotics in the previous 6 months, admission to ICU for reasons other than surgery, meropenem monotherapy or multiple antibiotherapies including a carbapenem, piperacillin/tazobactam or a quinolone in the ICU, tracheal intubation and total duration of ICU stay (p<0.05). Patients who were started ampicillin/sulbactam therapy on the first day of ICU admission developed CRE carriage significantly less frequently (p<0.05). Total duration of stay in the ICU (OR 1.1, %95 CI 1.05-1.16) and piperacillin-tazobactam, meropenem or quinolone treatment on the first day of ICU admission (OR 3.13, %95 CI 1.06-9.21) were independent risk factors for CRE carriage. The risk of CRE infection was approximately 6 times higher in CRE carriers than in non-carriers (26% vs. 4%). Similarly, risk of mortality was higher in carriers (35% vs. 13%) Conclusion: We observed that approximately half of the patients admitted to ICU developed CRE colonization in 10 days, a quarter of these colonized patients were infected and mortality rates in colonized patients were markedly high. The development of rectal CRE carriage was found to be directly linked to the total duration of ICU stay and the usage of antibiotics with marked anti-Gram-negative spectrum, such as meropenem, piperacillintazobactam and quinolones. Thus, we thought that colonization can be prevented by avoiding the use of such antibiotics and discharging patients from ICUs as soon as possible. We also observed that, although ChromID CARBA method performed better than both classical CDC and direct MacConkey inoculation methods, direct MacConkey inoculation can still be employed, especially in areas with limited resources. In terms of carbapenemase detection in the isolates, CARBA NP test wasn't superior to MHT. 20% of confirmed CRE isolates were estimated to produce metallo-β-lactamases because of aztreonam susceptibility or inhibition by EDTA. We concluded that by utilizing aztreonam suceptibility and EDTA inhibition in the same time, we could estimate the presence of this type of carbapenemases and apply further molecular methods for confirmation when required.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    565977

    Yoğun bakım ünitelerinde izlenen hastaların rektal sürüntü örneklerinde karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae kolonizasyonunun araştırılması

    Investigation of carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae colonization in rectal swab samples of patients followed in intensive care units

    SELVİ YENER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiDüzce Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMEL ÇALIŞKAN

  2. Tez No

    464140

    Febril nötropeni gelişmesi beklenen hematolojik maligniteli hastalarda dışkıda ve burunda dirençli patojen taşıyıcılığının araştırılması ve bu taşıyıcılığın febril nötropeni prognozlarına etkisinin değerlendirilmesi

    To research fecal and nasal colonization with resistant pathogens in haematological malignant patients with febrile neutropenia and to investigate the effect of colonization to prognosis of febrile neutropenic patients

    BURAK KÖMÜRCÜ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiMarmara Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ELİF TİGEN

  3. Tez No

    658559

    Helicobacter pylori tedavisi için kombine tedavi alan (Lansoprozol 30 mg 2x1 tablet, Amoksisilin 1000 mg 2x1 tablet ve Klaritromisin 500 mg 2x1 tablet) naiv hastaların gaita örneklerinde vankomisin dirençli enterokok ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz ve/veya karbapenemaz üreten enterobactericeae üyesi bakterilerin aranması

    The search for vancomycin resistant Enterococcus and enlarged spectrum beta lactamase and/or carbapenemase-producing Enterobactericeae member bacteria in Gaita samples of Naiv patients receiving combined treatment for Helicobacter pylori (Lansoprozol 30 MG 2x1 Tablet, amoxicillin 1000 MG 2x1 Tablet and Claritromycin 500 MG 2x1 Tablet)

    HALİME ARAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. ADALET AYPAK

  4. Tez No

    435455

    Yoğun bakım hastalarında rektal sürüntü örneklerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae escherichia coli suşlarının araştırılması

    İnvestigation of carbapenem resistant klebsiella pneumoniae and esherichia coli strains i̇solated from rectal swap samples of i̇ntensive care unit patients

    ÖZGÜR EZİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiDicle Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEZAHAT AKPOLAT

  5. Tez No

    426508

    Klinik örneklerden ızole edilen gram-negatif basillerde metallo-β-laktamaz'ların fenotipik-genotipik olarak araştırılması ve suşların filogenetik analizi

    Phenotypical-genotypical investigation of metallo-β-lactamases identified from clinical gram-negative bacilli and phylogenetical analysis of isolates

    FARZAD HEYDARI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH KÖKSAL

Geri Dön