Evaluation of effects of the drug treatments on biological networks
İlaç tedavilerinin biyolojik ağlara etkisinin değerlendirilmesi
- Tez No: 491102
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ZERRİN IŞIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hesaplamalı bir yöntemin geliştirilmesi ilaç tedavisinden beklenecek sonuçları bulmaya ve laboratuvar deneyleri öncesinde hücrenin davranışlarını gözlemlemeye yardımcı olabilir. Bu tez bir hastanın lenfoma tedavisi için ilaç tedavisi almadan önce hastanın hücresel tepkisini daha iyi anlamak için biyoenformatik yöntemlerle ilaç tedavisinin etkilerini hesaplamayı amaçlar. Bu hesaplamalı biyoenformatik yöntemler, biyoloji, bilgisayar bilimleri, matematik ve mühendislik gibi temel bilimsel alanlardan oluşur. Bu hesaplama, gen ekspresyon verileri ile temsil edilen bir ilaç tedavisinin etkilerini nicel olarak değerlendirmek için çeşitli biyolojik ağlar üzerinde gerçekleştirilmiştir. Bu etkilenen biyolojik ağlar, KEGG sinyal ağları ve lenfoma hücrelerinde uygulanan 14 farklı ilacın gen ekspresyon verileri birleştirilerek oluşturulmuştur. Bu sinyalizasyon ağlarının analizi sonuçlarımız, en çok etkilenen proteinlerin verilen ilaçların doğrudan protein hedefleri değil, ağın dış kısımlarındaki diğer proteinler olduğunu göstermiştir. Ek olarak, istatistiksel açıdan önemli proteinler genel olarak sinyal ağlarının merkezinde bulunmuş ve bu proteinlerin birbirlerine fazla sayıda bağ ile bağlı olduğu görülmüştür. Yaygın olarak birkaç ilacın tedavisi sonrası etkilenen ve istatistiksel olarak anlamlı olan bazı proteinlerin, kanserle ilişkili hücresel aktiviteleri olduğu literatürde de doğrulanmıştır. Aynı zamanda ilaçlar arası benzerlikler, istatistiksel açıdan önemli proteinlerin ortaklığına göre gözlemlenmiştir ve çıkan sonuçlar yapılan benzer çalışmalar ile doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Developing a computational method can assist to figure out the expected results of a drug treatment and observe cell behaviors before doing the wet-lab experiments. This thesis aims to calculate the effects of a drug treatment with bioinformatics methods to better understand the cellular response of a patient even before s/he undertakes a drug treatment for lymphoma. This computational method consists of fundamental scientific domains such as biology, computer science, mathematics, and engineering. This calculation can be performed over a variety of biological networks to numerically interpret the changes of a drug treatment which are represented by gene expression data. The affected biological networks are constructed by integrating the KEGG signaling networks and gene expression data of 14 separate drugs treated on lymphoma cancer cells. Our studies on signaling networks showed that the highest influenced proteins are not drug targets; some other proteins, which are in the periphery parts of the networks, have changed importantly because of the drug treatments. Additionally, statistically significant proteins are generally located at the center of the signaling networks and highly connected to other proteins in the subsequent levels. We confirmed some proteins, which were mostly influenced by the drug treatment and having cancer related cellular activities based on a literature validation. In addition, similarities between drugs were observed according to statistically significant intersection of proteins, and these results were confirmed by similar studies.
Benzer Tezler
- Molecular effects of plant-based drugs on breast cancer by mapping transcriptome data on protein-protein interactions
Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanmasıyla bitkisel ilaçların meme kanserine moleküler etkilerinin araştırılması
RONALD REGAN ODONGO
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASUMAN DEMİROĞLU ZERGEROĞLU
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Tek A'lı çekirdeklerin taban-durum manyetik momentlerinin sinirsel-bulanık sistemiyle belirlenmesi
Determination of the ground-state magnetic moments of odd mass nuclei using neuro-fuzzy system
BÜRUCE ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN YAKUT
- Molecular genetic assessment of immune modulators in eosinophils and t cells both in silico and in vitro utilizing photoacoustic imaging approaches
Fotoakustik görüntüleme yaklaşımlarını kullanarak eozinofiller ve t hücrelerinde bağışıklık modülatörlerinin in siliko ve in vitro moleküler genetik değerlendirmesi
ZÜLAL ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. CEREN ÇIRACI MUĞAN
- Kalsinörin proteinini hedefleyerek kandidiyaz hastalığının tedavisine yönelik peptit tabanlı moleküllerin bilgisayar ortamında tasarımı
In silico design of peptide-based molecules targeting calcineurin protein for the treatment of candidiasis
YAĞMUR DİCLE ALTUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Tromboanjiitis obliterans (Buerger hastalığı) hastalarındaintravenöz ilioprost tedavisinin distal kan akımı üzerineorta dönem etkisinin klinik ve in silico yöntemlerleklopidogrel ve asetil salisilik asit direnci ilekarşılaştırılarak incelenmesi
Investigation of the mid-term effect of intravenous iloprost treatment on distal blood flow in patients with thromboangiitis obliterans (Buerger's disease), compared with clopidogrel and acetylsalicylic acid resistance using clinical and in silico methods
İREM CANIAZ KINALI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Göğüs Kalp ve Damar Cerrahisiİstanbul ÜniversitesiKalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLGÜN BOZBUĞA