CEREBRA: A 3-D visualization and processing tool for brain network extracted from fMRI data
CEREBRA: fMRG verisinden elde edilen beyin ağlarını 3-B görselleme ve işleme aracı
- Tez No: 475048
- Danışmanlar: PROF. DR. FATOŞ TUNAY YARMAN VURAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, fonksiyonel manyetik rezonans görüntüleme (fMRG) verisinden elde edilen 3 boyutlu insan beyni çizgesini görselleyebilen yeni bir yazılımı, CEREBRA'yı sunuyoruz. CEREBRA, küçük hacim birimlerini (voksel), ağın düğümleri olarak görsellerken; bu düğümler arasındaki kenarlar da düğümlerin zaman içindeki ilişkilerinin bir dizi doğrusal regresyon yöntemleri ile yakınsanması olarak modellenmiştir. Bu sayede araştırmacılar beyin üzerinde daha aktif çalışan bölgeleri ve bölgeler arasındaki ilişkiyi, kenar ağırlıklarına ve düğüm derece dağılımına bakarak inceleyebileceklerdir. Geliştirilen araç, basit bir arayüze sahip olmakla birlikte beyindeki detayları daha kolay inceleyebilmek amacıyla basit görüntüleme seçenekleri sunmaktadır. Sahip olduğu çizge sadeleştirme algoritmaları ile beyin ağının farklı özelliklerini sade bir şekilde gösterebilmektedir. Çizge sadeleştirme algoritmaları basit filtreleme methodlarından, daha karmaşık çizge sadeleştirme ölçütlerine kadar geniş bir yelpazeye yayılmaktadır. Ayrıca, geliştirilen araç, beyin ağını voksellerin ve kenarların zaman içindeki değişimlerini renk kodu olarak değiştirebilmektedir. Bu da fMRG deneyi sırasında beyinde gerçekleşen bilişsel süreçleri gözlemleme imkanı sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, we introduce a new tool, CEREBRA, for visualizing 3D network of human brain, extracted from the functional magnetic resonance imaging (fMRI) data. The tool aims to visualize the selected voxels as the nodes of the network and the edge weights are estimated by modeling the relationships among the voxel time series as a set of linear regression equations. This way, researchers can analyze the active brain regions/voxels and observe the interactions among them by analyzing the edge weights and node degree distributions of the brain network, for the underlying brain state(s). CEREBRA provides an easy to use interactive interface with basic display options for users to examine the details of the brain network. CEREBRA simplifies the network by built-in processors of graph reduction algorithms to display various properties of the network. The reduction algorithms vary from basic filtering methods to more complex graph sparsifier metrics. The toolbox is, also, capable of space-time representation of the dynamically changing voxel intensity and edge strength values, by animating the 3D voxel time series.
Benzer Tezler
- Template-based 3D-2D rigid registration of vascular structures in frequency domain from a single view
Damarların frekans uzayında şablona dayalı tek görüntüden 3B-2B katı çakıştırılması
TİMUR AKSOY
Doktora
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖZDE ÜNAL
- Vessel segmentation and surface reconstruction from MRA images
MRA görüntülerinden damar ayrıştırılması ve damar yüzeyinin oluşturulması
DEVRAN UĞURLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. SERDAR ÇELEBİ
- Farklı darbe yükleri etkisindeki üç boyutlu insan kafasının sonlu elemanlar yöntemiyle incelenmesi
The investigation of a three dimensional human head under the effect of different impact loading by finite element method
HİLMİ ÜNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Makine MühendisliğiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN SOFUOĞLU
- Sevofluran ve desfluranın ratlarda inkomplet serebral iskemide serebral koruyucu etkilerinin histopatolojik olarak karşılaştırılması
A comparison of the histopathological protective effects of sevoflurane and desflurane in a model of incomplete cerebral ischemia in rats
ALİ FUAT ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
Anestezi ve ReanimasyonAtatürk ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSNÜ KÜRŞAD
- Deksmedetomidin ve tiyopental' in ratlarda fokal serebral iskemide serebral koruyucu etkilerinin histopatolojik olarak karşılaştırılması
A comparison of the histopathological protective effects of dexmedetomidine and thiopental in a model of focal cerebral lschemia in rats
EBRU ÇANAKÇI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Anestezi ve ReanimasyonAtatürk ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSNÜ KÜRŞAD