Geri Dön

BK ve jc virüslerinin klinik örneklerden tespitinde küçük T geni ve büyük t geni bazlı real-tıme pcr metotlarının karşılaştırmalı değerlendirilmesi

Comparative evaluation of small T gene and large T gene based real-time pcr methods for the detection of the BK and JC viruses in clinical samples

PDF İndir

  1. Tez No: 471517
  2. Yazar: UĞUR TÜZÜNER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET ÖZDEMİR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Microbiology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: BK Virüs, JC Virüs, Real-time PCR, Polimorfizm, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Polimorfizm-genetik, Polyomavirüs, BK Virus, JC Virus, Real-time PCR, Polymorphism, Polymerase chain reaction, Polymorphism-genetic, Polyomavirus
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
  10. Enstitü: Meram Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Amaç: Çalışmamızın amacı, BK ve JC virüslerinin viral genomunda meydana gelen polimorfizmler de dikkate alınarak, viral genomdaki küçük t ve büyük T gen bölgelerini hedef alan real-time PCR metotları ile etkenlerin tespiti ve elde edilen sonuçların karşılaştırılıp değerlendirilmesidir. Yöntem: Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Moleküler Mikrobioloji laboratuvarına, BKV ve JCV şüphesi ile gönderilen 18 yaş üstü 82 hastaya ait idrar örneği çalışmaya alındı. Küçük t geni varlığı ticari bir kit (LightMix, Roche, USA) ile real-time PCR yöntemi kullanılarak araştırıldı. Büyük T genine spesifik nükleik asit varlığı ise Dumoulin ve Hirsch (2011) tarafından tarif edilen primer ve probe kullanılarak, optimize edilen in-house real-time PCR yöntemi ile araştırıldı. PCR sonuçları arasında farklılık bulunan 19 örneğin VP1 bölgesinin sekans analizi, Sanger metodu kullanılarak yapıldı. Bulgular: Küçük t gen bölgesine spesifik real-time PCR yöntemi ile 9 örnekte BKV pozitifliği, 61 örnekte JCV pozitifliği; büyük T gen bölgesine spesifik real-time PCR yöntemi ile 21 örnekte BKV pozitifliği, 67 örnekte JCV pozitifliği saptandı. İstatiksel olarak iki yöntem arasında; BKV için anlamlı farklılık bulundu, JCV için anlamlı farklılık bulunmadı. Dizi analizi standart yöntem olarak kabul edilerek, tasarladığımız primer ve problarla yaptığımız in-house yöntemin; BKV için duyarlılığı %100, özgüllüğü %81.3, pozitif prediktif değeri %33.3, negatif prediktif değeri %100, JCV için duyarlılığı %98.5, özgüllüğü %100, pozitif prediktif değeri %100, negatif prediktif değeri %93.3 olarak bulundu. Sonuç: Çalışmamız sonunda elde edilen farklı sonuçlardan, hedef alınan farklı gen bölgesindeki polimorfizmlerin sorumlu olduğu düşünüldü. Yöntemimiz bu duyarlılık ve özgüllük oranlarıyla, rutin teşhiste kullanılmaya aday bir yöntemdir.

Özet (Çeviri)

Objective: The aim of our study is to compare and evaluate the results of real-time PCR methods targeting the small and large T gene regions of the viral genome, taking into account polymorphisms occurring in the viral genome of BK and JC viruses. Method: Urinary specimen of 82 patients over 18 years old who were sent with suspicion of BKV and JCV to Molecular Microbiology laboratory of Necmettin Erbakan University, Meram Medical Faculty were taken into study. The small t gene was investigated using a commercial kit (LightMix, Roche, USA) and real-time PCR method. Large T gene-specific nucleic acid probes were investigated using the optimized in house real-time PCR method using primers and probes as described by Dumoulin and Hirsch (2011). Sequence analysis of the VP1 region was also performed using the Sanger method in 19 samples that has different PCR results. Results: BKV positivity in 9 samples and JCV positivity in 61 samples by real-time PCR method specific to small t gene region; BKV positivity in 21 samples and JCV positivity in 67 samples were determined by real-time PCR method specific to the large T gene region. Statistically, there are two methods; There was a significant difference for BKV, no significant difference for JCV. Sequence analysis is accepted as the standard method and the in-house method we designed with primers and probes; Sensitivity for BKV was 100%, specificity was 81.3%, positive predictive value was 33.3%, negative predictive value was 100%, sensitivity for JCV was 98.5%, specificity was 100%, positive predictive value was 100% and negative predictive value was 93.3%. Conclusion: It was thought that polymorphisms in the different gene regions targeted were responsible for the different outcomes obtained at the end of our study. With this sensitivity and specificity, our method is a candidate for routine diagnosis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    949414

    Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers

    Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu

    ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HANDE CANPINAR

  2. Tez No

    930125

    Meme kanserinde Epstein-Barr virus, Human herpesvirus-8, BK ve JC polyomavirüslerinin araştırılması

    Investigation of Epstein-Barr Virus, human herpesvirus-8, BK and JC Polyomaviruses in Breast Cancer

    GİZEM KORKUT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYFER BAKIR

  3. Tez No

    621741

    Sjögren, romatoid artrit ve behçet hastalarında BK virüsün real time PCR yöntemiyle sero-epidemiyolojik olarak araştırılması

    Sero-epidemiological investigation of BK virus by real time PCR in patients with sjogren, romatoid arthritis and behçet

    MURAT TÜRKEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA YILMAZ

  4. Tez No

    272795

    Tavşan karatid arterlerinde yapılan anastomozlarda resveratrol maddesinin intimal hiperplazi ve endotelyal proliferasyon üzerindeki inhibitör etkisinin araştırılması

    The aim of this study is to assces inhibiting effect of resveratrol on intimal hyperplasia and endothelial proliferation at the anastomosis site performed in rabbit carotid artery

    KEMAL KARAARSLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiDokuz Eylül Üniversitesi

    Kalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERDEN SİLİSTRELİ

  5. Tez No

    281672

    Böbrek transplantasyonunda TLR4 polimorfizmi ve MBL seviyelerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of TLR4 polymorphisms and MBL levels in kidney transplantation

    ÖZGÜN KİRİŞ SATILMIŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiPamukkale Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKNUR KALELİ

Geri Dön