Libraries and tools for viewing and editing biological maps in sbgn
Sbgn ile biyolojik haritaların gösterimi ve dÜzenlenmesi için kütüphane ve araçlar
- Tez No: 484055
- Danışmanlar: PROF. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Bilgi gösterimi, Information display
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hücresel prosesler ve yolaklar hakkında bilgi Systems Biology Graphical Notation (SBGN) gibi hesaplanabilir standart formatlarda artarak daha ulaşılabilir bir hale geliyor. Bu bilginin etkin olarak görselleştirilmesi biyolojik bilgi analizi için temel bir gereklilik. Biyolojik bilgi analizi hızla web tabanlı platformlara taşınmakta; bu yüzden bu platformları ve diğer kullanım senaryolarını destekleyen çok yönlü web tabanlı yolak görselleyici ve düzenleyicilere büyük bir ihtiyaç var. Bu ihtiyacı karşılamak için modüler bir yazılım mimarisi geliştirmeyi öneriyoruz. Önerilen mimari yeniden kullanılabilir web tabanlı kütüphaneler ve bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen kolaylıkla uyarlanabilir ve gömülebilir araçlar içeriyor. Kütüphanelerimiz SBGNViz.js, SBGN diyagramlarıyla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek için bir işleyici ve uygulama programlama arayüzü sağlayan Cytoscape.js tabanlı bir kütüphane, ve ChiSE.js, SBGN diyagramlaryla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek ve inşa etmek için SBGNViz.js tabanlı bir kütüphane, ve çok yönlü Cytoscape.js eklentilerinden oluşmakta. Bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen araçlarımız sırasıyla SBGNViz.js ve ChiSE.js için birer örnek uygulama olan SBGNViz Viewer ve Newt'i içermekte. Newt, moleküler kompleksler ve kompartımanlar gibi bileşik yapıları, örgü ve hizalama yönergeleri gibi ileri şemalaştırma olanaklarını, durgun ve artımlı yerleştirme algoritmalarını, ve büyük haritalarda karmaşıklık yönetimini destekleyen ilk web tabanlı araç olarak geliştirilmekte.
Özet (Çeviri)
Information about cellular processes and pathways is becoming increasingly available in detailed, computable standard formats including Systems Biology Graphical Notation (SBGN). Effective visualization of this information is a key recurring requirement for biological data analysis, especially for -omic data. Biological data analysis is rapidly migrating to web based platforms thus there is a substantial need for sophisticated web based pathway viewing and editing tools that support these platforms and other use cases. We propose to develop a modular software architecture to meet this need. This proposed architecture includes reusable web based libraries and easily customizable and embeddable tools developed using these libraries. Our libraries include SBGNViz.js, a Cytoscape.js based library providing a renderer and an API to develop tools visualizing pathway models represented by SBGN Diagrams, and ChiSE.js, an SBGNViz.js based library to visualize and construct pathway models represented in SBGN Diagrams, and miscellaneous Cytoscape.js extensions. Our tools are built using these libraries and include SBGNViz Viewer and Newt, which are sample applications for SBGNViz.js and ChiSE.js, respectively. Newt is being developed to become a first web based, open source SBGN editor with full support for compound structures such as molecular complexes and compartment, advanced diagramming facilities including grid and alignment guidelines, static and incremental layout, and complexity management of large maps.
Benzer Tezler
- Efficient querying of sbgn maps stored in a graph database
Çizge veri tabanında depolanan sbgn haritalarının etkili sorgulanması
MUSTAFA ENES KARACA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Mühendislik Bilimleriİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Yaratıcı manipülasyonlar: TikTok'ta kullanıcı türevli müzikal meme'ler
Creative manipulations: User-generated musical memes on TikTok
CEVHER SARIGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Müzikİstanbul Teknik ÜniversitesiMüzikoloji ve Müzik Teorisi Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. ZEYNEP GONCA İNCEDERE
- How cryptographic implementations affect mobile agent systems
Şifreleme gerçekleştirmelerinin gezgin aracı internet sistemlerini nasıl etkilediği
İSMAİL ULUKUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiSistem ve Kontrol Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN ANARIM
- Methods and tools for visualisation and management of SBGN Process Description maps
SBGN proses diyagramlarının yönetimi ve gösterimi için geliştirilen metotlar ve araçlar
MECİT SARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Türkçe doğal dil işleme araçlarının ilk ve ortaokul fen bilimleri ders kitapları analizinde kullanımı: Sözcük ve sözcük kökü frekanslarının karşılaştırmalı analizi
Using Turkish natural language processing tools in analysis of science textbooks for primary and secondary education: Comparative analysis of word and lemma frequencies
TUĞBA YEGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Eğitim ve ÖğretimNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiMatematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET YAVUZ