OXA-48 direnç geninin tespitinde temosilin disk testi, chromid oxa-48 agar ekimi, immunokromotografik k-set testinin kıyaslanması
Comparison of temocillin disc diffusion assay, K-SET immunochromatographic assay and inoculation in chromid AXO-48 medium for detecting OXA-48 resistance gene
- Tez No: 481044
- Danışmanlar: DOÇ. DR. RIZA ADALETİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Genler, Karbapenemler, Klebsiella pneumoniae, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Çapraz enfeksiyon, İlaçlara direnç, İlaçlara direnç-mikrobiyal, Genes, Carbapenems, Klebsiella pneumoniae, Polymerase chain reaction, Cross infection, Drug resistance, Drug resistance-microbial
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: İstanbul Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Klebsiella pneumoniae özellikle nozokomiyal enfeksiyonlarda morbidite ve mortaliteye neden olan bir patojendir. Klebsiella pneumoniae'da karbapenemaz direnci her geçen gün artmaktadır. Ülkemizde görülen karbapenemaz kaynaklı direncin en sık nedeni sınıf D OXA-48 grubundadır. Bu sınıf karbapenemazın saptanmasında altın standart moleküler yöntem olmakla birlikte bu yöntemin pahalı ve zor ulaşılabilir olmasından dolayı moleküler dışı yöntemler ön plana çıkmaktadır. Bu tez çalışmasında OXA-48 direnç geninin tespitinde kullanılan moleküler dışı yöntemlerin duyarlılık ve özgüllüklerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya bir yıllık süreçte klinik örneklerden izole edilen toplam 45 karbapenemaz dirençli Klebsiella pneumoniae suşu dahil edilmiştir. Tüm izolatlarda real time PCR, temosilin disk difüzyon testi, K-SET immunokromotografik yöntem ve ChromID OXA-48 agara ekim yapılmıştır. İstatistiksel Analizler IBM Statististics 20.0 (SPSS) ile yapılmıştır. Test sonuçları duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer, negatif prediktif değer, toplam doğruluk oranı, ROC Curve analizi ile değerlendirilmiştir. K-SET testi karbapenemaz dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarının saptanmasında altın standart test PCR ile %100 uyumlu bulunmuştur. ChromID OXA-48 agar yöntemi ile duyarlılık %100, özgüllük %88.8 olarak tespit edilmiştir. Temosilin disk difüzyon yönteminin ise duyarlılığı %100, özgüllüğü %77.8 bulunmuştur. Test verileri değerlendirildiğinde immunokromotografik K-SET testi en yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahiptir. Diğer testlerin duyarlılıkları %100 olmasına rağmen yanlış pozitifliklerden dolayı özgüllükleri daha düşüktür. K-SET testinin OXA-48'in endemik olarak bulunduğu bölgelerdeki yoğun bakım hastalarının Gram (-) üremelerinde rutine girebileceği kanısındayız. Diğer taraftan ise ChromID OXA-48 agar ve temosilin disk difüzyon testinin KDKP yönünden tarama ve tanı algoritmasında bir basamak olarak kullanılabileceği düşüncesindeyiz. Ancak vaka sayımız kısıtlı olduğundan karbapenem direncindeki diğer mekanizmaları da hızlı ve yüksek doğrulukta ortaya koyacak şekilde geniş kapsamlı çalışmaların yapılması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Klebsiella pneumoniae is a pathogen that causes morbidity and mortality, especially in nosocomial infections. Carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae increases day by day. Most common cause of carbapenem resistance in our country is in class D OXA-48 group. This class is currently the gold standard molecular method for identification of carbapanemase but because of its cost and access difficulty, non-molecular methods come into prominence. In this thesis study, we aimed to analyze sensitivity and specificity of non-molecular methods which are used to identify OXA-48 resistance gene. The study included 45 carbapenem resistant Klebsiella Pneumoniae strains that were isolated from clinical samples within one year period. Real time PCR, temocillin disc diffusion assay, K-SET immunochromatographic assay and inoculation in ChromID OXA-48 medium were performed with all isolates. Statistical analysis was run with Statistical Package IBM Statistics (SPSS) 20.0. Test results were evaluated according to results of sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, total accuracy rate and ROC curve analysis. K-SET assay was found %100 compatible with gold standard PCR for identification of Klebsiella pneumoniae strains. %100 sensitivity and %88.8 specificity were found with ChromID OXA-48 medium method. Sensitivity and specificity of temocillin disc diffusion assay were found %100 and %77.8, respectively. When test data was evaluated, immunochromatographic K-SET assay had the highest sensitivity and specificity. Even though other tests had %100 sensitivity, their specificities were lower due to false positivity. We believe K-SET assay can be used in routine for Gram (-) bacterial growth of intensive care patients in OXA-48 endemic-regions. On the other side, we think ChromID OXA-48 medium and temocillin disc diffusion assay might be used as a step for algorithm of screening and diagnosis for carbapenem resistant Klebsiella Pneumoniae. However, since our sample is small, further larger studies that will reveal other mechanisms of carbapenem resistance in a faster and more accurate manner are required.
Benzer Tezler
- Esherichia coli izolatlarında karbapenem direcinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle saptanması
Phenotypic and genotypic detection of carbapenem resistance in Escherichia coli isolates
ZÜLAL ZEYNEP YURDAKUL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP ÇİZMECİ
- Yanık hastalarından izole edilen Klebsiella pneumoniae'de karbapenem direnci ve gsbl genlerinin tespitinde tanı aracı olarak multiplex yüksek çözünürlüklü erime analizi
Multiplex high-resolution melting analysis as a diagnostic tool for detection of carbapenemes resistant and esbl genes in Klebsiella pneumoniae isolated from burn patients
MOHAMMED SALMAN FARAJ ALJABURI
- Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi
Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology
FATMA ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Karbapenem dirençli enterobacteriaceae izolatlarında karbapenemaz varlığının araştırılması
Investigation of Carbapenemase Existence in Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae Isolates
ŞEYMA SİNGER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMMÜ GÜL ERDEM
UZMAN DUYGU ÖCAL
- Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti
An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.
ÖZGE ALKAN BİLİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR