Investigation of the occurrence of siderophore genes in E. coli isolated from foodborne and clinical samples and identification of genotypic relationship of Escherichia coli by using PFGE method
Gıda kaynaklı ve klinik örneklerden izole edilen E. coli'de siderofor genlerinin oluşumunun araştırılması ve PFGE yöntemi ile Escherichia coli genotipik ilişkisinin belirlenmesi
- Tez No: 496519
- Danışmanlar: PROF. DR. IŞIL VAR ÖNGEL, PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Demir, konak hücrelerinde ve dış ortamda Escherichia coli büyümesi ve hayatta kalması için gereklidir, ancak ferrik formunun sulu ortamlarda zayıf çözünürlüğü ve konakta demir tutan proteinlerin varlığına bağlı olarak kullanılabilirliği genellikle düşüktür. Çoğu E. coli, Fe3+ 'ya karşı güçlü bir afiniteye sahip olan enterobactin gibi sideroforları oluşturarak demir erişimini artırabilir. İzolatların daha küçük bir kısmı, patogenezle bağlantılı olarak 3 ek siderofor oluşturabilir; Bunlar aerobaktin, salmochelin ve yersiniabaktindir. Bu çalışmada, klinik ve gıda örneklerinden izole edilen E.coli suşlarında siderofor genlerinin varlığını araştırılmış ve Escherichia coli suşlarının genotipik ilişkisi incelemiştir. Çalışmamızda, klinik örneklerden izole edilmiş altmış beş E. coli suşundan gıda örneklerinden izole edilen 35 E.coli suşu kullanılmıştır. E.coli suşlarında Sideroforla ilişkili genlerin prevalansı, enterobaktin reseptörü (Fep A),% 18; Enterobactin biyosentezi (Ent A),% 18; yersiniabactin reseptörü (Fyu A),% 17; heme reseptörü (Chu A)% 16; aerobaktin reseptörü (iut A),% 12; aerobaktin biyosentez (iuc A),% 15; ve salmochelin reseptörü (iro N),% 3 ve demir cevabı veren element (ire A),% 1 olarak PCR yöntemi ile belirlendi. E.coli suşları arasındaki genotipik ilişki PFGE metodu kullanılarak incelenmiş ve PFGE analizinin değerlendirilmesinde, insan ve gıda kaynaklı izolatların 89 izolatından 6'sının (% 6.8) klonal bir ilişki sergilediğini, diğerleri arasında anlamlı bir ilişki bulunmadığını göstermiştir. Sonuç: Sonuçlarımız klinik örneklerden izole edilen E.coli suşlarının gıda örneklerinden elde edilen suşlara göre daha yüksek prevalansa sahip olduğununu; Sideroforla ilişkili genlerin, E.coli klinik suşlarının büyümesi, hayatta kalması ve demir sınırlayıcı çevreye adaptasyonu için ana faktörlerden olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Iron is essential for Escherichia coli growth and survival in the host and the external environment, but its availability is generally low due to the poor solubility of its ferric form in aqueous environments and the presence of iron-withholding proteins in the host. Most E. coli can increase access to iron by excreting siderophores such as enterobactin, which have a very strong affinity for Fe3+. A smaller proportion of isolates can generate up to 3 additional siderophores linked with pathogenesis; aerobactin, salmochelin, and yersiniabactin. This study compared the presence of siderophore genes in E.coli strains isolated from clinical and food samples, and studied genotypic relationship of Escherichia coli strains. Sixty five of E. coli strains were isolated from the clinical samples and 35 of E.coli isolated from the food samples were our material in this study. The prevalence of the siderophore-related genes were determined in the E.coli strains by the PCR method which was as follow: enterobactin receptor (Fep A), 18%; enterobactin biosynthesis (Ent A), 18 % ; yersiniabactin receptor (Fyu A), 17%; heme receptor (Chu A) 16%; aerobactin receptor (iut A),12%; aerobactin biosynthesis (iuc A),15%; and salmochelin receptor (iro N), 3%, and iron-responsive element (ire A), 1 %. The genotypic relationship of E.coli strains have also studied by using PFGE method and the evaluation of PFGE analysis showed that 6 (6.8%) out of 89 isolates of human and foodborne isolates had a clonal relationship while there was no significant relationship between the other isolates. Conclusion: The siderophore-related genes are main factors in the growth and survival of the E.coli clinical strains and their adaptation to the iron limiting environment, our results supported that and found that siderophore genes are higher prevalence in E.coli isolated from clinical samples than food samples.
Benzer Tezler
- The Co-Occurrence of N550H, F486L and Y179C SNPs in BRCA1 Gene: An in silico investigation
BRCA1 geninde bulunan N550H, F486L ve Y179C SNP'lerinin birlikteliklerinin in silico araştırılması
ALARA ERENEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
GenetikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMoleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN
- Van ili Başkale ilçesinde bazı ilköğretim okulu öğrencilerinde Pediculus humanus capitis (baş biti) sıklığının araştırılması
Investigation of the Pediculus humanus capitis occurrence in some primary school students in the region of Başkale, Van
YUNUS EMRE BEYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Halk SağlığıGazi ÜniversitesiHalk Sağlığı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEÇİL ÖZKAN
- Akrilamidin gıda maddelerinde oluşumuna etki eden faktörlerin incelenmesi ve miktarının tayini
Investigation of factors that influence the occurrence of acrylamide in foods and its determination
NAFİZ ÖNCÜ CAN
- Albino ve normal pigmentli gökkuşağı alabalığı (oncorhynchus mykiss) anaçlarından elde edilen yumurta ve yavruların gelişiminin incelenmesi
The Investigation of developing of eggs and progenies which has occurrence from albino and normal pigmented rainbow trout (oncorhynchus mykiss) broods
BAHADIR EYÜBOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Balıkçılık TeknolojisiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBalıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. SALİH ÇELİKKALE
- Uzun dönemli iklimsel verilerin analizi ile afet (Sel) oluşturma profilinin incelenmesi
The investigation of the impact of long term precipitation data on the occurrence of catastrophic (Flood) events
DEVRİM BAĞLA
Doktora
Türkçe
2010
Çevre MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLEN GÜLLÜ