Molecular investigation of rare B-thalassemia mutations in Türkey: Application of non-isotopic diagnostic approaches and genomic squencing
Türkiye'de seyrek rastlanan B-talasemi mutasyonlarının moleküler düzeyde tanımlanması: Radyoaktivite içermeyen tanı yöntemlerinin ve dizi analizinin uygulanması
- Tez No: 47491
- Danışmanlar: PROF.DR. A. NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Talasemi, Thalassemia
- Yıl: 1995
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
VI ÖZET Son altı yılda p-talasemi üzerine yapılan kapsamlı analizler, Türkiye'de bu hastalığın moleküler düzeyde büyük çeşitlilik gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. p-Talasemi Türkiye'de önemli bir sağlık sorunu oluşturmaktadır. Dünyadaki sıklığı yüzde üç seviyesinde olan hastalık geninin Türkiye'de görülme sıklığı yüzde ikidir. Türkiye'deki doğum oranının yüksek olması (36: 1000), hasta sayısının artmasında önemli bir etken oluşturmakta, akraba evliliklerinin sıklığı (yüzde 21), hasta çocuk sayısını beklenen miktarın iki katma yükseltmektedir. Klinik açıdan fi-talaseminin en önemli nedenini |3-globin zincirinin sentezi enmesini kısmen ya da tamamen engelleyen nokta mutasyonları oluşturmaktadır. Bu doktora tezi kapsamında toplam 257 ^-talasemi kromozomu çok etkin iki yöntem olan denature edici gradyent gel elektroforezi (DGGE) ve dizi analizi yöntemleri ile çalışılmıştır. Bu tez çerçevesinde incelenen kromozomların yaklaşık yansında mutasyonlar DGGE metodu kullanılarak tayin edilmiştir. Türkiye'de en sıklıkla görülen ilk beş mutasyonun (IVS-I-110, IVS-I-6, IVS-I-1, FSC-8 ve IVS-II-745) toplam görülme sıklığı sadece yüzde 38.9 dur. DGGE metodu ile 19 değişik mutasyon için taranan hastaların ancak yüzde 52. 1 i tanımlanmış olup, tanımlanmamış hastalar toplam kromozom sayısının yüzde 47.9 unu oluşturmaktadır. Bu yüksek bilinmeyen oran; Ş-globin geninin tamamının incelenmemiş olması yanında, deneysel yaklaşımdaki ikilemler ve DNA dizi analizi ile tanımlanması öngörülen nadir ya da yeni mutasyonların varlığı ile açıklanabilir. Tez çerçevesinde, ASO-hibritleştirilmesi, ARMS, restriksiyon enzimi ve heterodupleks analizlerinden oluşan bir dizi radyoaktivite içermeyen yöntem kullanılarak, 22 doğum öncesi tam gerçekleştirilmiştir. Bu sayı bölümümüzde şimdiye kadar uygulanan doğum öncesi tanıların üçte birini oluşturmaktadır. Bu çalışma dahilinde iki hasta, 10 taşıyıcı, altı sağlıklı ve dört“en kötü olasılıkla”taşıyıcı tanısı konmuştur. Bu çalışma kapsamında uygulanan strateji, koryon villus biyopsisi ve taşıyıcı tanımında kullanılan basit yöntemlerin, polimeraz zincirleme reaksiyonuna dayalı DNA teknikleri ile birleştirilmesi durumunda, Türkiye'de görülen p-talasemi mutasyonlarının çeşitliliğinden doğan problemlerin büyük ölçüde aşılabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Extensive molecular analysis of (^-thalassemia over the past six years has revealed the heterogeneity of the disease in Turkey. ^-Thalassemia being a major public health problem in Turkey has an estimated average gene frequency of two per cent compared to the three per cent of the world's population of ^-thalassemia carriers. Many affected births in Turkey are the general consequence of a high birth rate (36: 1000), moreover the incidence of homozygous births is almost doubled due to the local tradition of consanguineous marriages (21 per cent). Clinically, the most important forms of the disease result from point mutations which cause complete absence or reduced synthesis of the |3-globin chain. The present Ph.D thesis reports the analysis of ^-thalassemia defects in a total of 257 ^-thalassemia chromosomes that have been studied using two powerful methods, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and genomic sequencing. In the framework of this study about 50 per cent of the chromosomes have been solved for a ^-thalassemia mutation by making use of the DGGE method. Our results reveal that the five most frequent alleles (IVS-I-110, IVS-I-6, IVS-I-1, FSC-8, IVS-II-745) account for only 38.9 per cent of the disease gene, and all 19 mutations screened by DGGE, add up to about 52.1 per cent. The rest of the unknown chromosomes (47.9 per cent) are either due to not being screened for the complete (5-globin gene, or due to the uncertainty caused by the experimental trials; it is also partly the result of the presence of rare and novel lesions awaiting for their further sequencing analysis. In addition to DGGE, other non-isotopic methods, such as ASO hybridization, ARMS, restriction enzyme and heteroduplex formation analyses have been utilized to analyze 22 prenatal diagnosis cases, accounting for almost one third of the families studied so far in our department The prenatal diagnoses resulted in two affected, 10 heterozygous, six healthy and four“worst-case”carrier fetuses. The strategy applied in this study demonstrates that when easy methods of chorion villus sampling and carrier screening are coupled to PCR-based techniques, the problem created by the heterogeneity of Ş-thalassemia mutations in Turkey is overcome extensively.
Benzer Tezler
- Havasız arıtmanın fizikokimyasal dengelerle modellenmesi
The Modelling of anaerobic digesters with physico-chemical equilibria
GÜLER DARTAN (DEMİR)
- Bazı makro halkalı eterlerin sentezleri ve iyonofor özelliklerinin incelenmesi
A Novel synthesis of nitro benzo crowns from dinitro halogene benzenes
ERDOĞAN KARAPINAR
- Yeni makrosiklik vic-dioksimlerin sentezi ve komplekslerinin incelenmesi
Synthesis and complex formation of novel vic-dioximes
FEHMİ UFUK SESALAN
- Yeni sübstitüe ftalosiyaninlerin sentezi ve özelliklerinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
ŞEBNUR MEREY
Doktora
Türkçe
1998
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiAnorganik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- Bazı spiro grubu bağlı makro halkalı eterlerin sentezleri
Synthesis of some spiro-linked crown ethers
HÜLYA TUNCER