DNA barcoding study of Turkish wild cherry (Prunus avium L.) populations belonging to Adapazari and Bolu forestry directorates
Adapazarı ve Bolu orman müdürlüklerine ait yabani kiraz (Prunus avium L.) populasyonlarının DNA barkodlama çalışması
- Tez No: 492613
- Danışmanlar: PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoteknoloji, Biyoloji, Genetics, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
P. avium (yabani kiraz) türü bitki, Rosaceae familyasından, Avrupa'da sert kereste üretiminde kullanılan en önemli türdür. Hassas ve tehdit altındaki ekosistemlerin vazgeçilmez bir parçası olan yabani kiraz ağaçları büyük bir ekolojik öneme sahiptir. Bu nedenle tezde, Adapazarı ve Bolu Orman Bölge Müdürlükleri'nin yetki alanlarındaki (Düzce, Bolu and Kocaeli) 7 ayrı lokasyondan (Gölcük, Düzce, Melen, Yedigöller, Abant, Mollafenari ve Kefken) toplanan 139 adet yabani kiraz ağacının (Prunus avium L.) yaprakları ile bilimsel araştırmalar gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla DNA'ya dayalı evrensel bir araç olarak önerilen DNA barkodlama yöntemi, hem P. avium için en kullanışlı barkod genlerinin kullanımının belirlenmesinde, hem de bu bitki örenekleri arasındaki genetik varyasyonun saptanmasında kullanılmıştır. 3 farklı popülasyondan (Düzce, Bolu ve Kocaeli) toplamda 139 bireyin 4 DNA barkod geni (rbcL, trnH-psbA, matK ve ITS) dizilenmiş ve tek nükleotid polimorfizm analizleri gerçekleştirilmiştir. PCR amplifikasyon sonuçlarına göre, trnH-psbA ve ITS barkod genleri %100 amplifikasyon başarısı gösterirken, matK için amplifikasyon başarısı %89,93'tür. Bu sekans bilgileri kullanılarak, trnH-psbA geni için 6, matK geni için 18, ITS için ise 29 haplotip elde edilmiştir. Ayrıca, ilgili barkod genlerinden elde edilen 139 bireye ait dizi verileri biyoinformatik araçlar ve biyoistatistik programlar kullanılarak analiz edilmiştir. Bütün sonuçlar birlikte değerlendirildiğinde, P. avium türlerinin genetik farklılıklarının belirlenmesi için ITS bölgesi ve matK, diğer test edilen tek lokus barkod genlerinden daha etkili bulunmuştur. Bu tez çalışmasının sonucunda haplotiplerin DNA dizi verileri GenBank veritabanına kaydedilmiştir.
Özet (Çeviri)
Plant of the species wild cherry (Prunus avium) is one of the most important European hardwood species in the family Rosaceae. Wild cherry trees are of great ecological and naturalistic importance, being an essential component of sensitive and threatened ecosystems. Thus, in the frame of this thesis study, scientific investigations have been carried out with a total of 139 leaves of wild cherry (Prunus avium L.) trees that were collected from 7 different locations (Gölcük, Düzce, Melen, Yedigöller, Abant, Mollafenari and Kefken regions) located under the jurisdiction of Adapazarı and Bolu Forestry Directorates (Düzce, Bolu and Kocaeli). For this aim, DNA barcoding method, which is proposed as a universal tool based on DNA, was used to determine not only the most useful barcode genes but also the genetic variation among these plant samples. 4 DNA barcode genes (rbcL, trnH-psbA, matK and ITS region) of 139 individuals from 3 different populations (Düzce, Bolu and Kocaeli) were sequenced and single nucleotide polymorphism analysis was conducted. According to PCR amplification results, barcode genes of trnH-psbA gene and ITS showed 100% amplification success while matK was 89.93 %. Using these sequence information, DNA barcodes were obtained for 6 haplotypes for trnH-psbA gene, 18 haplotypes for matK gene, 29 haplotypes for ITS spacer. Also, sequence data of 139 individuals obtained from related barcode genes was analyzed by using bioinformatic tools and biostatistics programs. When all the results were evaluated together, ITS region and matK was found to be more effective than the other tested single locus barcode genes for determination of the genetic differences of tested species of P. avium. Moreover, DNA sequence data of haplotypes were also registrated into GenBank database.
Benzer Tezler
- DNA barcoding of fifteen shrimp and prawn species (Decapoda:Crustacea) living in Turkish coastal waters with phylogeographic comparisons
Türkiye denizlerinde bulunan on beş karides (Crustacea:Decapoda) türünün genetik kataloğunun oluşturulması ve filocoğrafik karşılaştırması
MERVE ASLI UTKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN
- DNA barcoding of seven hermit crab species(Crustacea:Decapoda) from Turkey with phylogeographic comparisons
Türkiye denizlerinde bulunan yedi keşiş yengeci (Crustacea:Decapoda) türünün genetik kataloğunun oluşturulması ve filocoğrafik karşılaştırması
SELEN ÖZSİNAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Çevre MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN
- An investigation on intertidal zone amphipod crustaceans on the coasts of the south Shetland Islands and Antarctic Peninsula west coast islands using dna barcoding method
Güney Shetland Adaları ve Antarktika Yarımadası batı kıyısı adalarında gel-git zonu amfipod krustase faunasınındna barkodlama yöntemi kullanılarak araştırılması
FADİME GENCER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Deniz BilimleriBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN
- Türkiye'deki ekonomik öneme sahip su ürünlerinin DNA barkodlarının çıkarılması
DNA barcoding commercially important aquatic species of Turkey
EMRE KESKİN
Doktora
Türkçe
2013
Su ÜrünleriAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN HÜSEYİN ATAR
- Türkiye'de yayılış gösteren üç kanid türünün (Canis aureus, C. lupus, Culpes vulpes) DNA barkodlaması
DNA barcoding of three canid species (Canis aureus, C. lupus, Vulpes vulpes) in Turkey
EREN AKSÖYEK